Dear users,<br><br>I want to compute SASA between protein and ligand.<br><b>1.)</b><br>protein and ligand are merged by make_ndx<br>g_sas -f run.xtc -s run.tpr -o protein_ligand.xvg -n protein_ligand.ndx<br>Select a group for calculation of surface and a group for output<br clear="all">
select a group: 1 (protein+ligand)<br>select a group: 2 (ligand)<br>is this correct?<br><br><b>2.)</b><br>or<br>g_sas -f run.xtc -s run.tpr -o protein_protein.xvg <br>
Select a group for calculation of surface and a group for output<br clear="all">select a group: 1 (protein)<br>
select a group: 2 (protein)<br>I have protein SASA.<br><br>g_sas -f run.xtc -s run.tpr -o ligand_ligand.xvg <br>

Select a group for calculation of surface and a group for output<br clear="all">
select a group: 1 (ligand)<br>

select a group: 2 (ligand)<br>I have ligand SASA.<br><br>protein and ligand are merged by make_ndx<br>g_sas -f run.xtc -s run.tpr -o protein_ligand.xvg -n protein_ligand.ndx<br>


Select a group for calculation of surface and a group for output<br clear="all">

select a group: 1 (protein_ligand)<br>


select a group: 2 (protein_ligand)<br>
I have protein_ligand SASA.<br><br>(SASA between protein and ligand)=(protein)+(ligand)-(protein_ligand)<br><br>I am confused. which of choices is correct?<br><br>Thanks in advance<br><br>-- <br>Ahmet YILDIRIM<br>