Thank you very much Mark. Another question, will be better if I compile FFTW than use the one included in my linux distro? <br><br>Anthony<br><br><div class="gmail_quote">On Tue, Jul 5, 2011 at 11:08 AM, Mark Abraham <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:Mark.Abraham@anu.edu.au">Mark.Abraham@anu.edu.au</a>&gt;</span> wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); padding-left: 1ex;"><div class="im">On 6/07/2011 12:28 AM, Matthew Zwier wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); padding-left: 1ex;">
Sorry about that.<br>
<br>
The default options are nearly optimal, and the difference between a<br>
modern (4.4 or 4.5) series GCC and the Intel compilers are only a<br>
couple of percent.  Just be sure to have FFTW available.<br>
</blockquote>
<br></div>
... if planning to use PME. Also, Intel MKL is only a percent or two faster than FFTW3, last I tested, but much more fiddly to link.<br><font color="#888888">
<br>
Mark</font><div><div></div><div class="h5"><br>
<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); padding-left: 1ex;">
On Tue, Jul 5, 2011 at 10:26 AM, Matthew Zwier&lt;<a href="mailto:mczwier@gmail.com" target="_blank">mczwier@gmail.com</a>&gt;  wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); padding-left: 1ex;">
Hi Anthony,<br>
<br>
The default options are nearly optimal, and the difference between a<br>
modern (4.4 or 4.5) GCC<br>
<br>
On Tue, Jul 5, 2011 at 10:01 AM, Anthony Cruz Balberdi<br>
&lt;<a href="mailto:anthony.cruz5@upr.edu" target="_blank">anthony.cruz5@upr.edu</a>&gt;  wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); padding-left: 1ex;">
Dear Users:<br>
<br>
We recently received our new computer.  This computer have 4 multicore<br>
Opteron AMD cpus and I am planning to install GROMAS. Which options I will<br>
need to use in order to achieve the best possible performance?<br>
Which compiler GNU or Intel?<br>
<br>
Thank you for all you help.<br>
<br>
Anthony<br>
<br>
--<br>
gmx-users mailing list    <a href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank">gmx-users@gromacs.org</a><br>
<a href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://lists.gromacs.org/<u></u>mailman/listinfo/gmx-users</a><br>
Please search the archive at<br>
<a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search" target="_blank">http://www.gromacs.org/<u></u>Support/Mailing_Lists/Search</a> before posting!<br>
Please don&#39;t post (un)subscribe requests to the list. Use the<br>
www interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org" target="_blank">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br>
Can&#39;t post? Read <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists" target="_blank">http://www.gromacs.org/<u></u>Support/Mailing_Lists</a><br>
<br>
</blockquote></blockquote></blockquote>
<br>
-- <br>
gmx-users mailing list    <a href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank">gmx-users@gromacs.org</a><br>
<a href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://lists.gromacs.org/<u></u>mailman/listinfo/gmx-users</a><br>
Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search" target="_blank">http://www.gromacs.org/<u></u>Support/Mailing_Lists/Search</a> before posting!<br>
Please don&#39;t post (un)subscribe requests to the list. Use the www interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org" target="_blank">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br>
Can&#39;t post? Read <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists" target="_blank">http://www.gromacs.org/<u></u>Support/Mailing_Lists</a><br>
</div></div></blockquote></div><br>