<html><body><div style="color:#000; background-color:#fff; font-family:times new roman, new york, times, serif;font-size:12pt"><div><span>I am sorry to be asking you again but do you start with different velocities&nbsp; by changing the temperature that will lead to change in velocities, i ma new to Gromacs so i dont know where to change he velocities, i checked the&nbsp; mdp file and i didn't see any velocity <br></span></div><div><br><span></span></div><div><span>thank you</span></div><div><br><span></span></div><div><span>Fatima ezzahra<br></span></div><div><br></div><div style="font-family: times new roman,new york,times,serif; font-size: 12pt;"><div style="font-family: times new roman,new york,times,serif; font-size: 12pt;"><font face="Arial" size="2"><hr size="1"><b><span style="font-weight: bold;">De&nbsp;:</span></b> Justin A. Lemkul &lt;jalemkul@vt.edu&gt;<br><b><span style="font-weight: bold;">À&nbsp;:</span></b> Discussion list for GROMACS
 users &lt;gmx-users@gromacs.org&gt;<br><b><span style="font-weight: bold;">Envoyé le :</span></b> Jeudi 7 Juillet 2011 14h55<br><b><span style="font-weight: bold;">Objet&nbsp;:</span></b> Re: Re : Re : [gmx-users] Re: Hexamer problem/ The N and C termini of peptides<br></font><br><br><br>errabah fatima ezzahra wrote:<br>&gt; *<br>&gt; <br>&gt; hello<br>&gt; Does anybody knows why The N and C termini of peptides can be neutralized before running simulation of peptides&nbsp; ?? i read this some where in a research paper , they dont say why but they do that using acetyl amine groops. Probably to evoid the repulsive interactions between the end of the peptides , please correct if i am wrong as my chemistry is not good, my one trimer is&nbsp; made of 3 peptides that ends with GLU LEU LEU and the other trimer ends with is LEU GLU LEU , should i worry about neutralizing the c and N termini<br>&gt; <br><br>Capping groups can be added to termini using different
 software programs.&nbsp; There is no utility in Gromacs to do so.&nbsp; Once built, choose 'None' for the termini when running pdb2gmx to build a normal peptide bond between the terminal residue(s) and capping group(s).<br><br>Such groups are often added (1) if artificial terminal attraction or repulsion should be avoided or (2) if the modeled peptide is a segment of a longer polypeptide or protein, in which case such integral charges are an incorrect representation of reality.<br><br>&gt;&nbsp; Also what the important of running 20 simulations&nbsp; of the same 6 peptides ???. is that to compare the 20 simulation results and see **** which give better simulation sorry if my question are something i should know. i am trying to find how to get six peptides to self assemble to a hexamer&nbsp; . i will really appreciate your answers.<br>&gt; <br><br>Running multiple simulations of a given configuration (using different starting velocities) gives better
 sampling.&nbsp; You can't conclude anything from a single trajectory.&nbsp; Just as you wouldn't run a single experiment on the bench and call it conclusive, so too is it true of simulations - if you run just one simulation, how do you know you're not seeing the one outlier in the data set?<br><br>-Justin<br><br>-- ========================================<br><br>Justin A. Lemkul<br>Ph.D. Candidate<br>ICTAS Doctoral Scholar<br>MILES-IGERT Trainee<br>Department of Biochemistry<br>Virginia Tech<br>Blacksburg, VA<br>jalemkul[at]vt.edu | (540) 231-9080<br><a href="http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin" target="_blank">http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin</a><br><br>========================================<br>-- gmx-users mailing list&nbsp; &nbsp; <a ymailto="mailto:gmx-users@gromacs.org" href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a><br><a href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users"
 target="_blank">http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search" target="_blank">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search</a> before posting!<br>Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the www interface or send it to <a ymailto="mailto:gmx-users-request@gromacs.org" href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br>Can't post? Read <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists" target="_blank">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists</a><br><br><br></div></div></div></body></html>