<html><body><div style="color:#000; background-color:#fff; font-family:times new roman, new york, times, serif;font-size:12pt"><div id="yiv779486707"><div style="color: rgb(0, 0, 0); background-color: rgb(255, 255, 255); font-family: times new roman,new york,times,serif; font-size: 12pt;"><div class="yiv779486707yui_3_2_0_7_131004417942852" id="yiv779486707yui_3_2_0_7_131004417942854" style="font-family: times new roman,new york,times,serif; font-size: 12pt;"><div id="yiv779486707yui_3_2_0_7_131004417942883" class="yiv779486707yui_3_2_0_7_131004417942857" style="font-family: times new roman,new york,times,serif; font-size: 12pt;"><font face="Arial" size="2"><b><span style="font-weight: bold;"><br><br>hello<br>Does anybody knows why The N and C termini of peptides can be neutralized before running simulation of peptides&nbsp; ?? i read this some where in a research paper , they dont say why but they do that using acetyl amine groops. Probably to evoid the
 repulsive interactions between the end of the peptides , please correct if i am wrong as my chemistry is not good, my one trimer is&nbsp; made of 3 peptides that ends with GLU LEU LEU and the other trimer ends with is LEU GLU LEU , should i worry about neutralizing the c and N termini <br><br>&nbsp;Also what the important of running 20 simulations&nbsp; of the same 6 peptides ???. is that to compare the 20 simulation results and see </span></b></font><font face="Arial" size="2"><b><span style="font-weight: bold;"></span></b></font><font face="Arial" size="2"><b><span style="font-weight: bold;"> which give better simulation sorry if my question are something i should know. i am trying to find how to get six peptides to self assemble to a hexamer&nbsp; . i will really appreciate your answers.<br><br>Thank you<br><br>fatima ezzahra <br><br><br><br><br>De&nbsp;:</span></b> Justin A. Lemkul &lt;jalemkul@vt.edu&gt;<br><b><span style="font-weight:
 bold;">À&nbsp;:</span></b> Discussion list for GROMACS users &lt;gmx-users@gromacs.org&gt;<br><b><span style="font-weight: bold;">Envoyé le :</span></b> Jeudi 7 Juillet 2011 9h33<br><b><span style="font-weight: bold;">Objet&nbsp;:</span></b> Re: Re : [gmx-users] Re: Hexamer problem/ high and low salt solutions.<br></font><br><br><br>errabah fatima ezzahra wrote:<br>&gt; Hi
 everybody<br>&gt; <br>&gt;&nbsp; i did Again run the simulation for 2000ns and the proteins were just moving every were , they were forming the two rimers but not for along time like in the simulation with the 200ns and 20 ns.<br>&gt; <br>&gt; Justin : i did check the periodic boundary using VMD and it does not to seem to be the case. thank you<br>&gt; <br>&gt; so I am thinking about running the simulation in diferrent solutions like low salt , high salt and organic solvent ... I am new to gromacs and i only used water to solvate the system and wondering if using different pH solution and different salt concentration solution&nbsp; is something possible to do . i did some research and found out that you can add ions like NA+ and CL_ but i was wondering if anybody does have an idea of some solution that already have a pH known or solutions with high salt concentaration that i can use instead of water when solvaiting the system.<br>&gt; <br><br>You can
 apply basically any conditions you wish.&nbsp; genion will allow you to add any number of ions (and there are more than just Na+ and Cl-) that you wish. Simple stoichiometry and unit conversion can be done to calculate however many ions you may need to add.<br><br>pH is a different matter.&nbsp; In classical simulations, a concept like pH does not directly apply, since protons cannot be exchanged.&nbsp; You can set different protonation states for titratable residues when running pdb2gmx.&nbsp; See the list in the manual and/or pdb2gmx -h.<br><br>If you want to solvate with something other than water, read this:<br><br><a rel="nofollow" target="_blank" href="http://www.gromacs.org/Documentation/How-tos/Non-Water_Solvation">http://www.gromacs.org/Documentation/How-tos/Non-Water_Solvation</a><br><br>-Justin<br><br>-- ========================================<br><br>Justin A. Lemkul<br>Ph.D. Candidate<br>ICTAS Doctoral Scholar<br>MILES-IGERT
 Trainee<br>Department of
 Biochemistry<br>Virginia Tech<br>Blacksburg, VA<br>jalemkul[at]vt.edu | (540) 231-9080<br><a rel="nofollow" target="_blank" href="http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin">http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin</a><br><br>========================================<br>-- gmx-users mailing list&nbsp; &nbsp; <a rel="nofollow" ymailto="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank" href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a><br><a rel="nofollow" target="_blank" href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users">http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>Please search the archive at <a rel="nofollow" target="_blank" href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search</a> before posting!<br>Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the www interface or send it to <a rel="nofollow"
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