Dear all,<br><br>I am trying to solvate a protein in a dodecahedron box, and the box doesn&#39;t seem right. I tried <i>trjconv -s ur compact -pbc mol,  </i>that ended up with a dodecahedron shaped water distrubution around the protein however the box is still shown as triclinic inbn Pymol? Is this Pymol&#39;s weakness or is this how dodecahedron works? Through the archive it sounds like genbox never ends up with an actual dodecahedron/octahedron box, Gromacs takes the triclinic box version to run simulation, is that right? If so how does the different box type take effect? I couldn&#39;t actually understand how does different box types are created/processed in Gromacs? <br>
<br clear="all">Thanks,<br>Nihal<br><br>-- <br>Elif Nihal Korkmaz<br><br>Research Assistant <br>University of Wisconsin - Biophysics <br>Member of Qiang Cui &amp; Thomas Record Labs<br>1101 University Ave, Rm. 8359<br>
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