<html><body><div style="color:#000; background-color:#fff; font-family:times new roman, new york, times, serif;font-size:12pt"><div><span>Hi All <br></span></div><div><br><span></span></div><div><span>I am using course grained model where i have the whole glutamic acid as a sphere , and the other end is Lucine (hydrophobic) , do i need to still worry about capping the residue to evoid the negative charge in GLU from repelling other GLU .</span></div><div><span><br></span></div><div><span>Also is it possible to control the orientation of the peptides like to have them assembeled where it GLU LEU GLU LEU GLU LEU on one side of the&nbsp; trminis and the other side trmini</span><span> LEU GLU LEU GLU LEU GLU because i was thinking&nbsp; that if it GLU GLU GLU than they will repel each other and that is my be causing the problem</span></div><div><br><span></span></div><div><span>fatima ezzahra<br></span></div><div><br></div><div style="font-family: times new
 roman,new york,times,serif; font-size: 12pt;"><div style="font-family: times new roman,new york,times,serif; font-size: 12pt;"><font face="Arial" size="2"><hr size="1"><b><span style="font-weight: bold;">De&nbsp;:</span></b> Justin A. Lemkul &lt;jalemkul@vt.edu&gt;<br><b><span style="font-weight: bold;">À&nbsp;:</span></b> Discussion list for GROMACS users &lt;gmx-users@gromacs.org&gt;<br><b><span style="font-weight: bold;">Envoyé le :</span></b> Jeudi 7 Juillet 2011 17h03<br><b><span style="font-weight: bold;">Objet&nbsp;:</span></b> Re: Re : Re : Re : Re : [gmx-users] Re: Hexamer problem/ The N and C termini of peptides<br></font><br><br><br>errabah fatima ezzahra wrote:<br>&gt; Thank you so much for your help , my pdb file says that gen_seed = 473529 so i will change it to different numbers , but i saw online that&nbsp; <br><br>Your .mdp file, you mean?<br><br>&gt; some gen_seed = -1 and that to generate random seed is that correct ??<br><br>Yes,
 with -1 you will get a random number based on the process ID.<br><br>&gt; also please&nbsp; how i can control the starting initial states so that i can have starting from more one initial states??&nbsp; tried looking it up on line but did not find that much information.<br>&gt;&nbsp; <br><br>If you generate different velocities, then that is a different state.&nbsp; If you want to control what the velocities are (to some degree), then set gen_seed explicitly.&nbsp; If you want to start from a different configuration, build a new starting structure.<br><br>-Justin<br><br>&gt; Thank you so much<br>&gt; <br>&gt; fatima ezahra<br>&gt; <br>&gt; <br>&gt; <br>&gt; ------------------------------------------------------------------------<br>&gt; *De :* Justin A. Lemkul &lt;<a ymailto="mailto:jalemkul@vt.edu" href="mailto:jalemkul@vt.edu">jalemkul@vt.edu</a>&gt;<br>&gt; *À :* Discussion list for GROMACS users &lt;<a ymailto="mailto:gmx-users@gromacs.org"
 href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a>&gt;<br>&gt; *Envoyé le :* Jeudi 7 Juillet 2011 15h55<br>&gt; *Objet :* Re: Re : Re : Re : [gmx-users] Re: Hexamer problem/ The N and C termini of peptides<br>&gt; <br>&gt; <br>&gt; <br>&gt; errabah fatima ezzahra wrote:<br>&gt;&nbsp; &gt; I am sorry to be asking you again but do you start with different velocities&nbsp; by changing the temperature that will lead to change in velocities, i ma new to Gromacs so i dont know where to change he velocities, i checked the&nbsp; mdp file and i didn't see any velocity<br>&gt;&nbsp; &gt;<br>&gt; <br>&gt; Keep the temperature the same and change gen_seed.<br>&gt; <br>&gt; -Justin<br>&gt; <br>&gt;&nbsp; &gt; thank you<br>&gt;&nbsp; &gt;<br>&gt;&nbsp; &gt; Fatima ezzahra<br>&gt;&nbsp; &gt;<br>&gt;&nbsp; &gt; ------------------------------------------------------------------------<br>&gt;&nbsp; &gt; *De :* Justin A. Lemkul &lt;<a
 ymailto="mailto:jalemkul@vt.edu" href="mailto:jalemkul@vt.edu">jalemkul@vt.edu</a> &lt;mailto:<a ymailto="mailto:jalemkul@vt.edu" href="mailto:jalemkul@vt.edu">jalemkul@vt.edu</a>&gt;&gt;<br>&gt;&nbsp; &gt; *À :* Discussion list for GROMACS users &lt;<a ymailto="mailto:gmx-users@gromacs.org" href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a> &lt;mailto:<a ymailto="mailto:gmx-users@gromacs.org" href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a>&gt;&gt;<br>&gt;&nbsp; &gt; *Envoyé le :* Jeudi 7 Juillet 2011 14h55<br>&gt;&nbsp; &gt; *Objet :* Re: Re : Re : [gmx-users] Re: Hexamer problem/ The N and C termini of peptides<br>&gt;&nbsp; &gt;<br>&gt;&nbsp; &gt;<br>&gt;&nbsp; &gt;<br>&gt;&nbsp; &gt; errabah fatima ezzahra wrote:<br>&gt;&nbsp; &gt;&nbsp; &gt; *<br>&gt;&nbsp; &gt;&nbsp; &gt;<br>&gt;&nbsp; &gt;&nbsp; &gt; hello<br>&gt;&nbsp; &gt;&nbsp; &gt; Does anybody knows why The N and C termini of peptides can be neutralized before
 running simulation of peptides&nbsp; ?? i read this some where in a research paper , they dont say why but they do that using acetyl amine groops. Probably to evoid the repulsive interactions between the end of the peptides , please correct if i am wrong as my chemistry is not good, my one trimer is&nbsp; made of 3 peptides that ends with GLU LEU LEU and the other trimer ends with is LEU GLU LEU , should i worry about neutralizing the c and N termini<br>&gt;&nbsp; &gt;&nbsp; &gt;<br>&gt;&nbsp; &gt;<br>&gt;&nbsp; &gt; Capping groups can be added to termini using different software programs.&nbsp; There is no utility in Gromacs to do so.&nbsp; Once built, choose 'None' for the termini when running pdb2gmx to build a normal peptide bond between the terminal residue(s) and capping group(s).<br>&gt;&nbsp; &gt;<br>&gt;&nbsp; &gt; Such groups are often added (1) if artificial terminal attraction or repulsion should be avoided or (2) if the modeled peptide is a
 segment of a longer polypeptide or protein, in which case such integral charges are an incorrect representation of reality.<br>&gt;&nbsp; &gt;<br>&gt;&nbsp; &gt;&nbsp; &gt;&nbsp; Also what the important of running 20 simulations&nbsp; of the same 6 peptides ???. is that to compare the 20 simulation results and see **** which give better simulation sorry if my question are something i should know. i am trying to find how to get six peptides to self assemble to a hexamer&nbsp; . i will really appreciate your answers.<br>&gt;&nbsp; &gt;&nbsp; &gt;<br>&gt;&nbsp; &gt;<br>&gt;&nbsp; &gt; Running multiple simulations of a given configuration (using different starting velocities) gives better sampling.&nbsp; You can't conclude anything from a single trajectory.&nbsp; Just as you wouldn't run a single experiment on the bench and call it conclusive, so too is it true of simulations - if you run just one simulation, how do you know you're not seeing the one
 outlier in the data set?<br>&gt;&nbsp; &gt;<br>&gt;&nbsp; &gt; -Justin<br>&gt;&nbsp; &gt;<br>&gt;&nbsp; &gt; -- ========================================<br>&gt;&nbsp; &gt;<br>&gt;&nbsp; &gt; Justin A. Lemkul<br>&gt;&nbsp; &gt; Ph.D. Candidate<br>&gt;&nbsp; &gt; ICTAS Doctoral Scholar<br>&gt;&nbsp; &gt; MILES-IGERT Trainee<br>&gt;&nbsp; &gt; Department of Biochemistry<br>&gt;&nbsp; &gt; Virginia Tech<br>&gt;&nbsp; &gt; Blacksburg, VA<br>&gt;&nbsp; &gt; jalemkul[at]vt.edu | (540) 231-9080<br>&gt;&nbsp; &gt; <a href="http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin" target="_blank">http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin</a><br>&gt;&nbsp; &gt;<br>&gt;&nbsp; &gt; ========================================<br>&gt;&nbsp; &gt; -- gmx-users mailing list&nbsp; &nbsp; <a ymailto="mailto:gmx-users@gromacs.org" href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a> &lt;mailto:<a ymailto="mailto:gmx-users@gromacs.org"
 href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a>&gt; &lt;mailto:<a ymailto="mailto:gmx-users@gromacs.org" href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a> &lt;mailto:<a ymailto="mailto:gmx-users@gromacs.org" href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a>&gt;&gt;<br>&gt;&nbsp; &gt; <a href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>&gt;&nbsp; &gt; Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search" target="_blank">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search</a> before posting!<br>&gt;&nbsp; &gt; Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the www interface or send it to <a ymailto="mailto:gmx-users-request@gromacs.org" href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org">gmx-users-request@gromacs.org</a> &lt;mailto:<a ymailto="mailto:gmx-users-request@gromacs.org"
 href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org">gmx-users-request@gromacs.org</a>&gt; &lt;mailto:<a ymailto="mailto:gmx-users-request@gromacs.org" href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org">gmx-users-request@gromacs.org</a> &lt;mailto:<a ymailto="mailto:gmx-users-request@gromacs.org" href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org">gmx-users-request@gromacs.org</a>&gt;&gt;.<br>&gt;&nbsp; &gt; Can't post? Read <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists" target="_blank">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists</a><br>&gt;&nbsp; &gt;<br>&gt;&nbsp; &gt;<br>&gt; <br>&gt; -- ========================================<br>&gt; <br>&gt; Justin A. Lemkul<br>&gt; Ph.D. Candidate<br>&gt; ICTAS Doctoral Scholar<br>&gt; MILES-IGERT Trainee<br>&gt; Department of Biochemistry<br>&gt; Virginia Tech<br>&gt; Blacksburg, VA<br>&gt; jalemkul[at]vt.edu | (540) 231-9080<br>&gt; <a href="http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin"
 target="_blank">http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin</a><br>&gt; <br>&gt; ========================================<br>&gt; -- gmx-users mailing list&nbsp; &nbsp; <a ymailto="mailto:gmx-users@gromacs.org" href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a> &lt;mailto:<a ymailto="mailto:gmx-users@gromacs.org" href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a>&gt;<br>&gt; <a href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>&gt; Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search" target="_blank">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search</a> before posting!<br>&gt; Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the www interface or send it to <a ymailto="mailto:gmx-users-request@gromacs.org" href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org">gmx-users-request@gromacs.org</a>
 &lt;mailto:<a ymailto="mailto:gmx-users-request@gromacs.org" href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org">gmx-users-request@gromacs.org</a>&gt;.<br>&gt; Can't post? Read <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists" target="_blank">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists</a><br>&gt; <br>&gt; <br><br>-- ========================================<br><br>Justin A. Lemkul<br>Ph.D. Candidate<br>ICTAS Doctoral Scholar<br>MILES-IGERT Trainee<br>Department of Biochemistry<br>Virginia Tech<br>Blacksburg, VA<br>jalemkul[at]vt.edu | (540) 231-9080<br><a href="http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin" target="_blank">http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin</a><br><br>========================================<br>-- gmx-users mailing list&nbsp; &nbsp; <a ymailto="mailto:gmx-users@gromacs.org" href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a><br><a href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users"
 target="_blank">http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search" target="_blank">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search</a> before posting!<br>Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the www interface or send it to <a ymailto="mailto:gmx-users-request@gromacs.org" href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br>Can't post? Read <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists" target="_blank">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists</a><br><br><br></div></div></div></body></html>