<DIV>Hi,</DIV>
<DIV>I'm doing implicit solvent in gromacs 4.5.2 with amber03 force field .I have done energy minimization .Then mdrun in NVT,but there is always LINCS error .When I make impolicit_solvent=no,it can run successfully. Is there a problem in the parameter settings? How can I solve the problem?</DIV>
<DIV>&nbsp;</DIV>
<DIV>Step 49, time 0.049 (ps)&nbsp; LINCS WARNING<BR>relative constraint deviation after LINCS:<BR>rms 56.816425, max 1019.791504 (between atoms 2943 and 2942)<BR>bonds that rotated more than 30 degrees:<BR>&nbsp;atom 1 atom 2&nbsp; angle&nbsp; previous, current, constraint length<BR>&nbsp;&nbsp; 2913&nbsp;&nbsp; 2912&nbsp;&nbsp; 90.1&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1093&nbsp; 62.1434&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1093<BR>&nbsp;&nbsp; 2920&nbsp;&nbsp; 2919&nbsp;&nbsp; 91.3&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1093&nbsp;&nbsp; 4.7180&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1093<BR>&nbsp;&nbsp; 2943&nbsp;&nbsp; 2942&nbsp;&nbsp; 90.1&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1895&nbsp; 99.4251&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.0974<BR>Wrote pdb files with previous and current coordinates<BR></DIV>
<DIV>mdp file &nbsp;is in the attachment.</DIV><br><br><span title="neteasefooter"><span id="netease_mail_footer"></span></span>