<!DOCTYPE HTML PUBLIC "-//W3C//DTD HTML 4.01 Transitional//EN">
<html>
  <head>
    <meta content="text/html; charset=ISO-8859-1"
      http-equiv="Content-Type">
  </head>
  <body text="#000000" bgcolor="#ffffff">
    On 12/07/2011 1:12 PM, WU Yanbin wrote:
    <blockquote
cite="mid:CAN+QJgvPfhH_PLegieGDooBz_ZeBwG6-faMvLYwgK6O4_ohcMA@mail.gmail.com"
      type="cite">Dear GMXers,<br>
      <br>
      I'm trying to implementing a flexible water model in "Gordillo,
      M.C.; Marti, J. <i>J. Phys.: Condens. Matter</i> <b>2010</b>, <i>22</i>,
      284111" using GROMACS.<br>
      <br>
      The intra-molecular water potential has the following form:<br>
      V=D{[1-exp(-alpha*r1)]^2 + [1-exp(-alpha*r1)]^2} + k_a /2 *r3^2 +
      k_a*r3*(r1+r2) + k_rr *r1*r2<br>
      where r1, r2 is the O-H bond distance and r3 is the H-H distance.<br>
      <br>
      The first term can be modeled using Morse potential.<br>
      The second term can be model by harmonic potential.<br>
      <br>
      Could anyone give some suggestions about how to implement the
      remaining two coupling terms in GROMACS? Or can anyone recommend
      other packages that support these function forms?<br>
    </blockquote>
    <br>
    You'd have to write code to do the latter two terms. Consider the
    implementation of Urey-Bradley interactions as a template.<br>
    <br>
    Mark<br>
  </body>
</html>