<html><head><style type="text/css"><!-- DIV {margin:0px;} --></style></head><body><div style="font-family:times new roman, new york, times, serif;font-size:12pt"><DIV>Hi,</DIV>
<DIV>&nbsp;</DIV>
<DIV>I'm trying to include parameters of n-butanol in the topology file (below) (i'm not using opls or other force field for butanol), but when i run the grompp program, I obtain the following message:</DIV>
<DIV>&nbsp;</DIV>
<DIV>Fatal error:<BR>Atomtype Hb not found</DIV>
<DIV>&nbsp;</DIV>
<DIV>How can I fix this problem?</DIV>
<DIV>&nbsp;</DIV>
<DIV>Thanks</DIV>
<DIV>&nbsp;</DIV>
<DIV>Topology file:</DIV>
<DIV>&nbsp;</DIV>
<DIV>; Include forcefield parameters&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; <BR>#include "oplsaa.ff/forcefield.itp"&nbsp; <BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; <BR>; Include forcefield parameters&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; <BR>#include "oplsaa.ff/tip5p.itp"&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; </DIV>
<DIV>[ moleculetype ]<BR>; name&nbsp; nrexcl&nbsp;<BR>BuOH&nbsp;3&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; </DIV>
<DIV>&nbsp;[ atoms ]&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; <BR>;&nbsp;&nbsp; nr&nbsp;&nbsp;&nbsp; type&nbsp;&nbsp; resnr&nbsp; residu&nbsp;&nbsp;&nbsp; atom&nbsp;&nbsp;&nbsp; cgnr&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; charge&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; mass<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Hb&nbsp; 1&nbsp;&nbsp; BuOH&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; HO&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.38&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1.0080<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; O&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp; BuOH&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; OH&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -0.66&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 15.9994<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; C&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp; BuOH&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; CA&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
 0.40&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 12.0110<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 4&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; C&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp; BuOH&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; CB&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -0.22&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 12.0110<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 5&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; C&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp; BuOH&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; CC&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -0.22&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 12.0110<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 6&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; C&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp; BuOH&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; CD&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -0.33&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 12.0110<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 7&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; H&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp; BuOH&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; HA&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -0.06&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1.0080<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
 8&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; H&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp; BuOH&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; HB&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -0.06&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1.0080<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 9&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; H&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp; BuOH&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; HC&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.11&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1.0080<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 10&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; H&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp; BuOH&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; HD&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.11&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1.0080<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 11&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; H&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp; BuOH&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; HE&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.11&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1.0080<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 12&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; H&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;
 BuOH&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; HF&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.11&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1.0080<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 13&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; H&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp; BuOH&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; HG&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.11&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1.0080<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 14&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; H&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp; BuOH&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; HF&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.11&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1.0080<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 15&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; H&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp; BuOH&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; HG&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.11&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1.0080</DIV>
<DIV>&nbsp;[ atomtypes ]<BR>; name&nbsp;&nbsp; at.num&nbsp;&nbsp; mass&nbsp;&nbsp; charge&nbsp;&nbsp; ptype&nbsp;&nbsp; V(c6)&nbsp;&nbsp; W(c12)<BR>&nbsp;&nbsp; Hb&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1.0080&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.38&nbsp;&nbsp; A&nbsp;&nbsp; 0.4149611E-07&nbsp; 0.9737356E-04<BR>&nbsp;&nbsp; O&nbsp;&nbsp; 8&nbsp;&nbsp;&nbsp; 15.9994&nbsp;&nbsp;&nbsp; -0.66&nbsp;&nbsp; A&nbsp;&nbsp; 0.9722461E-06&nbsp; 0.1247853E-02<BR>&nbsp;&nbsp; C&nbsp;&nbsp; 6&nbsp;&nbsp;&nbsp; 12.0110&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.40&nbsp;&nbsp; A&nbsp;&nbsp; 0.4895634E-05&nbsp; 0.2791672E-02<BR>&nbsp;&nbsp; C&nbsp;&nbsp; 6&nbsp;&nbsp;&nbsp; 12.0110&nbsp;&nbsp;&nbsp; -0.22&nbsp;&nbsp; A&nbsp;&nbsp; 0.4895634E-05&nbsp; 0.2791672E-02&nbsp;&nbsp; <BR>&nbsp;&nbsp; C&nbsp;&nbsp; 6&nbsp;&nbsp;&nbsp; 12.0110&nbsp;&nbsp;&nbsp; -0.33&nbsp;&nbsp; A&nbsp;&nbsp; 0.4895634E-05&nbsp; 0.2791672E-02<BR>&nbsp;&nbsp; H&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1.0080&nbsp;&nbsp;&nbsp;
 -0.06&nbsp;&nbsp; A&nbsp;&nbsp; 0.4415162E-06&nbsp; 0.5131711E-03<BR>&nbsp;&nbsp; H&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1.0080&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.11&nbsp;&nbsp; A&nbsp;&nbsp; 0.4415162E-06&nbsp; 0.5131711E-03</DIV>
<DIV>&nbsp;[ bondtype ]&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; <BR>;&nbsp; ai&nbsp;&nbsp; aj funct&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; c0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; c1&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; <BR>&nbsp;&nbsp; HB&nbsp; O&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp; 0.10900&nbsp;&nbsp; 462750.4&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; <BR>&nbsp;&nbsp; O&nbsp;&nbsp; C&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp; 0.14300&nbsp;&nbsp; 376560.0 &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; <BR>&nbsp;&nbsp; C&nbsp;&nbsp; C&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp; 0.15300&nbsp;&nbsp; 265265.6&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; <BR>&nbsp;&nbsp; H&nbsp;&nbsp; C&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp; 0.10800&nbsp;&nbsp; 284512.0</DIV>
<DIV>&nbsp;[ angletype ]&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; <BR>;&nbsp; ai&nbsp;&nbsp;&nbsp; aj&nbsp;&nbsp;&nbsp; ak func&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; c0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; c1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; <BR>&nbsp; C&nbsp;&nbsp;&nbsp; O&nbsp;&nbsp;&nbsp; HB&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp; 108.000&nbsp;&nbsp;&nbsp; 460.240&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; <BR>&nbsp; C&nbsp;&nbsp;&nbsp; C&nbsp;&nbsp;&nbsp; O&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp; 108.000&nbsp;&nbsp;&nbsp; 418.400 &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; <BR>&nbsp; C&nbsp;&nbsp;&nbsp; C&nbsp;&nbsp;&nbsp; C&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp; 112.000&nbsp;&nbsp;&nbsp; 488.273&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; <BR>&nbsp; H&nbsp;&nbsp;&nbsp; C&nbsp;&nbsp;&nbsp; H&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp; 109.470&nbsp;&nbsp;&nbsp; 292.000</DIV>
<DIV>&nbsp;[ dihedrals ]&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; <BR>&nbsp; 1&nbsp; 2&nbsp; 3&nbsp; 4&nbsp; 3&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.41840&nbsp;&nbsp; 1.25520&nbsp;&nbsp; 0.00000&nbsp; -1.67360&nbsp;&nbsp; 0.00000&nbsp;&nbsp; 0.00000<BR>&nbsp; 2&nbsp; 3&nbsp; 4&nbsp; 5&nbsp; 3&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2.87441&nbsp;&nbsp; 0.58158&nbsp;&nbsp; 2.09200&nbsp; -5.54799&nbsp;&nbsp; 0.00000&nbsp;&nbsp; 0.00000<BR>&nbsp; 3&nbsp; 4&nbsp; 5&nbsp; 6&nbsp; 3&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2.92880&nbsp; -1.46440&nbsp;&nbsp; 0.20920&nbsp; -1.67360&nbsp;&nbsp; 0.00000&nbsp;&nbsp; 0.00000</DIV>
<DIV>&nbsp;[ nonbond_params ]<BR>; i&nbsp;&nbsp; j&nbsp;&nbsp; func&nbsp;&nbsp; V(c6)&nbsp;&nbsp; W(c12)<BR>&nbsp; H&nbsp;&nbsp; H&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.4149611E-07&nbsp; 0.9737356E-04<BR>&nbsp; H&nbsp;&nbsp; HW&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.4149611E-07&nbsp; 0.9737356E-04<BR>&nbsp; H&nbsp;&nbsp; C&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.4415162E-06&nbsp; 0.5131711E-03<BR>&nbsp; H&nbsp;&nbsp; O&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1927397E-06&nbsp; 0.3416812E-03<BR>&nbsp; H&nbsp;&nbsp; OW&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1927397E-06&nbsp; 0.3416812E-03<BR>&nbsp; H&nbsp;&nbsp; Hb&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.4149611E-07&nbsp; 0.9737356E-04<BR>&nbsp; HW&nbsp; HW&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.0000000E+00&nbsp; 0.0000000E+00<BR>&nbsp; HW&nbsp; C&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.4415162E-06&nbsp; 0.5131711E-03<BR>&nbsp; HW&nbsp; O&nbsp;&nbsp;
 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.0000000E+00&nbsp; 0.0000000E+00<BR>&nbsp; HW&nbsp; OW&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.0000000E+00&nbsp; 0.0000000E+00<BR>&nbsp; HW&nbsp; Hb&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.4149611E-07&nbsp; 0.9737356E-04<BR>&nbsp; C&nbsp;&nbsp; C&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.4895634E-05&nbsp; 0.2791672E-02<BR>&nbsp; C&nbsp;&nbsp; O&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.2159724E-05&nbsp; 0.1866537E-02<BR>&nbsp; C&nbsp;&nbsp; OW&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.2159724E-05&nbsp; 0.1866537E-02<BR>&nbsp; C&nbsp;&nbsp; Hb&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.4415162E-06&nbsp; 0.5131711E-03<BR>&nbsp; O&nbsp;&nbsp; O&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.9722461E-06&nbsp; 0.1247853E-02<BR>&nbsp; O&nbsp;&nbsp; OW&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1562282E-05&nbsp; 0.1785000E-02<BR>&nbsp; O&nbsp;&nbsp; Hb&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.0000000E+00&nbsp;
 0.0000000E+00<BR>&nbsp; OW&nbsp; OW&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.2510400E-05&nbsp; 0.2552000E-02<BR>&nbsp; OW&nbsp; Hb&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.0000000E+00&nbsp; 0.0000000E+00<BR>&nbsp; Hb&nbsp; Hb&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.4149611E-07&nbsp; 0.9737356E-04</DIV>
<DIV>&nbsp;[ system ]<BR>&nbsp;; Name<BR>&nbsp;BuOH in water</DIV>
<DIV>&nbsp;[ molecules ]<BR>&nbsp;; Compound&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; #mols<BR>&nbsp;BuOH&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 343<BR>&nbsp;SOL&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 185</DIV>
<DIV>&nbsp;</DIV>
<DIV>&nbsp;</DIV>
<DIV>&nbsp;</DIV></div></body></html>