Hi Mark,<div><br></div><div>Thanks for the information and help. <br><br><div class="gmail_quote"><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex;"><div text="#000000" bgcolor="#ffffff">


    OK, but that can be just lucky - how lucky depends on your
    preparation protocol, which you haven&#39;t told us about. You are not
    actually doing the same calculation on both machines - the processes
    are chaotic even if everything seems equivalent.</div></blockquote><div> </div><div>The tpr file were provided by a collaborator who uses only Mac/OS X and so has no experience with this problem. I don&#39;t know the preparation protocol, but can ask if it is necessary. </div>

<div><br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex;"><div text="#000000" bgcolor="#ffffff">
    Those warnings look pretty localized to a region of your structure.
    Firstly, some kind of linking or GROMACS failure would be likely to
    be manifest all over the place - and cause problems even if you did
    a run with different velocity generation. Secondly, have you looked
    at the resulting PDB files? You may wish to run the simulation to
    step 14500, and then restart with nstxout=1 so you can watch it
    explode. That may highlight a bad contact suddenly being able to
    relax.</div></blockquote><div><br></div><div>Ahh, ok. The trajectory output is only every 500 steps, and the structures up to step 14500 appear sensible.</div><div><br></div><div>Per&#39;s suggestion of disabling kernel optimisations appears to have caused the simulation to run correctly so far. If this fails, I will follow your suggestions to get more detailed information.</div>

<div><br></div><div>Again, many thanks for the advice.</div><div><br></div><div>Luke</div></div></div>