Hello All,<br><br>I was trying to run a MD simulation of a 17 amino acid peptide. At the position restraint step, the program crashed after running ~536 ps.<br><br>It gave the error message:<br><br>&quot;t=536.242 ps: Water molecule starting at atom 6101 cannot be settled.<br>
Check for bad contacts and/or reduce the timestep. Wrote pdb files with previous and current coordinates.&quot;<br><br>So I looked into the pdb files for atom 6101:<br><br>In the last but one step, the pdb file looks like:<br>
<br>ATOM   6101  OW  SOL  1970      44.896  30.613  17.849  1.00  0.00<br>ATOM   6102  HW1 SOL  1970      45.375  30.296  18.668  1.00  0.00<br>ATOM   6103  HW2 SOL  1970      44.264  29.904  17.537  1.00  0.00<br><br>In the last step, the pdb file looks like:<br>
<br>ATOM   6101  OW  SOL  1970    395154652137521152.000-290190255628222464.000695407981780533248.000  1.00  0.00<br>ATOM   6102  HW1 SOL  1970    -2104656020830683136.0005806908484133847040.000-6427192471385538560.000  1.00  0.00<br>
ATOM   6103  HW2 SOL  1970    1131095442881249280.000593978790032441344.0001018902650772520960.000  1.00  0.00<br><br>So, there is clearly something wrong. What should I do now to solve this problem?<br><br>Thanks,<br>Sayan.<br clear="all">
<br>-- <br> Sayan Bagchi <br><div><br></div><br>