
<html><head><style type="text/css"><!-- DIV {margin:0px;} --></style></head><body><div style="font-family:times new roman, new york, times, serif;font-size:12pt"><DIV>Hi,</DIV>

<DIV>&nbsp;</DIV>

<DIV>really the problem was with the order, but now i have another problem (below). I have already read the chapter 5, but i didn't fix my problem. I would like to use an archive .itp for the butanol, although i use the tip3p for water in the system (mixture water-butanol), I want use&nbsp;different parameters for nonbonded interactions between water-butanol (because were parametrized specifically for these interactions). How can I do that? My atual archive .top is more below.</DIV>

<DIV>&nbsp;</DIV>

<DIV>Archive .top: </DIV>

<DIV>&nbsp;</DIV>

<DIV>&nbsp;[ defaults ]<BR>; nbfunc&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; comb-rule&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; gen-pairs&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; fudgeLJ fudgeQQ<BR>&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3&nbsp;&nbsp;&nbsp; yes&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.5&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.5</DIV>

<DIV>&nbsp;</DIV>

<DIV>&nbsp;[ atomtypes ]<BR>; name&nbsp;&nbsp; at.num&nbsp;&nbsp; mass&nbsp;&nbsp; charge&nbsp;&nbsp; ptype&nbsp;&nbsp; V(c6)&nbsp;&nbsp; W(c12)<BR>&nbsp;&nbsp; Hb&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1.0080&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.38&nbsp;&nbsp; A&nbsp;&nbsp; 0.4149611E-07&nbsp; 0.9737356E-04<BR>&nbsp;&nbsp; O&nbsp;&nbsp; 8&nbsp;&nbsp;&nbsp; 15.9994&nbsp;&nbsp;&nbsp; -0.66&nbsp;&nbsp; A&nbsp;&nbsp; 0.9722461E-06&nbsp; 0.1247853E-02<BR>&nbsp;&nbsp; C&nbsp;&nbsp; 6&nbsp;&nbsp;&nbsp; 12.0110&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.40&nbsp;&nbsp; A&nbsp;&nbsp; 0.4895634E-05&nbsp; 0.2791672E-02<BR>&nbsp;&nbsp; C&nbsp;&nbsp; 6&nbsp;&nbsp;&nbsp; 12.0110&nbsp;&nbsp;&nbsp; -0.22&nbsp;&nbsp; A&nbsp;&nbsp; 0.4895634E-05&nbsp; 0.2791672E-02&nbsp;&nbsp; <BR>&nbsp;&nbsp; C&nbsp;&nbsp; 6&nbsp;&nbsp;&nbsp; 12.0110&nbsp;&nbsp;&nbsp; -0.33&nbsp;&nbsp; A&nbsp;&nbsp; 0.4895634E-05&nbsp; 0.2791672E-02<BR>&nbsp;&nbsp; H&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1.0080&nbsp;&nbsp;&nbsp;

 -0.06&nbsp;&nbsp; A&nbsp;&nbsp; 0.4415162E-06&nbsp; 0.5131711E-03<BR>&nbsp;&nbsp; H&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1.0080&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.11&nbsp;&nbsp; A&nbsp;&nbsp; 0.4415162E-06&nbsp; 0.5131711E-03</DIV>

<DIV>&nbsp;</DIV>

<DIV>&nbsp;[ bondtype ]&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; <BR>;&nbsp; ai&nbsp;&nbsp; aj funct&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; c0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; c1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; <BR>&nbsp;&nbsp; Hb&nbsp; O&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp; 0.10900&nbsp;&nbsp;

 462750.4&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; <BR>&nbsp;&nbsp; O&nbsp;&nbsp; C&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp; 0.14300&nbsp;&nbsp; 376560.0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; <BR>&nbsp;&nbsp; C&nbsp;&nbsp; C&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp; 0.15300&nbsp;&nbsp; 265265.6&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; <BR>&nbsp;&nbsp;

 H&nbsp;&nbsp; C&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp; 0.10800&nbsp;&nbsp; 284512.0</DIV>

<DIV>&nbsp;</DIV>

<DIV>&nbsp;[ angletype ]&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; <BR>;&nbsp; ai&nbsp;&nbsp;&nbsp; aj&nbsp;&nbsp;&nbsp; ak func&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; c0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; c1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; <BR>&nbsp; C&nbsp;&nbsp;&nbsp; O&nbsp;&nbsp;&nbsp; Hb&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp; 108.000&nbsp;&nbsp;&nbsp;

 460.240&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; <BR>&nbsp; C&nbsp;&nbsp;&nbsp; C&nbsp;&nbsp;&nbsp; O&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp; 108.000&nbsp;&nbsp;&nbsp; 418.400&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; <BR>&nbsp; C&nbsp;&nbsp;&nbsp; C&nbsp;&nbsp;&nbsp; C&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp; 112.000&nbsp;&nbsp;&nbsp; 488.273&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; <BR>&nbsp; H&nbsp;&nbsp;&nbsp; C&nbsp;&nbsp;&nbsp; H&nbsp;&nbsp;

 1&nbsp;&nbsp;&nbsp; 109.470&nbsp;&nbsp;&nbsp; 292.000</DIV>

<DIV>&nbsp;</DIV>

<DIV>[ moleculetype ]&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; <BR>; name&nbsp; nrexcl&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; <BR>BuOH&nbsp;&nbsp;&nbsp;

 3&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; <BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; <BR>&nbsp;[ atoms

 ]&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; <BR>;&nbsp;&nbsp; nr&nbsp;&nbsp;&nbsp; type&nbsp;&nbsp; resnr&nbsp; residu&nbsp;&nbsp;&nbsp; atom&nbsp;&nbsp;&nbsp; cgnr&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; charge&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; mass<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Hb&nbsp; 1&nbsp;&nbsp; BuOH&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; HO&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.38&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1.0080&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; <BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

 O&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp; BuOH&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; OH&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -0.66&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 15.9994&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; <BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; C&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp; BuOH&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; CA&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.40&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 12.0110&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; <BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 4&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; C&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp; BuOH&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; CB&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -0.22&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 12.0110&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; <BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 5&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; C&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp; BuOH&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; CC&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -0.22&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 12.0110&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; <BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 6&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; C&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp; BuOH&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; CD&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -0.33&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 12.0110&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; <BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 7&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; H&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp; BuOH&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; HA&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -0.06&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1.0080&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; <BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 8&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; H&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp; BuOH&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Hb&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -0.06&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

 1.0080&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; <BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 9&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; H&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp; BuOH&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; HC&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.11&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1.0080&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; <BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 10&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; H&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp; BuOH&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; HD&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.11&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1.0080&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; <BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 11&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; H&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp; BuOH&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; HE&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.11&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1.0080&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

 <BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 12&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; H&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp; BuOH&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; HF&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.11&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1.0080&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; <BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 13&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; H&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp; BuOH&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; HG&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.11&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1.0080&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; <BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 14&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; H&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp; BuOH&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; HF&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.11&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1.0080&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; <BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 15&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; H&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;

 BuOH&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; HG&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.11&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1.0080&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; </DIV>

<DIV>&nbsp;</DIV>

<DIV>&nbsp;[ dihedrals ]&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; <BR>&nbsp; 1&nbsp; 2&nbsp; 3&nbsp; 4&nbsp; 3&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.41840&nbsp;&nbsp; 1.25520&nbsp;&nbsp; 0.00000&nbsp; -1.67360&nbsp;&nbsp; 0.00000&nbsp;&nbsp; 0.00000<BR>&nbsp; 2&nbsp; 3&nbsp; 4&nbsp; 5&nbsp; 3&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2.87441&nbsp;&nbsp; 0.58158&nbsp;&nbsp; 2.09200&nbsp; -5.54799&nbsp;&nbsp; 0.00000&nbsp;&nbsp; 0.00000<BR>&nbsp; 3&nbsp; 4&nbsp; 5&nbsp; 6&nbsp; 3&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2.92880&nbsp; -1.46440&nbsp;&nbsp; 0.20920&nbsp; -1.67360&nbsp;&nbsp; 0.00000&nbsp;&nbsp; 0.00000</DIV>

<DIV>&nbsp;</DIV>

<DIV>; Include forcefield parameters&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; <BR>;#include "oplsaa.ff/forcefield.itp"&nbsp; </DIV>

<DIV>&nbsp;</DIV>

<DIV>; Include forcefield parameters&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; <BR>#include "oplsaa.ff/tip3p.itp"&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; </DIV>

<DIV>&nbsp;</DIV>

<DIV>&nbsp;[ nonbond_params ]<BR>; i&nbsp;&nbsp; j&nbsp;&nbsp; func&nbsp;&nbsp; V(c6)&nbsp;&nbsp; W(c12)<BR>&nbsp; H&nbsp;&nbsp; H&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.4149611E-07&nbsp; 0.9737356E-04<BR>&nbsp; H&nbsp;&nbsp; HW&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.4149611E-07&nbsp; 0.9737356E-04<BR>&nbsp; H&nbsp;&nbsp; C&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.4415162E-06&nbsp; 0.5131711E-03<BR>&nbsp; H&nbsp;&nbsp; O&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1927397E-06&nbsp; 0.3416812E-03<BR>&nbsp; H&nbsp;&nbsp; OW&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1927397E-06&nbsp; 0.3416812E-03<BR>&nbsp; H&nbsp;&nbsp; Hb&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.4149611E-07&nbsp; 0.9737356E-04<BR>&nbsp; HW&nbsp; HW&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.0000000E+00&nbsp; 0.0000000E+00<BR>&nbsp; HW&nbsp; C&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.4415162E-06&nbsp; 0.5131711E-03<BR>&nbsp; HW&nbsp; O&nbsp;&nbsp;

 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.0000000E+00&nbsp; 0.0000000E+00<BR>&nbsp; HW&nbsp; OW&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.0000000E+00&nbsp; 0.0000000E+00<BR>&nbsp; HW&nbsp; Hb&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.4149611E-07&nbsp; 0.9737356E-04<BR>&nbsp; C&nbsp;&nbsp; C&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.4895634E-05&nbsp; 0.2791672E-02<BR>&nbsp; C&nbsp;&nbsp; O&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.2159724E-05&nbsp; 0.1866537E-02<BR>&nbsp; C&nbsp;&nbsp; OW&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.2159724E-05&nbsp; 0.1866537E-02<BR>&nbsp; C&nbsp;&nbsp; Hb&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.4415162E-06&nbsp; 0.5131711E-03<BR>&nbsp; O&nbsp;&nbsp; O&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.9722461E-06&nbsp; 0.1247853E-02<BR>&nbsp; O&nbsp;&nbsp; OW&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1562282E-05&nbsp; 0.1785000E-02<BR>&nbsp; O&nbsp;&nbsp; Hb&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.0000000E+00&nbsp;

 0.0000000E+00<BR>&nbsp; OW&nbsp; OW&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.2510400E-05&nbsp; 0.2552000E-02<BR>&nbsp; OW&nbsp; Hb&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.0000000E+00&nbsp; 0.0000000E+00<BR>&nbsp; Hb&nbsp; Hb&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.4149611E-07&nbsp; 0.9737356E-04</DIV>

<DIV>&nbsp;</DIV>

<DIV>&nbsp;[ system ]<BR>&nbsp;; Name<BR>&nbsp;BuOH in water</DIV>

<DIV>&nbsp;</DIV>

<DIV>&nbsp;[ molecules ]<BR>&nbsp;; Compound&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; #mols<BR>&nbsp;BuOH&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 343<BR>&nbsp;SOL&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 185<BR></DIV>

<DIV>&nbsp;</DIV>

<DIV>Error with grompp:</DIV>

<DIV>&nbsp;</DIV>

<DIV>WARNING 1 [file BuOHaa.top, line 27]:<BR>&nbsp; Overriding atomtype C</DIV>

<DIV><BR>WARNING 2 [file BuOHaa.top, line 28]:<BR>&nbsp; Overriding atomtype C</DIV>

<DIV><BR>WARNING 3 [file BuOHaa.top, line 30]:<BR>&nbsp; Overriding atomtype H</DIV>

<DIV><BR>ERROR 1 [file BuOHaa.top, line 32]:<BR>&nbsp; Invalid directive bondtype</DIV>

<DIV><BR>WARNING 4 [file BuOHaa.top, line 34]:<BR>&nbsp; Too few parameters on line (source file toppush.c, line 246)</DIV>

<DIV><BR>WARNING 5 [file BuOHaa.top, line 35]:<BR>&nbsp; Too few parameters on line (source file toppush.c, line 246)</DIV>

<DIV><BR>WARNING 6 [file BuOHaa.top, line 36]:<BR>&nbsp; Too few parameters on line (source file toppush.c, line 246)</DIV>

<DIV><BR>WARNING 7 [file BuOHaa.top, line 37]:<BR>&nbsp; Too few parameters on line (source file toppush.c, line 246)</DIV>

<DIV><BR>ERROR 2 [file BuOHaa.top, line 39]:<BR>&nbsp; Invalid directive angletype</DIV>

<DIV><BR>WARNING 8 [file BuOHaa.top, line 41]:<BR>&nbsp; Too few parameters on line (source file toppush.c, line 315)</DIV>

<DIV><BR>WARNING 9 [file BuOHaa.top, line 42]:<BR>&nbsp; Too few parameters on line (source file toppush.c, line 315)</DIV>

<DIV><BR>WARNING 10 [file BuOHaa.top, line 43]:<BR>&nbsp; Too few parameters on line (source file toppush.c, line 315)</DIV>

<DIV><BR>WARNING 11 [file BuOHaa.top, line 44]:<BR>&nbsp; Too few parameters on line (source file toppush.c, line 315)</DIV>

<DIV>Generated 10 of the 10 non-bonded parameter combinations<BR>Generating 1-4 interactions: fudge = 0.5<BR>Generated 10 of the 10 1-4 parameter combinations</DIV>

<DIV>-------------------------------------------------------<BR>Program grompp, VERSION 4.5.4<BR>Source code file: toppush.c, line: 1166</DIV>

<DIV>Fatal error:<BR>Atomtype opls_111 not found<BR></DIV>

<DIV>Thanks,</DIV>

<DIV>&nbsp;</DIV>

<DIV>Juliana Angeiras B. da Silva.</DIV>

<DIV>Laborat�rio de Qu�mica Te�rica e Computacional</DIV>

<DIV>Departamento de Qu�mica Fundamental</DIV>

<DIV>Universidade Federal de Pernambuco</DIV>

<DIV>Recife, PE - Brasil.<BR></DIV>

<DIV style="FONT-FAMILY: times new roman, new york, times, serif; FONT-SIZE: 12pt"><BR>

<DIV style="FONT-FAMILY: arial, helvetica, sans-serif; FONT-SIZE: 13px"><FONT size=2 face=Tahoma>

<HR SIZE=1>

<B><SPAN style="FONT-WEIGHT: bold">De:</SPAN></B> Justin A. Lemkul &lt;jalemkul@vt.edu&gt;<BR><B><SPAN style="FONT-WEIGHT: bold">Para:</SPAN></B> Discussion list for GROMACS users &lt;gmx-users@gromacs.org&gt;<BR><B><SPAN style="FONT-WEIGHT: bold">Enviadas:</SPAN></B> Ter�a-feira, 12 de Julho de 2011 12:42:49<BR><B><SPAN style="FONT-WEIGHT: bold">Assunto:</SPAN></B> Re: [gmx-users] Topology for nBuOH<BR></FONT><BR><BR><BR>Juliana Angeiras wrote:<BR>&gt; Hi,<BR>&gt;&nbsp; I'm trying to include parameters of n-butanol in the topology file (below) (i'm not using opls or other force field for butanol), but when i run the grompp program, I obtain the following message:<BR>&gt;&nbsp; Fatal error:<BR>&gt; Atomtype Hb not found<BR>&gt;&nbsp; How can I fix this problem?<BR>&gt;&nbsp; <BR><BR>Your directives are out of order.&nbsp; If you define new atomtypes, etc. they have to be defined before they can be used.&nbsp; See Chapter 5 of the

 manual.<BR><BR>-Justin<BR><BR>&gt; Thanks<BR>&gt;&nbsp; Topology file:<BR>&gt;&nbsp; ; Include forcefield parameters&nbsp; &nbsp; #include "oplsaa.ff/forcefield.itp"&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; ; Include forcefield parameters&nbsp; &nbsp; #include "oplsaa.ff/tip5p.itp"&nbsp; &nbsp; &nbsp; [ moleculetype ]<BR>&gt; ; name&nbsp; nrexcl BuOH 3&nbsp; &nbsp; &nbsp; [ atoms ]&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; ;&nbsp; nr&nbsp; &nbsp; type&nbsp; resnr&nbsp; residu&nbsp; &nbsp; atom&nbsp; &nbsp; cgnr&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; charge&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; mass<BR>&gt;&nbsp; &nbsp; &nbsp; 1&nbsp; &nbsp; &nbsp; Hb&nbsp; 1&nbsp; BuOH&nbsp; &nbsp; HO&nbsp; &nbsp; 1&nbsp; &nbsp; &nbsp; 0.38&nbsp; &nbsp; &nbsp; 1.0080<BR>&gt;&nbsp; &nbsp; &nbsp; 2&nbsp; &nbsp; &nbsp; O&nbsp; 1&nbsp; BuOH&nbsp; &nbsp; OH&nbsp; &nbsp; 1&nbsp; &nbsp; &nbsp; -0.66&nbsp; &nbsp; &nbsp; 15.9994<BR>&gt;&nbsp; &nbsp; &nbsp; 3&nbsp; &nbsp; &nbsp; C&nbsp; 1&nbsp; BuOH&nbsp;

 &nbsp; CA&nbsp; &nbsp; 1&nbsp; &nbsp; &nbsp; 0.40&nbsp; &nbsp; &nbsp; 12.0110<BR>&gt;&nbsp; &nbsp; &nbsp; 4&nbsp; &nbsp; &nbsp; C&nbsp; 1&nbsp; BuOH&nbsp; &nbsp; CB&nbsp; &nbsp; 1&nbsp; &nbsp; &nbsp; -0.22&nbsp; &nbsp; &nbsp; 12.0110<BR>&gt;&nbsp; &nbsp; &nbsp; 5&nbsp; &nbsp; &nbsp; C&nbsp; 1&nbsp; BuOH&nbsp; &nbsp; CC&nbsp; &nbsp; 1&nbsp; &nbsp; &nbsp; -0.22&nbsp; &nbsp; &nbsp; 12.0110<BR>&gt;&nbsp; &nbsp; &nbsp; 6&nbsp; &nbsp; &nbsp; C&nbsp; 1&nbsp; BuOH&nbsp; &nbsp; CD&nbsp; &nbsp; 1&nbsp; &nbsp; &nbsp; -0.33&nbsp; &nbsp; &nbsp; 12.0110<BR>&gt;&nbsp; &nbsp; &nbsp; 7&nbsp; &nbsp; &nbsp; H&nbsp; 1&nbsp; BuOH&nbsp; &nbsp; HA&nbsp; &nbsp; 1&nbsp; &nbsp; &nbsp; -0.06&nbsp; &nbsp; &nbsp; 1.0080<BR>&gt;&nbsp; &nbsp; &nbsp; 8&nbsp; &nbsp; &nbsp; H&nbsp; 1&nbsp; BuOH&nbsp; &nbsp; HB&nbsp; &nbsp; 1&nbsp; &nbsp; &nbsp; -0.06&nbsp; &nbsp; &nbsp; 1.0080<BR>&gt;&nbsp; &nbsp; &nbsp; 9&nbsp; &nbsp; &nbsp; H&nbsp; 1&nbsp; BuOH&nbsp; &nbsp; HC&nbsp; &nbsp; 1&nbsp;

 &nbsp; &nbsp; 0.11&nbsp; &nbsp; &nbsp; 1.0080<BR>&gt;&nbsp; &nbsp; &nbsp; 10&nbsp; &nbsp; H&nbsp; 1&nbsp; BuOH&nbsp; &nbsp; HD&nbsp; &nbsp; 1&nbsp; &nbsp; &nbsp; 0.11&nbsp; &nbsp; &nbsp; 1.0080<BR>&gt;&nbsp; &nbsp; &nbsp; 11&nbsp; &nbsp; H&nbsp; 1&nbsp; BuOH&nbsp; &nbsp; HE&nbsp; &nbsp; 1&nbsp; &nbsp; &nbsp; 0.11&nbsp; &nbsp; &nbsp; 1.0080<BR>&gt;&nbsp; &nbsp; &nbsp; 12&nbsp; &nbsp; H&nbsp; 1&nbsp; BuOH&nbsp; &nbsp; HF&nbsp; &nbsp; 1&nbsp; &nbsp; &nbsp; 0.11&nbsp; &nbsp; &nbsp; 1.0080<BR>&gt;&nbsp; &nbsp; &nbsp; 13&nbsp; &nbsp; H&nbsp; 1&nbsp; BuOH&nbsp; &nbsp; HG&nbsp; &nbsp; 1&nbsp; &nbsp; &nbsp; 0.11&nbsp; &nbsp; &nbsp; 1.0080<BR>&gt;&nbsp; &nbsp; &nbsp; 14&nbsp; &nbsp; H&nbsp; 1&nbsp; BuOH&nbsp; &nbsp; HF&nbsp; &nbsp; 1&nbsp; &nbsp; &nbsp; 0.11&nbsp; &nbsp; &nbsp; 1.0080<BR>&gt;&nbsp; &nbsp; &nbsp; 15&nbsp; &nbsp; H&nbsp; 1&nbsp; BuOH&nbsp; &nbsp; HG&nbsp; &nbsp; 1&nbsp; &nbsp; &nbsp; 0.11&nbsp; &nbsp; &nbsp; 1.0080<BR>&gt;&nbsp; [ atomtypes

 ]<BR>&gt; ; name&nbsp; at.num&nbsp; mass&nbsp; charge&nbsp; ptype&nbsp; V(c6)&nbsp; W(c12)<BR>&gt;&nbsp; &nbsp; Hb&nbsp; 1&nbsp; &nbsp; 1.0080&nbsp; &nbsp; 0.38&nbsp; A&nbsp; 0.4149611E-07&nbsp; 0.9737356E-04<BR>&gt;&nbsp; &nbsp; O&nbsp; 8&nbsp; &nbsp; 15.9994&nbsp; &nbsp; -0.66&nbsp; A&nbsp; 0.9722461E-06&nbsp; 0.1247853E-02<BR>&gt;&nbsp; &nbsp; C&nbsp; 6&nbsp; &nbsp; 12.0110&nbsp; &nbsp; 0.40&nbsp; A&nbsp; 0.4895634E-05&nbsp; 0.2791672E-02<BR>&gt;&nbsp; &nbsp; C&nbsp; 6&nbsp; &nbsp; 12.0110&nbsp; &nbsp; -0.22&nbsp; A&nbsp; 0.4895634E-05&nbsp; 0.2791672E-02&nbsp; &nbsp; C&nbsp; 6&nbsp; &nbsp; 12.0110&nbsp; &nbsp; -0.33&nbsp; A&nbsp; 0.4895634E-05&nbsp; 0.2791672E-02<BR>&gt;&nbsp; &nbsp; H&nbsp; 1&nbsp; &nbsp; 1.0080&nbsp; &nbsp; -0.06&nbsp; A&nbsp; 0.4415162E-06&nbsp; 0.5131711E-03<BR>&gt;&nbsp; &nbsp; H&nbsp; 1&nbsp; &nbsp; 1.0080&nbsp; &nbsp; 0.11&nbsp; A&nbsp; 0.4415162E-06&nbsp; 0.5131711E-03<BR>&gt;&nbsp; [ bondtype ]&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;

 &nbsp; &nbsp; &nbsp; ;&nbsp; ai&nbsp; aj funct&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; c0&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; c1&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; HB&nbsp; O&nbsp; 1&nbsp; 0.10900&nbsp; 462750.4&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; O&nbsp; C&nbsp; 1&nbsp; 0.14300&nbsp; 376560.0&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; C&nbsp; C&nbsp; 1&nbsp; 0.15300&nbsp; 265265.6&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; H&nbsp; C&nbsp; 1&nbsp; 0.10800&nbsp; 284512.0<BR>&gt;&nbsp; [ angletype ]&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; ;&nbsp; ai&nbsp; &nbsp; aj&nbsp; &nbsp; ak func&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; c0&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; c1&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; C&nbsp; &nbsp; O&nbsp; &nbsp; HB&nbsp; 1&nbsp; &nbsp; 108.000&nbsp; &nbsp; 460.240&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; C&nbsp; &nbsp; C&nbsp; &nbsp; O&nbsp; 1&nbsp; &nbsp; 108.000&nbsp; &nbsp; 418.400&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; C&nbsp; &nbsp; C&nbsp; &nbsp; C&nbsp; 1&nbsp;

 &nbsp; 112.000&nbsp; &nbsp; 488.273&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; H&nbsp; &nbsp; C&nbsp; &nbsp; H&nbsp; 1&nbsp; &nbsp; 109.470&nbsp; &nbsp; 292.000<BR>&gt;&nbsp; [ dihedrals ]&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; 1&nbsp; 2&nbsp; 3&nbsp; 4&nbsp; 3&nbsp; &nbsp; 0.41840&nbsp; 1.25520&nbsp; 0.00000&nbsp; -1.67360&nbsp; 0.00000&nbsp; 0.00000<BR>&gt;&nbsp; 2&nbsp; 3&nbsp; 4&nbsp; 5&nbsp; 3&nbsp; &nbsp; 2.87441&nbsp; 0.58158&nbsp; 2.09200&nbsp; -5.54799&nbsp; 0.00000&nbsp; 0.00000<BR>&gt;&nbsp; 3&nbsp; 4&nbsp; 5&nbsp; 6&nbsp; 3&nbsp; &nbsp; 2.92880&nbsp; -1.46440&nbsp; 0.20920&nbsp; -1.67360&nbsp; 0.00000&nbsp; 0.00000<BR>&gt;&nbsp; [ nonbond_params ]<BR>&gt; ; i&nbsp; j&nbsp; func&nbsp; V(c6)&nbsp; W(c12)<BR>&gt;&nbsp; H&nbsp; H&nbsp; 1&nbsp; &nbsp; &nbsp; 0.4149611E-07&nbsp; 0.9737356E-04<BR>&gt;&nbsp; H&nbsp; HW&nbsp; 1&nbsp; &nbsp; &nbsp; 0.4149611E-07&nbsp; 0.9737356E-04<BR>&gt;&nbsp; H&nbsp; C&nbsp; 1&nbsp; &nbsp; &nbsp; 0.4415162E-06&nbsp;

 0.5131711E-03<BR>&gt;&nbsp; H&nbsp; O&nbsp; 1&nbsp; &nbsp; &nbsp; 0.1927397E-06&nbsp; 0.3416812E-03<BR>&gt;&nbsp; H&nbsp; OW&nbsp; 1&nbsp; &nbsp; &nbsp; 0.1927397E-06&nbsp; 0.3416812E-03<BR>&gt;&nbsp; H&nbsp; Hb&nbsp; 1&nbsp; &nbsp; &nbsp; 0.4149611E-07&nbsp; 0.9737356E-04<BR>&gt;&nbsp; HW&nbsp; HW&nbsp; 1&nbsp; &nbsp; &nbsp; 0.0000000E+00&nbsp; 0.0000000E+00<BR>&gt;&nbsp; HW&nbsp; C&nbsp; 1&nbsp; &nbsp; &nbsp; 0.4415162E-06&nbsp; 0.5131711E-03<BR>&gt;&nbsp; HW&nbsp; O&nbsp; 1&nbsp; &nbsp; &nbsp; 0.0000000E+00&nbsp; 0.0000000E+00<BR>&gt;&nbsp; HW&nbsp; OW&nbsp; 1&nbsp; &nbsp; &nbsp; 0.0000000E+00&nbsp; 0.0000000E+00<BR>&gt;&nbsp; HW&nbsp; Hb&nbsp; 1&nbsp; &nbsp; &nbsp; 0.4149611E-07&nbsp; 0.9737356E-04<BR>&gt;&nbsp; C&nbsp; C&nbsp; 1&nbsp; &nbsp; &nbsp; 0.4895634E-05&nbsp; 0.2791672E-02<BR>&gt;&nbsp; C&nbsp; O&nbsp; 1&nbsp; &nbsp; &nbsp; 0.2159724E-05&nbsp; 0.1866537E-02<BR>&gt;&nbsp; C&nbsp; OW&nbsp; 1&nbsp; &nbsp; &nbsp; 0.2159724E-05&nbsp;

 0.1866537E-02<BR>&gt;&nbsp; C&nbsp; Hb&nbsp; 1&nbsp; &nbsp; &nbsp; 0.4415162E-06&nbsp; 0.5131711E-03<BR>&gt;&nbsp; O&nbsp; O&nbsp; 1&nbsp; &nbsp; &nbsp; 0.9722461E-06&nbsp; 0.1247853E-02<BR>&gt;&nbsp; O&nbsp; OW&nbsp; 1&nbsp; &nbsp; &nbsp; 0.1562282E-05&nbsp; 0.1785000E-02<BR>&gt;&nbsp; O&nbsp; Hb&nbsp; 1&nbsp; &nbsp; &nbsp; 0.0000000E+00&nbsp; 0.0000000E+00<BR>&gt;&nbsp; OW&nbsp; OW&nbsp; 1&nbsp; &nbsp; &nbsp; 0.2510400E-05&nbsp; 0.2552000E-02<BR>&gt;&nbsp; OW&nbsp; Hb&nbsp; 1&nbsp; &nbsp; &nbsp; 0.0000000E+00&nbsp; 0.0000000E+00<BR>&gt;&nbsp; Hb&nbsp; Hb&nbsp; 1&nbsp; &nbsp; &nbsp; 0.4149611E-07&nbsp; 0.9737356E-04<BR>&gt;&nbsp; [ system ]<BR>&gt;&nbsp; ; Name<BR>&gt;&nbsp; BuOH in water<BR>&gt;&nbsp; [ molecules ]<BR>&gt;&nbsp; ; Compound&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; #mols<BR>&gt;&nbsp; BuOH&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; 343<BR>&gt;&nbsp; SOL&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; 185<BR>&gt;&nbsp; &nbsp; <BR><BR>--

 ========================================<BR><BR>Justin A. Lemkul<BR>Ph.D. Candidate<BR>ICTAS Doctoral Scholar<BR>MILES-IGERT Trainee<BR>Department of Biochemistry<BR>Virginia Tech<BR>Blacksburg, VA<BR>jalemkul[at]vt.edu | (540) 231-9080<BR><A href="http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin" target=_blank>http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin</A><BR><BR>========================================<BR>-- gmx-users mailing list&nbsp; &nbsp; <A href="mailto:gmx-users@gromacs.org" ymailto="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</A><BR><A href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target=_blank>http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</A><BR>Please search the archive at <A href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search" target=_blank>http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search</A> before posting!<BR>Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the www

 interface or send it to <A href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org" ymailto="mailto:gmx-users-request@gromacs.org">gmx-users-request@gromacs.org</A>.<BR>Can't post? Read <A href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists" target=_blank>http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists</A><BR></DIV></DIV></div></body></html>