Hi all,<br><br>I am testing g_dipoles tool in GROMACS with a simple system containing only tip3p water molecules in a cubic box (6X6X6nm) with periodic boundary conditions in xyz. After the simulation is finished, using g_dipoles, I get the average epsilon=99.776 and the epsilon vs times also indicate that epsilon stabilizes around 100, which are expected as in FIG 1 in ref.: JCP 124, 024503 (2006).  <br>

<br>Then, when I looked at the g_dipoles -slab option, I found that it gives only the average dipole moment (over time) per slab and not the epsilon per slab. So my <b>first question</b> is that is there any particular reason for not giving the epsilon per slab, such as due to the dipole correlation of water molecules between slabs?<br>

<br>I have done a little bit more into this problem, I modified the gmx_dipoles.c code in src/tools and output the following parameters:<br>1) the sum of dipole moment for all the molecules in xyz (in code M_av[XX], M_av[YY], M_av[ZZ]) vs. time and correspondingly <br>

2) the sum of molecular dipoles per slab (i) in xyz direction vs time, i.e. slap_dipole_av[i][XX], slap_dipole_av[i][YY], slap_dipole_av[i][ZZ]<br><br>If I use g_dipoles -slab -axis Z, I find that sum of molecular dipoles per slab fluctuates about 1/sqrt(slab number) of the M_av both in XX and YY correspondingly, which is presumably correct. However, the slab dipoles in ZZ direction is much smaller (than that in XX or YY). My original thought was that because the system is homogenous, the slab dipole fluctuation should be the same/similar in all XYZ direction, as well as the following values in gmx_dipoles.c i.e. M, M2. But apparently, I was wrong. So my <b>second question</b> is that is it because of the dipole correlation? I am not very clear. Because I think it is related to the -slab option currently implemented in GROMACS, I would appreciate greatly if anyone could help me on this problem. Thank you very much.<br>
<br>Regards,<br>Will<br>    <br><br>