<html>
  <head>

    <meta http-equiv="content-type" content="text/html; charset=ISO-8859-1">
  </head>
  <body bgcolor="#FFFFFF" text="#000000">
    Hi,<br>
    <br>
    I wish to force my system to maintained an Hbond during a
    simulation. In order to do so I am using a distance restraint
    protocol, with the following parameters:<br>
    <br>
    In the topology file<i>:<br>
      <br>
    </i><tt>[ distance_restraints ]<br>
      ; ai &nbsp;&nbsp;&nbsp; aj type index type' low up1 up2 fac<br>
      &nbsp; 2786 3262 1&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.295 0.305 0.315 1.0 ;</tt><tt> </tt><br>
    <br>
    and in the run input file:<br>
    <br>
    <tt>; DISTANCE RESTRAINTS<br>
      disre&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; simple<br>
      disre_weighting&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; equal<br>
      disre_fc&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 20<br>
      disre_mixed&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; yes<br>
      disre_tau&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 10<br>
      nstdisreout&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 1000</tt><br>
    <br>
    The atoms numbering was taken from the topology file ( <i>268LYSH&nbsp;&nbsp;&nbsp;
      NZ 2786&nbsp;&nbsp; 3.939&nbsp;&nbsp; 7.037&nbsp;&nbsp; 5.060&nbsp; 0.2307 -0.0416 -0.3125</i> and <i>320GLU&nbsp;&nbsp;&nbsp;
      OE1 3262&nbsp;&nbsp; 3.872&nbsp;&nbsp; 6.806&nbsp;&nbsp; 4.875 -0.2077 -0.0055 -0.1229</i> ) and
    is based the crystal structure (for atoms and distance). When I
    looked into the tpr file, the same atoms are numbered differently.<br>
    <br>
    My questions are:<br>
    1. should I use the numbering as given in the topology file?<br>
    2. Am I using it correctly? Should I use a force bigger then 20kJ?<br>
    <br>
    All the best,<br>
    Itamar<br>
    <br>
    PS I am using GROMACS VERSION 4.0.7 in double precisin on a Linux
    cluster.<br>
    <pre class="moz-signature" cols="72">-- 


"In theory, there is no difference between theory and practice. But, in practice, there is." - Jan L.A. van de Snepscheut

===========================================
| Itamar Kass, Ph.D.
| Postdoctoral Research Fellow
|
| Department of Biochemistry and Molecular Biology
| Building 77 Clayton Campus
| Wellington Road
| Monash University,
| Victoria 3800
| Australia
|
| Tel: +61 3 9902 9376
| Fax: +61 3 9902 9500
| E-mail: <a class="moz-txt-link-abbreviated" href="mailto:Itamar.Kass@monash.edu">Itamar.Kass@monash.edu</a>
============================================</pre>
  </body>
</html>