Hello Dear,

I am using gromacs 4.5.3 version. 

I am doing simulation of Protein-Ligand complex. My all system is right but I have confusion related to Planarity aromatic ring.

My ligand have 3 aromatics ring. 

I have generated .itp file from Prodrg and i have setup very well.

My ligand planer/flat(3  phenyl ring) during EM/NVT/NPT but after given mdrun I have given for 10 ns.

I have dump pdb file at 1ns but my ligand lost planer structure.

I have lot of question related to Ligand and Protein ?

1. Have any problem with protein-ligand H-bond interaction ?
2. As per chemistry aromatics structure should have remain planer ?
3. Any problem with simulation ?
4. sily question- If aromatics structure bent then any problem with Protein-ligand interaction/ Binding site  ?    

Hope I will get best answer.

Thanks In advance