Hello All, <br>I am having a weird problem and I do not know whether it has to do anything with Gromacs or the cluster setting I am using.<br>When I run a MD simulation (on any protein), the job automatically terminates overnight without an error message. I 
mean if I start the job early in the morning it runs longer than if I 
start the job later in the day. But it never runs to the desired length 
mentioned in the .mdp file.<br><br>I am copying the .mdp file:<br><br>-----------------------------------------------------<br><br>integrator      = md<br>nsteps          = 5000000<br>dt              = 0.002<br>nstlist         = 10<br>

nstcomm         = 1<br>rlist           = 1.0<br>coulombtype     = pme<br>rcoulomb        = 1.0<br>vdw-type        = cut-off<br>rvdw            = 1.0<br>tcoupl          = Nose-Hoover<br>tc-grps         = protein non-protein<br>

tau-t           = 0.5 0.5<br>ref-t           = 298 298<br>Pcoupl              =  Parrinello-Rahman<br>pcoupltype          =  isotropic<br>tau_p               =  1.0<br>compressibility     =  4.5e-5<br>ref_p               =  1.0<br>

nstxout         = 100<br>nstvout         = 100<br>nstxtcout       = 100<br>nstenergy       = 100<br>userint1        = 123<br>userint2        = 124<br>userint3        = 247<br>-----------------------------------------------------------<br>

<br>Any thoughts?<br><br>Sayan.<br clear="all"><br><br><br>