<meta charset="utf-8"><div>There must be several tools to calculate the angle between two domains connected at a hinge. I was wondering if someone has suggestions on any tools, or whether it is possible to do this using a vmd plugin directly for a trajectory? IN my case, I have a reasonable good idea where the hinge is. I was wondering if the angle between the principal axes of the domains would be good enough? For example, if the domains were two discs attached to a common hinge, how can I find the vector from the hinge in the direction of each disc? </div>
<div><br></div><div> </div><div><br clear="all"><br>-- <br>Maria G.<br>Technical University of Denmark<br>Copenhagen</div><br>-- <br>Maria G.<br>Technical University of Denmark<br>Copenhagen<br>