Look at this paper where the simulation was done on a protein dimer:<br><a href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/17027497">http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/17027497</a><br><br><div class="gmail_quote">On Mon, Jul 18, 2011 at 2:50 AM, Mark Abraham <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:Mark.Abraham@anu.edu.au">Mark.Abraham@anu.edu.au</a>&gt;</span> wrote:<br>

<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex;"><div class="im">On 18/07/2011 3:08 PM, Kavyashree M wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">
Dear users,<br>
<br>
I am working on a protein which is a dimer (in the crystal structure), predicted according top PISA.<br>
and some of the homologous proteins are dimers (covalent /non-covalent) some are monomers.<br>
There has not been any literature regarding the fact that the functional unit is a dimer, ie the enzyme<br>
is not functional when the dimeric interface is disturbed due to mutations. Also the active sites are not<br>
shared among the dimeric partners. In this situation is it meningful to do a simulation of monomers alone<br>
and try to get some information.<br>
</blockquote>
<br></div>
The dimeric interface might be so hydrophobic the protein would unfold - but unlikely given the homology evidence. It could certainly perturb the structure significantly, and perhaps such perturbations connect with the activity. Only detailed understanding of the structure and function can help you decide about this.<div class="im">

<br>
<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">
In general is it necessary to simulate only the functional oligomers or monomer also can be done ?<br>
</blockquote>
<br></div>
Depends on the system, and depends what you wish to learn.<br>
<br>
Mark<br><font color="#888888">
-- <br>
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</font></blockquote></div><br><br clear="all"><br>