Dear sir<br>I want to apply harmonic restraint to the entire structure by 2.4 kcal/mol/A and will perform energy minimization by steepest descent method followed by 100 ps simulation for DNA-drug complex.I need to reduce the harmonic restaint slowly to zero by decreasing the force constant value. But I don&#39;t know where to decrease the force constant value. Where i will reduce the value in .mdp file? How can I apply harmonic restraint in whole structure?<br clear="all">
<br>-- <br>With regards,<br>Devawati Dutta,<br>MSc,MTech(Bioinformatics),<br>Project Assistant Level-III<br>Infectious Diseases and Immunology Division<br>Indian Institute of Chemical Biology (A Unit of CSIR)<br>Kolkata-32.<br>