Hi all,<div><br></div><div>I am doing dppc-water simulation. I am using structure and topologies from </div><div><br></div><div><a href="http://moose.bio.ucalgary.ca/index.php?page=Structures_and_Topologies">http://moose.bio.ucalgary.ca/index.php?page=Structures_and_Topologies</a></div>
<div><br></div><div>In version 4.0 when i do </div><div>grompp_v4.0.2 -v -c dppc128.pdb -o npt -f npt.mdp -p system.top</div><div><br></div><div>it creates npt.tpr without any errors.</div><div><br></div><div>Using the same structure and topologies when i issue</div>
<div><br></div><div>grompp_v4.5.3 -v -c dppc128.pdb -o npt -f npt.mdp -p system.top</div><div><br></div><div>it gives out the following warning</div><div><br></div><div><div>Largest charge group radii for Van der Waals: 5.354, 5.297 nm</div>
<div>Largest charge group radii for Coulomb:       5.354, 5.297 nm</div></div><div><div>WARNING 1 [file npt.mdp]:</div><div>  The sum of the two largest charge group radii (10.650990) is larger than</div><div>  rlist (1.200000)</div>
</div><div><br></div><div>I dont think the charge group should be so big. Can someone suggest what is going on ?</div><div><br></div><div>Ami</div>