Dear all,<br><br>I am trying to simulate a protein in urea solution. I used <i><b>genbox -cp protein_in_box.gro -cs urea+h2o.gro -o out.gro -p topology</b></i> but the resulting topology doesn&#39;t contain any information on urea nor the atoms of urea. I also tried adding ureas on the protein with <b><i>-ci urea_single.gro -nmol some_number</i></b> option of genbox, that didn&#39;t give me the correct topology either. <br>
<br>How should i create the correct topology?<br><br>Thanks,<br>Best regards,<br><br clear="all"><br>-- <br>Elif Nihal Korkmaz<br><br>Research Assistant <br>University of Wisconsin - Biophysics <br>Member of Qiang Cui &amp; Thomas Record Labs<br>
1101 University Ave, Rm. 8359<br>
Madison, WI 53706<br>
Phone:  608-265-3644<br>
Email:   <a href="mailto:korkmaz@wisc.edu" target="_blank">korkmaz@wisc.edu</a><br><br><br>