Hi <br>can any one help me in sorting out the file conversion error, <br>when using PRODRG server for converting pdb - gromacs topology format for small molecule.<br>the error message displayed in gromacs was<br><br>Atomtype CH3 not found (while using amber99 FF)<br>
<br>or <br><br>Atomtype CH1 not found (while using GMX)<br><br>or <br><br>Atomtype NR not found (while using G43a1)<br><br>the small molecule was derived from pubchem and conformation was converted using Maestro with proper charges and EM.<br>
<br>Thanks<br>Parthiban.<br>