Dear all<div><br></div><div>I am trying to simulate a protein which a label  (a small organic molecule) is covalently attached to a cysteine. Worth to say there is no label in the original pdb file of protein and it was attached to the Cys. using a software.</div>

<div>Should I insert the label parameters into the conf.gro file or I need to modify a force field? If there is someone who has experiences in such systems, please have some advice. </div><div><br></div><div>Thanks in advance,</div>

<div>Faezeh <br><div><br></div><div><br></div></div>