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.ExternalClass body.ecxhmmessage
{font-size:10pt;font-family:Tahoma;}</style>Hi,<br><div dir="ltr">I am trying to calculate the binding energy of two molecules using the PMF (Umbrella Sampling method) and Gromacs 4.0.<br>Some weeks ago I have written to the list because changing the number of windows used in the Umbrella Sampling calculations different results were obtained, and I was suggested to extend my simulations since the error bars associated to each windows were too high.<br>I have now extended my simulations from 1 ns to 8 ns, however, I cannot see much different from the shorter calculations. I send you the comparison of the two PMF including the error bars (attached).<br>Now I am using 50 windows, but the shorter simulations were done using 100 windows, so I don't think increasing the number of windows could help. <br>My system has about 29200 atoms (where 29000 are chloroform atoms). The *mdp file I am using is copied below. <br>Would you have any suggestion to improve the results and decrease the error bars in the calculations?<br><br>----------------------------MDP file---------------------------<br>title&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = Umbrella pulling simulation<br>define&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =<br>define&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =<br>; Run parameters<br>integrator&nbsp; = md<br>dt&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 0.002<br>tinit&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 0<br>nsteps&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 500000&nbsp;&nbsp; ; 1 ns<br>nstcomm&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 10<br>; Output parameters<br>nstxout&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 5000&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; ; every 10 ps<br>nstvout&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 5000<br>nstfout&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 5000<br>nstxtcout&nbsp;&nbsp; = 5000&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; ; every 10 ps<br>nstenergy&nbsp;&nbsp; = 5000<br>; Bond parameters<br>constraint_algorithm&nbsp;&nbsp;&nbsp; = lincs<br>constraints&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = all-bonds<br>continuation&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = yes<br>; Single-range cutoff scheme<br>nstlist&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 5<br>ns_type&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = grid<br>rlist&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 1.4<br>rcoulomb&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 1.4<br>rvdw&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 1.4<br>; PME electrostatics parameters<br>coulombtype&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = PME<br>fourierspacing&nbsp; = 0.12<br>fourier_nx&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 0<br>fourier_ny&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 0<br>fourier_nz&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 0<br>pme_order&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 4<br>ewald_rtol&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 1e-5<br>optimize_fft&nbsp;&nbsp;&nbsp; = yes<br>; Berendsen temperature coupling is on in two groups<br>Tcoupl&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = Nose-Hoover<br>tc_grps&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = ACH&nbsp;&nbsp; CL3<br>tau_t&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 0.5&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.5<br>ref_t&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 300&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 300<br>; Pressure coupling is on<br>Pcoupl&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = Parrinello-Rahman<br>pcoupltype&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = isotropic<br>tau_p&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 1.0<br>compressibility = 4.5e-5<br>ref_p&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 1.0<br>; Generate velocities is off<br>gen_vel&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = no<br>; Periodic boundary conditions are on in all directions<br>pbc&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = xyz<br>; Long-range dispersion correction<br>DispCorr&nbsp;&nbsp;&nbsp; = EnerPres<br>; Pull code<br>pull&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = umbrella<br>pull_geometry&nbsp;&nbsp; = distance<br>pull_dim&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = N N Y<br>pull_start&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = yes<br>pull_ngroups&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 1<br>pull_group0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = r_1<br>pull_group1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = r_2<br>pull_init1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 0<br>pull_rate1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 0.0<br>pull_k1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 1000&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; ; kJ mol^-1 nm^-2<br>pull_nstxout&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 1000&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; ; every 2 ps<br>pull_nstfout&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 1000&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; ; every 2 ps<br><br>-----------------------------------------------<br><br><br>Thanks a lot in advance.<br><br>Best wishes,<br><br>Dr. Rebeca Garcia<br>Santiago de Compostela University<br>Spain<br><br><br>                                               </div></div>                                               </div></body>
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