<html>
  <head>
    <meta content="text/html; charset=ISO-8859-1"
      http-equiv="Content-Type">
  </head>
  <body bgcolor="#FFFFFF" text="#000000">
    On 20/07/2011 7:33 PM, sa wrote:
    <blockquote
cite="mid:CAM9PwEP4kWHR_8SxdB2DuC9oVYcspy45tAyVC3FPNyTEjuZN+Q@mail.gmail.com"
      type="cite">Thank you Austin, for the clarification,<br>
      <br>
      So my questions are: how to convert it in the gromacs format ? Is
      it correct to use the absolute value of the multiplicity in my
      parameters and use the negative values of barrier heights when
      they are exist in the AMBER parameters? Since, I have noticed that
      in the AMBER ff port in GROMACS, the multiplicity values are
      always set to &gt; 0 and&nbsp; the barrier heights have sometime a
      negative value.<br>
    </blockquote>
    <br>
    You want to implement the same mathematical function in each case.
    Take the GLYCAM parameters, drop them into the correct function.
    Then consult chapters 4 and 5 of the GROMACS manual and see what
    will be necessary to reproduce that function. Then test on a tiny
    system that you can also compute by hand to confirm your
    understanding.<br>
    <br>
    Mark<br>
    <br>
    <blockquote
cite="mid:CAM9PwEP4kWHR_8SxdB2DuC9oVYcspy45tAyVC3FPNyTEjuZN+Q@mail.gmail.com"
      type="cite">
      <br>
      Thank you again for your advice.<br>
      <br>
      SA-<br>
      <br>
      <br>
      <br>
      <div class="gmail_quote">
        <blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0
          .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex;">
          Message: 1<br>
          Date: Tue, 19 Jul 2011 11:08:55 -0700 (PDT)<br>
          From: "Austin B. Yongye" &lt;<a moz-do-not-send="true"
            href="mailto:ybausty@yahoo.com">ybausty@yahoo.com</a>&gt;<br>
          Subject: Re: [gmx-users] Conversion of the GLYCAM dihedral
          parameters<br>
          &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;in the &nbsp;GROMACS format.<br>
          To: Discussion list for GROMACS users &lt;<a
            moz-do-not-send="true" href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a>&gt;<br>
          Message-ID:<br>
          &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;&lt;<a moz-do-not-send="true"
href="mailto:1311098935.93905.YahooMailClassic@web161426.mail.bf1.yahoo.com">1311098935.93905.YahooMailClassic@web161426.mail.bf1.yahoo.com</a>&gt;<br>
          Content-Type: text/plain; charset="utf-8"<br>
          <br>
          It is normal to have combinations of negative and positive
          values for the barrier heights. Those are just the best
          coefficients to reproduce some QM rotational energy curve
          during the parameterization.&nbsp; The negative periodicities are a
          convention from AMBER. They simply indicate that the dihedral
          angle potential has more than one term. For your example
          below:<br>
          <br>
          O2-P<br>
          &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;-OS-CP&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.10&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
          -3.&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Dimethyl phosphate<br>
          &nbsp; &nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp; -0.50&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
          -2.<br>
          &nbsp; &nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;<br>
          &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;1&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.10&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;<br>
          &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;0.0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1<br>
          -3, -2 and 1 signify V3, V2 and V1 terms, respectively. Once a
          positive value is reached, terms for the O2-P-OS-CP potential
          have been completely accounted for.<br>
          <br>
          Hope that helps.<br>
          Austin-<br>
          <br>
          <br>
          --- On Tue, 7/19/11, Mark Abraham &lt;<a
            moz-do-not-send="true" href="mailto:Mark.Abraham@anu.edu.au">Mark.Abraham@anu.edu.au</a>&gt;
          wrote:<br>
          <br>
          From: Mark Abraham &lt;<a moz-do-not-send="true"
            href="mailto:Mark.Abraham@anu.edu.au">Mark.Abraham@anu.edu.au</a>&gt;<br>
          Subject: Re: [gmx-users] Conversion of the GLYCAM dihedral
          parameters in the GROMACS format.<br>
          To: "Discussion list for GROMACS users" &lt;<a
            moz-do-not-send="true" href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a>&gt;<br>
          Date: Tuesday, July 19, 2011, 7:08 AM<br>
          <br>
          <br>
          <br>
          <br>
          <br>
          <br>
          <br>
          &nbsp; &nbsp;On 19/07/2011 11:56 PM, sa wrote:<br>
          <br>
          <br>
          <br>
          <br>
          <br>
          <br>
          <br>
          <br>
          <br>
          <br>
          &nbsp; &nbsp; &nbsp;Dear<br>
          &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;GROMCS users,<br>
          &nbsp; &nbsp; &nbsp;&nbsp;<br>
          &nbsp; &nbsp; &nbsp;I<br>
          &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;am trying to convert some GLYCAM parameters in
          GROMACS format.<br>
          &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;For this<br>
          &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;purpose, I am using the latest GLYCAM parameters
          downloaded<br>
          &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;from the RJ. Woods&#8217;<br>
          &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;website and the examples given in the acpype code
          (here for<br>
          &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;the dihedral angles) :<br>
          <br>
          <br>
          <br>
          <br>
          <br>
          &nbsp; &nbsp; &nbsp;<a moz-do-not-send="true"
href="http://code.google.com/p/acpype/source/browse/trunk/acpypi.py?spec=svn9&amp;r=9&amp;redir=1"
            target="_blank">http://code.google.com/p/acpype/source/browse/trunk/acpypi.py?spec=svn9&amp;r=9&amp;redir=1</a><br>
          <br>
          <br>
          <br>
          <br>
          <br>
          &nbsp; &nbsp; &nbsp;-------------------<br>
          # dihedral &nbsp; &nbsp;idivf &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;barrier hight/2 kcal/mol &nbsp;phase
          degrees &nbsp; &nbsp; &nbsp; periodicity &nbsp; &nbsp; comments<br>
          &nbsp; &nbsp; &nbsp; X -ca-ca-X &nbsp; &nbsp;4 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; 14.500* &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;
          180.000 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;2.000 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; intrpol.bsd.on C6H6<br>
          <br>
          * to convert to gmx: 14.5/4 * 4.184 * 2 (?) (yes in amb2gmx,
          no in topolbuild, why?) = 30.334 or 15.167 kJ/mol<br>
          # X -CA-CA-X &nbsp; &nbsp;4 &nbsp; 14.50 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;180.0 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; 2. &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;
          intrpol.bsd.on C6H6 (from parm99.dat)<br>
          <br>
          # X-CA-CA-X &nbsp; &nbsp; 3 &nbsp; &nbsp;30.33400 &nbsp; &nbsp; 0.00000 &nbsp; -30.33400 &nbsp; &nbsp;
          0.00000 &nbsp; &nbsp; 0.00000 &nbsp; &nbsp; 0.00000 &nbsp; ; intrpol.bsd.on C6H6<br>
          <br>
          -----------<br>
          &nbsp; &nbsp; &nbsp;&nbsp;<br>
          &nbsp; &nbsp; &nbsp;I have no problems with the parameters for proteins. But,
          in case of the GLYCAM parameters, I am a little confused<br>
          <br>
          about the conversion of dihedral force constants (DFC),
          especially when the DFC and the periodicity values are &lt; 0
          for example<br>
          for this torsion:<br>
          <br>
          <br>
          &nbsp; &nbsp; &nbsp;O2-P<br>
          &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;-OS-CP&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.10&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
          -3.&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Dimethyl phosphate<br>
          &nbsp; &nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp; -0.50&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -2.<br>
          &nbsp; &nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;<br>
          &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;1&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.10&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;<br>
          &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;0.0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1<br>
          <br>
          <br>
          <br>
          &nbsp; &nbsp;Where only a positive value makes sense, sometimes people
          use<br>
          &nbsp; &nbsp;negative values to indicate some special functional form.
          This can<br>
          &nbsp; &nbsp;be easier to code. Regardless, you'll have to check out the
          GLYCAM<br>
          &nbsp; &nbsp;documentation and see what is meant, before you can address
          how to<br>
          &nbsp; &nbsp;convert it into a GROMACS format. Obviously the contents of
          parts of<br>
          &nbsp; &nbsp;chapter 4 and 5 of the manual will be important.<br>
          <br>
          <br>
          <br>
          &nbsp; &nbsp;Mark<br>
          <br>
          <br>
        </blockquote>
      </div>
      <br>
      <fieldset class="mimeAttachmentHeader"></fieldset>
      <br>
    </blockquote>
    <br>
  </body>
</html>