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Forget my last mail, I was not seeing the box correctly.<br>Sorry about that.<br>Best wishes,<br>Rebeca.<br><br><div><hr id="stopSpelling">From: regafan@hotmail.com<br>To: jalemkul@vt.edu; gmx-users@gromacs.org<br>Subject: RE: [gmx-users] large error bars in PMF<br>Date: Fri, 22 Jul 2011 10:15:27 +0000<br>CC: <br><br>

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Hi again,<br>I have one doub about the suggestion of using a dodecahedral box for my umbrella sampling to remove the problems I am having with the peptides rotating. I cannot see why a dodecaheral box is going to avoid this. Would it be better a truncated octahedron?<br>Thanks a lot for your help.<br>Best wishes,<br>Rebeca.<br><br><div>&gt; Date: Thu, 21 Jul 2011 15:16:52 -0400<br>&gt; From: jalemkul@vt.edu<br>&gt; To: gmx-users@gromacs.org<br>&gt; Subject: Re: FW: [gmx-users] large error bars in PMF<br>&gt; <br>&gt; <br>&gt; <br>&gt; Rebeca García Fandiño wrote:<br>&gt; &gt; <br>&gt; &gt; <br>&gt; &gt; I am trying to achieve the binding energy of the dimer composed by the <br>&gt; &gt; two small cyclic peptides, to compare it with experimental. What <br>&gt; &gt; advantages would I have using 3D PMF instead only 1D for this calculation?<br>&gt; <br>&gt; Intuitively, two molecules diffuse through solution until they find one another, <br>&gt; which to me sounds a lot like a 3D path.  Further, using a dodecahedral box for <br>&gt; your umbrella sampling removes the problems you're having with the peptides <br>&gt; rotating.  It sounds like you're trying to pull in one direction along a <br>&gt; rectangular box, but the peptides are not playing nice.  I feel like this <br>&gt; discussion has come up at least once or twice before, though...<br>&gt; <br>&gt; -Justin<br>&gt; <br>&gt; &gt; Thanks a lot!<br>&gt; &gt; Rebeca.<br>&gt; &gt; <br>&gt; &gt;  &gt; Date: Thu, 21 Jul 2011 14:14:44 -0400<br>&gt; &gt;  &gt; From: jalemkul@vt.edu<br>&gt; &gt;  &gt; To: gmx-users@gromacs.org<br>&gt; &gt;  &gt; Subject: Re: [gmx-users] large error bars in PMF<br>&gt; &gt;  &gt;<br>&gt; &gt;  &gt;<br>&gt; &gt;  &gt;<br>&gt; &gt;  &gt; Rebeca García Fandiño wrote:<br>&gt; &gt;  &gt; &gt; Hi,<br>&gt; &gt;  &gt; &gt; thanks a lot for your quick answer.<br>&gt; &gt;  &gt; &gt; What I am trying to pull are two small peptides one from another (r_1<br>&gt; &gt;  &gt; &gt; and r_2).<br>&gt; &gt;  &gt; &gt; I did not understand very well your last suggestion: "...if you want<br>&gt; &gt;  &gt; &gt; reasonable error bars you will not lots of well-converged data".<br>&gt; &gt;  &gt;<br>&gt; &gt;  &gt; Oops, that should have read "you will *need* lots of well-converged <br>&gt; &gt; data."<br>&gt; &gt;  &gt;<br>&gt; &gt;  &gt; &gt; Do you mean I will need also more windows besides extending the <br>&gt; &gt; simulations?<br>&gt; &gt;  &gt;<br>&gt; &gt;  &gt; I doubt you need more windows. Likely you just need more time in each.<br>&gt; &gt;  &gt;<br>&gt; &gt;  &gt; &gt; I think the problem could be also that the peptides I am using <br>&gt; &gt; rotate in<br>&gt; &gt;  &gt; &gt; the box and they do not remain flat one respect to the other. They<br>&gt; &gt;  &gt; &gt; gyrate freely and some parts of their structure interact along the<br>&gt; &gt;  &gt; &gt; pulling...<br>&gt; &gt;  &gt;<br>&gt; &gt;  &gt; Interactions are part of the dissociation process and are not <br>&gt; &gt; problematic per<br>&gt; &gt;  &gt; se. But if you're trying to obtain only a one-dimensional PMF then your<br>&gt; &gt;  &gt; rotation could be a problem. Is there some reason you need a <br>&gt; &gt; one-dimensional<br>&gt; &gt;  &gt; PMF and not a three-dimensional PMF? What are you trying to achieve?<br>&gt; &gt;  &gt;<br>&gt; &gt;  &gt; -Justin<br>&gt; &gt;  &gt;<br>&gt; &gt;  &gt; &gt; Thanks a lot again for your help.<br>&gt; &gt;  &gt; &gt; Best wishes,<br>&gt; &gt;  &gt; &gt; Rebeca.<br>&gt; &gt;  &gt; &gt;<br>&gt; &gt;  &gt; &gt;<br>&gt; &gt;  &gt; &gt;<br>&gt; &gt;  &gt; &gt; <br>&gt; &gt; ------------------------------------------------------------------------<br>&gt; &gt;  &gt; &gt; From: regafan@hotmail.com<br>&gt; &gt;  &gt; &gt; To: gmx-users@gromacs.org<br>&gt; &gt;  &gt; &gt; Date: Thu, 21 Jul 2011 16:36:59 +0000<br>&gt; &gt;  &gt; &gt; Subject: [gmx-users] large error bars in PMF<br>&gt; &gt;  &gt; &gt;<br>&gt; &gt;  &gt; &gt;<br>&gt; &gt;  &gt; &gt; Hi,<br>&gt; &gt;  &gt; &gt; I am trying to calculate the binding energy of two molecules using the<br>&gt; &gt;  &gt; &gt; PMF (Umbrella Sampling method) and Gromacs 4.0.<br>&gt; &gt;  &gt; &gt; Some weeks ago I have written to the list because changing the <br>&gt; &gt; number of<br>&gt; &gt;  &gt; &gt; windows used in the Umbrella Sampling calculations different results<br>&gt; &gt;  &gt; &gt; were obtained, and I was suggested to extend my simulations since the<br>&gt; &gt;  &gt; &gt; error bars associated to each windows were too high.<br>&gt; &gt;  &gt; &gt; I have now extended my simulations from 1 ns to 8 ns, however, I <br>&gt; &gt; cannot<br>&gt; &gt;  &gt; &gt; see much different from the shorter calculations. I send you the<br>&gt; &gt;  &gt; &gt; comparison of the two PMF including the error bars (attached).<br>&gt; &gt;  &gt; &gt; Now I am using 50 windows, but the shorter simulations were done using<br>&gt; &gt;  &gt; &gt; 100 windows, so I don't think increasing the number of windows <br>&gt; &gt; could help.<br>&gt; &gt;  &gt; &gt; My system has about 29200 atoms (where 29000 are chloroform atoms). <br>&gt; &gt; The<br>&gt; &gt;  &gt; &gt; *mdp file I am using is copied below.<br>&gt; &gt;  &gt; &gt; Would you have any suggestion to improve the results and decrease the<br>&gt; &gt;  &gt; &gt; error bars in the calculations?<br>&gt; &gt;  &gt; &gt;<br>&gt; &gt;  &gt; &gt; ----------------------------MDP file---------------------------<br>&gt; &gt;  &gt; &gt; title = Umbrella pulling simulation<br>&gt; &gt;  &gt; &gt; define =<br>&gt; &gt;  &gt; &gt; define =<br>&gt; &gt;  &gt; &gt; ; Run parameters<br>&gt; &gt;  &gt; &gt; integrator = md<br>&gt; &gt;  &gt; &gt; dt = 0.002<br>&gt; &gt;  &gt; &gt; tinit = 0<br>&gt; &gt;  &gt; &gt; nsteps = 500000 ; 1 ns<br>&gt; &gt;  &gt; &gt; nstcomm = 10<br>&gt; &gt;  &gt; &gt; ; Output parameters<br>&gt; &gt;  &gt; &gt; nstxout = 5000 ; every 10 ps<br>&gt; &gt;  &gt; &gt; nstvout = 5000<br>&gt; &gt;  &gt; &gt; nstfout = 5000<br>&gt; &gt;  &gt; &gt; nstxtcout = 5000 ; every 10 ps<br>&gt; &gt;  &gt; &gt; nstenergy = 5000<br>&gt; &gt;  &gt; &gt; ; Bond parameters<br>&gt; &gt;  &gt; &gt; constraint_algorithm = lincs<br>&gt; &gt;  &gt; &gt; constraints = all-bonds<br>&gt; &gt;  &gt; &gt; continuation = yes<br>&gt; &gt;  &gt; &gt; ; Single-range cutoff scheme<br>&gt; &gt;  &gt; &gt; nstlist = 5<br>&gt; &gt;  &gt; &gt; ns_type = grid<br>&gt; &gt;  &gt; &gt; rlist = 1.4<br>&gt; &gt;  &gt; &gt; rcoulomb = 1.4<br>&gt; &gt;  &gt; &gt; rvdw = 1.4<br>&gt; &gt;  &gt; &gt; ; PME electrostatics parameters<br>&gt; &gt;  &gt; &gt; coulombtype = PME<br>&gt; &gt;  &gt; &gt; fourierspacing = 0.12<br>&gt; &gt;  &gt; &gt; fourier_nx = 0<br>&gt; &gt;  &gt; &gt; fourier_ny = 0<br>&gt; &gt;  &gt; &gt; fourier_nz = 0<br>&gt; &gt;  &gt; &gt; pme_order = 4<br>&gt; &gt;  &gt; &gt; ewald_rtol = 1e-5<br>&gt; &gt;  &gt; &gt; optimize_fft = yes<br>&gt; &gt;  &gt; &gt; ; Berendsen temperature coupling is on in two groups<br>&gt; &gt;  &gt; &gt; Tcoupl = Nose-Hoover<br>&gt; &gt;  &gt; &gt; tc_grps = ACH CL3<br>&gt; &gt;  &gt; &gt; tau_t = 0.5 0.5<br>&gt; &gt;  &gt; &gt; ref_t = 300 300<br>&gt; &gt;  &gt; &gt; ; Pressure coupling is on<br>&gt; &gt;  &gt; &gt; Pcoupl = Parrinello-Rahman<br>&gt; &gt;  &gt; &gt; pcoupltype = isotropic<br>&gt; &gt;  &gt; &gt; tau_p = 1.0<br>&gt; &gt;  &gt; &gt; compressibility = 4.5e-5<br>&gt; &gt;  &gt; &gt; ref_p = 1.0<br>&gt; &gt;  &gt; &gt; ; Generate velocities is off<br>&gt; &gt;  &gt; &gt; gen_vel = no<br>&gt; &gt;  &gt; &gt; ; Periodic boundary conditions are on in all directions<br>&gt; &gt;  &gt; &gt; pbc = xyz<br>&gt; &gt;  &gt; &gt; ; Long-range dispersion correction<br>&gt; &gt;  &gt; &gt; DispCorr = EnerPres<br>&gt; &gt;  &gt; &gt; ; Pull code<br>&gt; &gt;  &gt; &gt; pull = umbrella<br>&gt; &gt;  &gt; &gt; pull_geometry = distance<br>&gt; &gt;  &gt; &gt; pull_dim = N N Y<br>&gt; &gt;  &gt; &gt; pull_start = yes<br>&gt; &gt;  &gt; &gt; pull_ngroups = 1<br>&gt; &gt;  &gt; &gt; pull_group0 = r_1<br>&gt; &gt;  &gt; &gt; pull_group1 = r_2<br>&gt; &gt;  &gt; &gt; pull_init1 = 0<br>&gt; &gt;  &gt; &gt; pull_rate1 = 0.0<br>&gt; &gt;  &gt; &gt; pull_k1 = 1000 ; kJ mol^-1 nm^-2<br>&gt; &gt;  &gt; &gt; pull_nstxout = 1000 ; every 2 ps<br>&gt; &gt;  &gt; &gt; pull_nstfout = 1000 ; every 2 ps<br>&gt; &gt;  &gt; &gt;<br>&gt; &gt;  &gt; &gt; -----------------------------------------------<br>&gt; &gt;  &gt; &gt;<br>&gt; &gt;  &gt; &gt;<br>&gt; &gt;  &gt; &gt; Thanks a lot in advance.<br>&gt; &gt;  &gt; &gt;<br>&gt; &gt;  &gt; &gt; Best wishes,<br>&gt; &gt;  &gt; &gt;<br>&gt; &gt;  &gt; &gt; Dr. Rebeca Garcia<br>&gt; &gt;  &gt; &gt; Santiago de Compostela University<br>&gt; &gt;  &gt; &gt; Spain<br>&gt; &gt;  &gt; &gt;<br>&gt; &gt;  &gt; &gt;<br>&gt; &gt;  &gt; &gt;<br>&gt; &gt;  &gt; &gt; -- gmx-users mailing list gmx-users@gromacs.org<br>&gt; &gt;  &gt; &gt; http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users Please search the<br>&gt; &gt;  &gt; &gt; archive at http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search before<br>&gt; &gt;  &gt; &gt; posting! Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the<br>&gt; &gt;  &gt; &gt; www interface or send it to gmx-users-request@gromacs.org. Can't post?<br>&gt; &gt;  &gt; &gt; Read http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists<br>&gt; &gt;  &gt; &gt;<br>&gt; &gt;  &gt;<br>&gt; &gt;  &gt; --<br>&gt; &gt;  &gt; ========================================<br>&gt; &gt;  &gt;<br>&gt; &gt;  &gt; Justin A. Lemkul<br>&gt; &gt;  &gt; Ph.D. Candidate<br>&gt; &gt;  &gt; ICTAS Doctoral Scholar<br>&gt; &gt;  &gt; MILES-IGERT Trainee<br>&gt; &gt;  &gt; Department of Biochemistry<br>&gt; &gt;  &gt; Virginia Tech<br>&gt; &gt;  &gt; Blacksburg, VA<br>&gt; &gt;  &gt; jalemkul[at]vt.edu | (540) 231-9080<br>&gt; &gt;  &gt; http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin<br>&gt; &gt;  &gt;<br>&gt; &gt;  &gt; ========================================<br>&gt; &gt;  &gt; --<br>&gt; &gt;  &gt; gmx-users mailing list gmx-users@gro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