Hi Gromacs users,<div><br></div><div>I am trying to run a fullerene simulaton in TIP4P water model, i am using the &quot;<meta http-equiv="content-type" content="text/html; charset=utf-8"><span class="Apple-style-span" style="color: rgb(90, 97, 104); font-family: Arial, Helvetica, sans-serif; font-size: 12px; line-height: 16px; -webkit-border-horizontal-spacing: 2px; -webkit-border-vertical-spacing: 2px; "><a href="http://tfy.tkk.fi/soft/downloads/files/c70_G53a6.itp" style="padding-top: 0px; padding-right: 0px; padding-bottom: 0px; padding-left: 0px; margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; font-size: 12px; color: rgb(21, 88, 187); text-decoration: none; ">c70_G53a6.itp</a>&quot; file downloaded  from </span><meta http-equiv="content-type" content="text/html; charset=utf-8"><a href="http://tfy.tkk.fi/soft/downloads/">http://tfy.tkk.fi/soft/downloads/</a>. i have added TIP4P water model using genbox command, later when i am trying to generate .tpr file for energy minimization it gives me the following error. </div>
<div><br></div><div><div>-------------------------------------------------------</div><div>Program grompp, VERSION 4.5.4</div><div>Source code file: toppush.c, line: 1166</div><div><br></div><div>Fatal error:</div><div>Atomtype OWT4 not found</div>
<div>For more information and tips for troubleshooting, please check the GROMACS</div><div>website at <a href="http://www.gromacs.org/Documentation/Errors">http://www.gromacs.org/Documentation/Errors</a></div><div>-------------------------------------------------------</div>
<div><br></div><div>I looked up in the mailing list and found many helpful comments but i could not resolve the problem, i searched in the tip4p.itp file of gromos force field and i could see that tip4p water model is defined in that file, but i could not find the atom types defined in atomtypes.atp file. when i try to enter the atom types for some reason it does not read my entries. </div>
<div><br></div><div>here is my .top file</div><div><br></div><div><div>; The force field files to be included</div><div><br></div><div>#include &quot;ffG53a6.itp&quot;</div><div><br></div><div>[ moleculetype ]</div><div>#include &quot;fullerene.itp&quot;</div>
<div><br></div><div>; Include water topology</div><div>#include &quot;tip4p.itp&quot;</div><div><br></div><div>[ system ]</div><div>Fullerene in Water</div><div><br></div><div>[ molecule ]</div><div>FUL                   1</div>
<div>SOL              1696</div></div><div><br></div><div>Can anybody help me?</div><div><br></div><div>Thanks very much.</div>-- <br><font color="#000099"><font face="&#39;comic sans ms&#39;, sans-serif">*********************************************<br>
<b>J. Srinivasa Rao <br>Post-doctoral Research Associate<br>Computational Biophysics Group<br>Department of Physics, Drexel University<br>3141 Chestnut St, Philadelphia, PA 19104<br>Ph:  215-895-1989<br>Web:<a href="http://jsrao.web.officelive.com/default.aspx" target="_blank">http://jsrao.web.officelive.com/default.aspx</a></b><br>
**********************************************</font></font><br><br><br>
</div>