<div class="gmail_quote"><br>I have performed a MD simulation with gromacs 4.0.7 the system that I<br>have simulated contain 1000 atomes and now in order to compute<br>intermediate scattering function<br>F(q,t)=1/N&lt;∑_(i=1)^N〖exp⁡(-iq.(r_i (t)-r_(i(0))&gt; I need to compute (ri<br>

(t)-ri(0)) for all atomes and all times. how can I do this? mean<br>square of this term gives us mean square displacment and the gromacs<br>can do it by using g_msd is there any command that give us </div>
<div class="gmail_quote">.(ri(t)-ri(0)) and not mean squre of it?<br></div><br>