Hi all<br><br>I used the genion to add a concentration and to neutalize the system in the same time by using the 


        
        
        
        <style type="text/css">pre.cjk { font-family: "DejaVu Sans",monospace; }p { margin-bottom: 0.08in; }</style>

<ul><pre class="western" style="margin-bottom: 0.2in;"><font face="Bitstream Charter, serif"><font size="3"><b>genion -s file.tpr -conc 0.2 -neutral -o file.gro -random <br><br>so it did add the NA and Cl but it did not neutralize the system, the net charge of the system still the same negative.<br>
<br>so i tried to use the genion seperate to neutralize the charge using the file.tpr and out file as the file.gro, <br>however it reset the file.gro and i lose the NA And CL ions added for the concentration.<br><br>any suggestions <br>
</b></font></font></pre></ul>