thanks but i want to neutralize the system , why genion -s file.tpr -conc 0.2 -neutral -o file.gro -random  does not neutralize the system to 0 .<br><br><br><div class="gmail_quote">On Tue, Jul 26, 2011 at 3:48 PM, Justin A. Lemkul <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:jalemkul@vt.edu" target="_blank">jalemkul@vt.edu</a>&gt;</span> wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); padding-left: 1ex;">
<div><div></div><div><br>
<br>
Sara baretller wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); padding-left: 1ex;">
Hi<br>
<br>
this a part of the md.log  where the system has -50 charge<br>
<br>
  two-body bonded interactions: 0.407 nm, Bond, atoms 514 515<br>
  multi-body bonded interactions: 0.731 nm, G96Angle, atoms 1272 1275<br>
Minimum cell size due to bonded interactions: 0.804 nm<br>
Maximum distance for 9 constraints, at 120 deg. angles, all-trans: 0.810 nm<br>
Estimated maximum distance required for P-LINCS: 0.810 nm<br>
This distance will limit the DD cell size, you can override this with -rcon<br>
Optimizing the DD grid for 4 cells with a minimum initial size of 0.810 nm<br>
The maximum allowed number of cells is: X 11 Y 11 Z 11<br>
Domain decomposition grid 4 x 1 x 1, separate PME nodes 0<br>
Domain decomposition nodeid 0, coordinates 0 0 0<br>
<br>
Table routines are used for coulomb: TRUE<br>
Table routines are used for vdw:     TRUE<br>
Using shifted Lennard-Jones, switch between 0.9 and 1.2 nm<br>
Cut-off&#39;s:   NS: 1.2   Coulomb: 1.2   LJ: 1.2<br>
System total charge: -50.000<br>
Generated table with 1100 data points for Shift.<br>
Tabscale = 500 points/nm<br>
Generated table with 1100 data points for LJ6Shift.<br>
Tabscale = 500 points/nm<br>
Generated table with 1100 data points for LJ12Shift.<br>
Tabscale = 500 points/nm<br>
Configuring nonbonded kernels...<br>
Configuring standard C nonbonded kernels...<br>
Testing ia32 SSE2 support... present<br>
<br>
</blockquote>
<br></div></div>
There&#39;s nothing abnormal here.  genion reports that it finds a -50 charge on the system.  That&#39;s what it&#39;s supposed to do.  Based on what it finds in the topology, it adds neutralizing ions and any additional ions to reach the specified concentration.  You only have a problem if grompp later complains that there&#39;s still some residual charge (excluding tiny rounding discrepancies).<br>


<br>
-Justin<br>
<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); padding-left: 1ex;"><div>
On Tue, Jul 26, 2011 at 2:18 PM, Justin A. Lemkul &lt;<a href="mailto:jalemkul@vt.edu" target="_blank">jalemkul@vt.edu</a> &lt;mailto:<a href="mailto:jalemkul@vt.edu" target="_blank">jalemkul@vt.edu</a>&gt;&gt; wrote:<br>


<br>
<br>
<br>
    Sara baretller wrote:<br>
<br>
        Hi All<br>
<br>
        I used the genion command using like this &quot;genion -s file.tpr<br>
        -conc 0.2 -neutral -o file.gro -random &quot;  again and i checked<br>
        the md.log file and it says that the net charge is negative like<br>
        it was before using the genion command.<br>
<br>
        so can anybody tell me what is wrong with the line  genion -s<br>
        file.tpr -conc 0.2 -neutral -o file.gro -random .<br>
<br>
<br>
    Please copy and paste the exact (pertinent) output from the log file.<br>
<br>
    -Justin<br>
<br>
        Sara<br>
<br>
<br>
<br>
<br>
        On Tue, Jul 26, 2011 at 1:05 PM, Justin A. Lemkul<br>
        &lt;<a href="mailto:jalemkul@vt.edu" target="_blank">jalemkul@vt.edu</a> &lt;mailto:<a href="mailto:jalemkul@vt.edu" target="_blank">jalemkul@vt.edu</a>&gt;<br></div><div><div></div><div>
        &lt;mailto:<a href="mailto:jalemkul@vt.edu" target="_blank">jalemkul@vt.edu</a> &lt;mailto:<a href="mailto:jalemkul@vt.edu" target="_blank">jalemkul@vt.edu</a>&gt;&gt;&gt; wrote:<br>
<br>
<br>
<br>
           Sara baretller wrote:<br>
<br>
               Hi all<br>
<br>
               I used the genion to add a concentration and to neutalize the<br>
               system in the same time by using the<br>
<br>
                    *genion -s file.tpr -conc 0.2 -neutral -o file.gro<br>
        -random<br>
                    so it did add the NA and Cl but it did not<br>
        neutralize the<br>
               system, the net charge of the system still the same negative.<br>
<br>
<br>
           I find this hard to believe.  The application of genion -conc<br>
           -neutral has worked in every instance I&#39;ve tried it along every<br>
           Gromacs version.  Check your output again.<br>
<br>
<br>
                    so i tried to use the genion seperate to neutralize the<br>
               charge using the file.tpr and out file as the file.gro,                     however it reset the file.gro and i lose the NA And<br>
        CL ions<br>
               added for the concentration.<br>
<br>
<br>
           Without the actual sequence of commands, this is not a useful<br>
           description. genion adds ions based on whatever it finds in<br>
        the .tpr<br>
           file (which is presumably not neutralized).  If you do not<br>
        re-create<br>
           a .tpr file in between different additions of ions, you&#39;re<br>
        going to<br>
           be undoing work you thought you did.<br>
<br>
           -Justin<br>
<br>
           --     ==============================<u></u>____==========<br>
<br>
           Justin A. Lemkul<br>
           Ph.D. Candidate<br>
           ICTAS Doctoral Scholar<br>
           MILES-IGERT Trainee<br>
           Department of Biochemistry<br>
           Virginia Tech<br>
           Blacksburg, VA<br></div></div>
           jalemkul[at]<a href="http://vt.edu" target="_blank">vt.edu</a> &lt;<a href="http://vt.edu" target="_blank">http://vt.edu</a>&gt; &lt;<a href="http://vt.edu" target="_blank">http://vt.edu</a>&gt; | (540)<div>
<br>
        231-9080 &lt;tel:%28540%29%20231-9080&gt;<br>
           &lt;tel:%28540%29%20231-9080&gt;<br>
<br>
           <a href="http://www.bevanlab.biochem." target="_blank">http://www.bevanlab.biochem.</a>__<u></u>__<a href="http://vt.edu/Pages/Personal/justin" target="_blank">vt.edu/Pages/Personal/justin</a><br></div>
        &lt;<a href="http://vt.edu/Pages/Personal/justin" target="_blank">http://vt.edu/Pages/Personal/<u></u>justin</a>&gt;<div><br>
           &lt;<a href="http://www.bevanlab.biochem." target="_blank">http://www.bevanlab.biochem.</a>_<u></u>_<a href="http://vt.edu/Pages/Personal/justin" target="_blank">vt.edu/Pages/Personal/justin</a><br>
        &lt;<a href="http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin" target="_blank">http://www.bevanlab.biochem.<u></u>vt.edu/Pages/Personal/justin</a>&gt;&gt;<br>
<br>
           ==============================<u></u>____==========<br>
           --     gmx-users mailing list    <a href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank">gmx-users@gromacs.org</a><br>
        &lt;mailto:<a href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank">gmx-users@gromacs.org</a>&gt;<br></div>
           &lt;mailto:<a href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank">gmx-users@gromacs.org</a> &lt;mailto:<a href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank">gmx-users@gromacs.org</a>&gt;<u></u>&gt;<div><div></div>

<div><br>
<br>
           <a href="http://lists.gromacs.org/____mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://lists.gromacs.org/____<u></u>mailman/listinfo/gmx-users</a><br>
        &lt;<a href="http://lists.gromacs.org/__mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://lists.gromacs.org/__<u></u>mailman/listinfo/gmx-users</a>&gt;<br>
           &lt;<a href="http://lists.gromacs.org/__mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://lists.gromacs.org/__<u></u>mailman/listinfo/gmx-users</a><br>
        &lt;<a href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://lists.gromacs.org/<u></u>mailman/listinfo/gmx-users</a>&gt;&gt;<br>
           Please search the archive at<br>
           <a href="http://www.gromacs.org/____Support/Mailing_Lists/Search" target="_blank">http://www.gromacs.org/____<u></u>Support/Mailing_Lists/Search</a><br>
        &lt;<a href="http://www.gromacs.org/__Support/Mailing_Lists/Search" target="_blank">http://www.gromacs.org/__<u></u>Support/Mailing_Lists/Search</a>&gt;<br>
           &lt;<a href="http://www.gromacs.org/__Support/Mailing_Lists/Search" target="_blank">http://www.gromacs.org/__<u></u>Support/Mailing_Lists/Search</a><br>
        &lt;<a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search" target="_blank">http://www.gromacs.org/<u></u>Support/Mailing_Lists/Search</a>&gt;&gt; before<br>
        posting!<br>
           Please don&#39;t post (un)subscribe requests to the list. Use the www<br>
           interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org" target="_blank">gmx-users-request@gromacs.org</a><br>
        &lt;mailto:<a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org" target="_blank">gmx-users-request@<u></u>gromacs.org</a>&gt;<br>
           &lt;mailto:<a href="mailto:gmx-users-request@" target="_blank">gmx-users-request@</a>__<a href="http://gromacs.org" target="_blank">gr<u></u>omacs.org</a><br>
        &lt;mailto:<a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org" target="_blank">gmx-users-request@<u></u>gromacs.org</a>&gt;&gt;.<br>
<br>
           Can&#39;t post? Read<br>
        <a href="http://www.gromacs.org/____Support/Mailing_Lists" target="_blank">http://www.gromacs.org/____<u></u>Support/Mailing_Lists</a><br>
        &lt;<a href="http://www.gromacs.org/__Support/Mailing_Lists" target="_blank">http://www.gromacs.org/__<u></u>Support/Mailing_Lists</a>&gt;<br>
           &lt;<a href="http://www.gromacs.org/__Support/Mailing_Lists" target="_blank">http://www.gromacs.org/__<u></u>Support/Mailing_Lists</a><br>
        &lt;<a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists" target="_blank">http://www.gromacs.org/<u></u>Support/Mailing_Lists</a>&gt;&gt;<br>
<br>
<br>
<br>
    --     ==============================<u></u>__==========<br>
<br>
    Justin A. Lemkul<br>
    Ph.D. Candidate<br>
    ICTAS Doctoral Scholar<br>
    MILES-IGERT Trainee<br>
    Department of Biochemistry<br>
    Virginia Tech<br>
    Blacksburg, VA<br>
    jalemkul[at]<a href="http://vt.edu" target="_blank">vt.edu</a> &lt;<a href="http://vt.edu" target="_blank">http://vt.edu</a>&gt; | <a href="tel:%28540%29%20231-9080" value="+15402319080" target="_blank">(540) 231-9080</a><br>


    &lt;tel:%28540%29%20231-9080&gt;<br>
    <a href="http://www.bevanlab.biochem." target="_blank">http://www.bevanlab.biochem.</a>__<a href="http://vt.edu/Pages/Personal/justin" target="_blank"><u></u>vt.edu/Pages/Personal/justin</a><br>
    &lt;<a href="http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin" target="_blank">http://www.bevanlab.biochem.<u></u>vt.edu/Pages/Personal/justin</a>&gt;<br>
<br>
    ==============================<u></u>__==========<br>
    --     gmx-users mailing list    <a href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank">gmx-users@gromacs.org</a><br>
    &lt;mailto:<a href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank">gmx-users@gromacs.org</a>&gt;<br>
    <a href="http://lists.gromacs.org/__mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://lists.gromacs.org/__<u></u>mailman/listinfo/gmx-users</a><br>
    &lt;<a href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://lists.gromacs.org/<u></u>mailman/listinfo/gmx-users</a>&gt;<br>
    Please search the archive at<br>
    <a href="http://www.gromacs.org/__Support/Mailing_Lists/Search" target="_blank">http://www.gromacs.org/__<u></u>Support/Mailing_Lists/Search</a><br>
    &lt;<a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search" target="_blank">http://www.gromacs.org/<u></u>Support/Mailing_Lists/Search</a>&gt; before posting!<br>
    Please don&#39;t post (un)subscribe requests to the list. Use the www<br>
    interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org" target="_blank">gmx-users-request@gromacs.org</a><br>
    &lt;mailto:<a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org" target="_blank">gmx-users-request@<u></u>gromacs.org</a>&gt;.<br>
    Can&#39;t post? Read <a href="http://www.gromacs.org/__Support/Mailing_Lists" target="_blank">http://www.gromacs.org/__<u></u>Support/Mailing_Lists</a><br>
    &lt;<a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists" target="_blank">http://www.gromacs.org/<u></u>Support/Mailing_Lists</a>&gt;<br>
<br>
<br>
</div></div></blockquote><div><div></div><div>
<br>
-- <br>
==============================<u></u>==========<br>
<br>
Justin A. Lemkul<br>
Ph.D. Candidate<br>
ICTAS Doctoral Scholar<br>
MILES-IGERT Trainee<br>
Department of Biochemistry<br>
Virginia Tech<br>
Blacksburg, VA<br>
jalemkul[at]<a href="http://vt.edu" target="_blank">vt.edu</a> | <a href="tel:%28540%29%20231-9080" value="+15402319080" target="_blank">(540) 231-9080</a><br>
<a href="http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin" target="_blank">http://www.bevanlab.biochem.<u></u>vt.edu/Pages/Personal/justin</a><br>
<br>
==============================<u></u>==========<br>
-- <br>
gmx-users mailing list    <a href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank">gmx-users@gromacs.org</a><br>
<a href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://lists.gromacs.org/<u></u>mailman/listinfo/gmx-users</a><br>
Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search" target="_blank">http://www.gromacs.org/<u></u>Support/Mailing_Lists/Search</a> before posting!<br>
Please don&#39;t post (un)subscribe requests to the list. Use the www interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org" target="_blank">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br>
Can&#39;t post? Read <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists" target="_blank">http://www.gromacs.org/<u></u>Support/Mailing_Lists</a><br>
</div></div></blockquote></div><br>