Dear Gromacs Users,<br />
<br />
 I am trying to learn viscosity calculations using non-equilibrium method in Gromacs 4.5.4. I have gone through Hess paper and several posts on viscosity calculation.<br />
I have setup a system of pure water (32000 molecules) and run till 10ns using NPT and setting<br />
cos-acceleration=0.1 nm/ps^2 in .mdp file.<br />
<br />
Then, I have used following command to get viscosity from energy file.<br />
g_energy_d -f .edr -s .tpr -o energy.xvg<br />
<br />
and selected 1/viscosity from one of the options and I get,<br />
<br />
Energy                      Average   Err.Est.       RMSD  Tot-Drift<br />
-------------------------------------------------------------------------------<br />
1/Viscosity                 1.64374     0.0016  0.0341615 0.00789197  (m s/kg)<br />
<br />
This gives Viscosity=1/1.64374= 0.6083 kg/ms=608.3 cP<br />
<br />
I have some doubts regarding this result:<br />
<br />
1) Can anyone please tell me what are the units of viscosity here.<br />
It shows from screen output (as well from energy.xvg) that 1/viscosity is in m-s/kg units. But, the experimental value for pure water is 0.854 cP =0.000854 kg/m-s. <br />
So, I have a doubt regarding units coming from GROMACS it is in cP or kg/ms as printed. If kg/ms are the units then, this value of viscosity for pure water is not correct ? <br />
Please tell me what I am doing wrong here.<br />
<br />
2) Is this a right way of calculating viscosity using NEMD or I should<br />
do it by using 2CosZ*Vel-X option. Please tell me how can I get viscosity from this term.  <br />
<br />
<br />
<br />
Thanks and Regards,<br />
Dr. Rini Gupta<br />
UBC, Vancouver<br><Table border=0 Width=644 Height=57 cellspacing=0 cellpadding=0 style="font-family:Verdana;font-size:11px;line-height:15px;"><TR><td><A HREF="http://sigads.rediff.com/RealMedia/ads/click_nx.ads/www.rediffmail.com/signatureline.htm@Middle?" target="_blank"><IMG SRC="http://sigads.rediff.com/RealMedia/ads/adstream_nx.ads/www.rediffmail.com/signatureline.htm@Middle"></A></td></TR></Table><br>Treat yourself at a restaurant, spa, resort and much more with <b><a href="http://track.rediff.com/click?url=___http://dealhojaye.rediff.com?sc_cid=mailsignature___&cmp=signature&lnk=rediffmailsignature&newservice=deals" target ="_new">Rediff Deal ho jaye!</a></b>