<div style="BORDER-BOTTOM: 1pt solid; BORDER-LEFT: medium none; PADDING-BOTTOM: 1pt; PADDING-LEFT: 0cm; PADDING-RIGHT: 0cm; BORDER-TOP: medium none; BORDER-RIGHT: medium none; PADDING-TOP: 0cm">
<p style="BORDER-BOTTOM: medium none; TEXT-ALIGN: justify; BORDER-LEFT: medium none; PADDING-BOTTOM: 0cm; PADDING-LEFT: 0cm; PADDING-RIGHT: 0cm; BORDER-TOP: medium none; BORDER-RIGHT: medium none; PADDING-TOP: 0cm"><font size="2"><span style="FONT-FAMILY: &#39;Book Antiqua&#39;,&#39;serif&#39;">Hello,</span></font></p>

<p style="BORDER-BOTTOM: medium none; TEXT-ALIGN: justify; BORDER-LEFT: medium none; PADDING-BOTTOM: 0cm; PADDING-LEFT: 0cm; PADDING-RIGHT: 0cm; BORDER-TOP: medium none; BORDER-RIGHT: medium none; PADDING-TOP: 0cm"><font size="2">I set zero charges to all atoms using the commands below:</font></p>

<p style="BORDER-BOTTOM: medium none; TEXT-ALIGN: justify; BORDER-LEFT: medium none; PADDING-BOTTOM: 0cm; PADDING-LEFT: 0cm; PADDING-RIGHT: 0cm; BORDER-TOP: medium none; BORDER-RIGHT: medium none; PADDING-TOP: 0cm"><font size="2"><span style="FONT-FAMILY: &#39;Book Antiqua&#39;,&#39;serif&#39;"></span></font></p>

<p style="BORDER-BOTTOM: medium none; TEXT-ALIGN: justify; BORDER-LEFT: medium none; PADDING-BOTTOM: 0cm; PADDING-LEFT: 0cm; PADDING-RIGHT: 0cm; BORDER-TOP: medium none; BORDER-RIGHT: medium none; PADDING-TOP: 0cm"><font size="2"><span style="FONT-FAMILY: &#39;Book Antiqua&#39;,&#39;serif&#39;">grompp -f *.mdp -c *_em.gro -p *.top -o *_md.tpr</span></font></p>

<p style="BORDER-BOTTOM: medium none; TEXT-ALIGN: justify; BORDER-LEFT: medium none; PADDING-BOTTOM: 0cm; PADDING-LEFT: 0cm; PADDING-RIGHT: 0cm; BORDER-TOP: medium none; BORDER-RIGHT: medium none; PADDING-TOP: 0cm"><font size="2"><span style="FONT-FAMILY: &#39;Book Antiqua&#39;,&#39;serif&#39;" lang="DE">tpbconv –s </span><span style="FONT-FAMILY: &#39;Book Antiqua&#39;,&#39;serif&#39;"></span><span style="FONT-FAMILY: &#39;Book Antiqua&#39;,&#39;serif&#39;">*_md.tpr</span><span style="FONT-FAMILY: &#39;Book Antiqua&#39;,&#39;serif&#39;" lang="DE"> -o </span><span style="FONT-FAMILY: &#39;Book Antiqua&#39;,&#39;serif&#39;">*-ZERO</span><span style="FONT-FAMILY: &#39;Book Antiqua&#39;,&#39;serif&#39;">_md</span><span style="FONT-FAMILY: &#39;Book Antiqua&#39;,&#39;serif&#39;" lang="DE">.tpr –zeroq</span></font></p>

<p style="BORDER-BOTTOM: medium none; TEXT-ALIGN: justify; BORDER-LEFT: medium none; PADDING-BOTTOM: 0cm; PADDING-LEFT: 0cm; PADDING-RIGHT: 0cm; BORDER-TOP: medium none; BORDER-RIGHT: medium none; PADDING-TOP: 0cm"><font size="2"><span style="FONT-FAMILY: &#39;Book Antiqua&#39;,&#39;serif&#39;" lang="DE">mdrun </span><span style="FONT-FAMILY: &#39;Book Antiqua&#39;,&#39;serif&#39;"></span><span style="FONT-FAMILY: &#39;Book Antiqua&#39;,&#39;serif&#39;" lang="DE">-s </span><span style="FONT-FAMILY: &#39;Book Antiqua&#39;,&#39;serif&#39;" lang="DE"></span><span style="FONT-FAMILY: &#39;Book Antiqua&#39;,&#39;serif&#39;">*-ZERO</span><span style="FONT-FAMILY: &#39;Book Antiqua&#39;,&#39;serif&#39;">_md</span><span style="FONT-FAMILY: &#39;Book Antiqua&#39;,&#39;serif&#39;" lang="DE"> -o -c  -e -x -v</span></font></p>

<p style="BORDER-BOTTOM: medium none; TEXT-ALIGN: justify; BORDER-LEFT: medium none; PADDING-BOTTOM: 0cm; PADDING-LEFT: 0cm; PADDING-RIGHT: 0cm; BORDER-TOP: medium none; BORDER-RIGHT: medium none; PADDING-TOP: 0cm"><font size="2"><span style="FONT-FAMILY: &#39;Book Antiqua&#39;,&#39;serif&#39;" lang="DE"></span></font></p>

<p style="BORDER-BOTTOM: medium none; TEXT-ALIGN: justify; BORDER-LEFT: medium none; PADDING-BOTTOM: 0cm; PADDING-LEFT: 0cm; PADDING-RIGHT: 0cm; BORDER-TOP: medium none; BORDER-RIGHT: medium none; PADDING-TOP: 0cm"><font size="2"><span style="FONT-FAMILY: &#39;Book Antiqua&#39;,&#39;serif&#39;" lang="DE">So before doing mdrun md I add </span><span style="FONT-FAMILY: &#39;Book Antiqua&#39;,&#39;serif&#39;" lang="DE">tpbconv command and use the out put </span><span style="FONT-FAMILY: &#39;Book Antiqua&#39;,&#39;serif&#39;" lang="DE"></span><span style="FONT-FAMILY: &#39;Book Antiqua&#39;,&#39;serif&#39;">*-ZERO</span><span style="FONT-FAMILY: &#39;Book Antiqua&#39;,&#39;serif&#39;">_md</span><span style="FONT-FAMILY: &#39;Book Antiqua&#39;,&#39;serif&#39;" lang="DE">.tpr for the mdrun md step. <br>
</span></font></p>
<p style="BORDER-BOTTOM: medium none; TEXT-ALIGN: justify; BORDER-LEFT: medium none; PADDING-BOTTOM: 0cm; PADDING-LEFT: 0cm; PADDING-RIGHT: 0cm; BORDER-TOP: medium none; BORDER-RIGHT: medium none; PADDING-TOP: 0cm"><font size="2"><span style="FONT-FAMILY: &#39;Book Antiqua&#39;,&#39;serif&#39;" lang="DE">I did not touch mdp file to exclude <br>
</span></font></p>
<p style="BORDER-BOTTOM: medium none; TEXT-ALIGN: justify; BORDER-LEFT: medium none; PADDING-BOTTOM: 0cm; PADDING-LEFT: 0cm; PADDING-RIGHT: 0cm; BORDER-TOP: medium none; BORDER-RIGHT: medium none; PADDING-TOP: 0cm"><font size="2"><span style="FONT-FAMILY: &#39;Book Antiqua&#39;,&#39;serif&#39;" lang="DE"></span></font></p>

<p style="BORDER-BOTTOM: medium none; TEXT-ALIGN: justify; BORDER-LEFT: medium none; PADDING-BOTTOM: 0cm; PADDING-LEFT: 0cm; PADDING-RIGHT: 0cm; BORDER-TOP: medium none; BORDER-RIGHT: medium none; PADDING-TOP: 0cm"><font size="2"><span style="FONT-FAMILY: &#39;Book Antiqua&#39;,&#39;serif&#39;" lang="DE">coulombtype         =  <br>
</span></font></p>
<p style="BORDER-BOTTOM: medium none; TEXT-ALIGN: justify; BORDER-LEFT: medium none; PADDING-BOTTOM: 0cm; PADDING-LEFT: 0cm; PADDING-RIGHT: 0cm; BORDER-TOP: medium none; BORDER-RIGHT: medium none; PADDING-TOP: 0cm"><font size="2"><span style="FONT-FAMILY: &#39;Book Antiqua&#39;,&#39;serif&#39;" lang="DE">rcoulomb-switch     =  0                    <br>
rcoulomb            =  1.0             <br></span></font></p>
<p style="BORDER-BOTTOM: medium none; TEXT-ALIGN: justify; BORDER-LEFT: medium none; PADDING-BOTTOM: 0cm; PADDING-LEFT: 0cm; PADDING-RIGHT: 0cm; BORDER-TOP: medium none; BORDER-RIGHT: medium none; PADDING-TOP: 0cm"><font size="2"><span style="FONT-FAMILY: &#39;Book Antiqua&#39;,&#39;serif&#39;" lang="DE">Although g_Energy is giving zero values for coulomb SR and 14 terms, CPU time doesnt change for the models with and without charges.  <br>
</span></font></p>
<p style="BORDER-BOTTOM: medium none; TEXT-ALIGN: justify; BORDER-LEFT: medium none; PADDING-BOTTOM: 0cm; PADDING-LEFT: 0cm; PADDING-RIGHT: 0cm; BORDER-TOP: medium none; BORDER-RIGHT: medium none; PADDING-TOP: 0cm"><font size="2"><span style="FONT-FAMILY: &#39;Book Antiqua&#39;,&#39;serif&#39;" lang="DE">I am just curious why run time is not changing given that electrostatics is the most time consuming calculation. Do I need to remove above lines from mdp? I am doubtful if electrostatic has been ignored from my model.</span></font></p>

<p style="BORDER-BOTTOM: medium none; TEXT-ALIGN: justify; BORDER-LEFT: medium none; PADDING-BOTTOM: 0cm; PADDING-LEFT: 0cm; PADDING-RIGHT: 0cm; BORDER-TOP: medium none; BORDER-RIGHT: medium none; PADDING-TOP: 0cm">Please let me know your ideas.</p>

<p style="BORDER-BOTTOM: medium none; TEXT-ALIGN: justify; BORDER-LEFT: medium none; PADDING-BOTTOM: 0cm; PADDING-LEFT: 0cm; PADDING-RIGHT: 0cm; BORDER-TOP: medium none; BORDER-RIGHT: medium none; PADDING-TOP: 0cm"><font size="2"><span style="FONT-FAMILY: &#39;Book Antiqua&#39;,&#39;serif&#39;" lang="DE">Thank you,</span></font></p>

<p style="BORDER-BOTTOM: medium none; TEXT-ALIGN: justify; BORDER-LEFT: medium none; PADDING-BOTTOM: 0cm; PADDING-LEFT: 0cm; PADDING-RIGHT: 0cm; BORDER-TOP: medium none; BORDER-RIGHT: medium none; PADDING-TOP: 0cm"><span style="FONT-FAMILY: &#39;Book Antiqua&#39;,&#39;serif&#39;" lang="DE"><br>
</span></p></div>