Hello to all,<br><br>I am looking for bonded and nonbonded parameters for C H atoms in saturated hydrocarbons. <br><br>atom types are:<br>Carbon atoms opls_135      opls_136      <br>H  opls_140     <br><br> opls_135   12.01100  ; alkane CH3 <br>


 opls_136   12.01100  ; alkane CH2 <br> opls_140    1.00800  ; alkane H.<br><br>Please help me out with the following:<br><br>- I am wondering if I am selecting the correct values, for C-C and C-H bonds from ffoplsaabon.itp.<br>


<br>C     C       1    0.15100   292880.0   ; wlj oxalic acid, etc.<br>HC    C       1    0.10900   284512.0   ; wlj 7/96<br><br>- what does wlj mean?<br><br>- what are the units?<br><br><br>Angle<br><br> CA     CA     CZ      1   120.000    585.760   ; wlj<br>


  CA     CA     CR      1   120.000    527.184   ; <br>  CA     CA     CX      1   120.000    711.280   ; <br> C      CT     Cl      1   109.800    577.392   ; wlj<br><br>- I can not distinguish CA CZ .... What are they referring to?<br>
<br>[ dihedraltypes ]<br>

<br> C      C      CT     HC      3      0.17782   0.53346   0.00000  -0.71128   0.00000   0.00000 ; dicarbonyls BMC 8,1881(2000)<br><br>- Is this what I need for oplsaa 135 136 140?<br><br>ffoplsaanb.itp.<br><br> opls_135   CT    6     12.01100    -0.180       A    3.50000e-01  2.76144e-01<br>


 opls_136   CT    6     12.01100    -0.120       A    3.50000e-01  2.76144e-01<br><br> opls_140   HC    1      1.00800     0.060       A    2.50000e-01  1.25520e-01<br><br>
- are these parameters for<br><br> opls_135   12.01100  ; alkane CH3 <br>

 opls_136   12.01100  ; alkane CH2 <br> opls_140    1.00800  ; alkane H.<br><br>?<br><br>Also in usr/local/gromacs/share/gromacs/top/ directory  I can not find ffoplsaanb,itp and ffoplsaabon.itp for 4.5.4 whereas in previous versions these files were accessible. I am using itp files from version 4.0.7 and wanted to make sure the above parameters for oplsa_135 oplsa_136 and oplsa_140 have been remained unchanged in 4.5.4. Where can I find these files?<br>
<br>Thanks,<br>Regards,<br>