<br /><br /><span>On 02/08/11, <b class="name">Gavin Melaugh </b> &lt;gmelaugh01@qub.ac.uk&gt; wrote:</span><blockquote cite="mid:4E37EE98.9030806@qub.ac.uk" class="iwcQuote" style="border-left: 1px solid rgb(0, 0, 255); padding-left: 13px; margin-left: 0pt;" type="cite"><div class="mimepart text plain">I hope this doesn't come across as stupid, or worse insolent. But what<br />is the point in stating the charges in the atom type section then ?</div></blockquote><br />It would make sense for a force field that had a fixed charge for some/all atom types. If any such force fields exist, they don't get used for biomolecular MD. I don't know if such a force field can be implemented in GROMACS (per my earlier comment about checking the code). In some cases, grompp does a bunch of fancy footwork to try to infer the format of the content of the input lines. It's possible it can recognize that a charge field is missing and perhaps the charge gets read from [atomtypes] - but that is just not useful for biomolecular MD.<br /><br />Another possibility is that the file formats serve other purposes (possibly in the distant past).<br /><br />Mark<br /><br /><blockquote cite="mid:4E37EE98.9030806@qub.ac.uk" class="iwcQuote" style="border-left: 1px solid rgb(0, 0, 255); padding-left: 13px; margin-left: 0pt;" type="cite"><div class="mimepart text plain"><br /><br />Gavin<br /><br />Mark Abraham wrote:<br />&gt;<br />&gt;<br />&gt; On 02/08/11, *Gavin Melaugh * &lt;gmelaugh01@qub.ac.uk&gt; wrote:<br />&gt;&gt; Hi Justin<br />&gt;&gt;<br />&gt;&gt; I see that we may have got our wires crossed from the off.<br />&gt;&gt; Consider the [pairs] directive, which determines which atoms interact<br />&gt;&gt; in a 1,4 manner.  Consider two atoms listed the [pairs] directive. From<br />&gt;&gt; the point of the Coulombic interaction between these two atoms I suppose<br />&gt;&gt; my original question should have been: Does mdrun, when calculating the<br />&gt;&gt; Coulombic potential between these two atoms, use the charges assigned to<br />&gt;&gt; the atoms in the [atomtypes] directive or [atoms] directive ?<br />&gt;<br />&gt; The charges from [atoms] are used. The charges in [atomtypes] are<br />&gt; never used in any forcefield currently used with GROMACS. It might not<br />&gt; be possible for grompp to ever use them, but I'd have to check the<br />&gt; code for that.<br />&gt;<br />&gt; Mark<br />&gt;<br />&gt;&gt;<br />&gt;&gt;<br />&gt;&gt; Cheers<br />&gt;&gt;<br />&gt;&gt; Gavin<br />&gt;&gt;  <br />&gt;&gt; Justin A. Lemkul wrote:<br />&gt;&gt; &gt;<br />&gt;&gt; &gt;<br />&gt;&gt; &gt; Gavin Melaugh wrote:<br />&gt;&gt; &gt;&gt; Yes I think the example vindicates what I am saying as well. I<br />&gt;&gt; suppose I<br />&gt;&gt; &gt;&gt; the &quot;contradiction&quot; ( I'll call it the point of confusion) you<br />&gt;&gt; refer to<br />&gt;&gt; &gt;&gt; is perhaps when Justin (who is always more than helpful) said that<br />&gt;&gt; &gt;&gt; &quot;Charges are irrelevant for generation of pair interactions. <br />&gt;&gt; Nonbonded<br />&gt;&gt; &gt;&gt; pair interactions are LJ, not Coulombic.  You will certainly have 1-4<br />&gt;&gt; &gt;&gt; Coulombic interactions, but they are not generated by gen_pairs.  See<br />&gt;&gt; &gt;&gt; manual section 5.3.4.&quot;<br />&gt;&gt; &gt;&gt;<br />&gt;&gt; &gt;<br />&gt;&gt; &gt; Charges *are* irrelevant - the information is not used when generating<br />&gt;&gt; &gt; pairs, which I thought was the original question.  The charge<br />&gt;&gt; &gt; information is used during MD, when the pair list tells mdrun which<br />&gt;&gt; &gt; atoms interact in what way. Then you get Coul. 1-4 terms.  Perhaps I<br />&gt;&gt; &gt; missed your point, but this whole thread started as &quot;which charge is<br />&gt;&gt; &gt; used to generate pairs?&quot;  The answer is still none.<br />&gt;&gt; &gt;<br />&gt;&gt; &gt;&gt; My sequence of 1-4 interaction generation should go like this I<br />&gt;&gt; suppose:<br />&gt;&gt; &gt;&gt;<br />&gt;&gt; &gt;&gt; e.g.<br />&gt;&gt; &gt;&gt; [pairs]<br />&gt;&gt; &gt;&gt; 3      6<br />&gt;&gt; &gt;&gt; no parameters present  therefore get from [pairtypes] directive.<br />&gt;&gt; &gt;&gt; no [pairtypes] directive therefore get from [non_bonded parameters]<br />&gt;&gt; &gt;&gt; directive as gen pairs = yes<br />&gt;&gt; &gt;&gt; again no [non_bonded parameters] directive.<br />&gt;&gt; &gt;&gt; Therefore generate 1,4 interaction parameters based on the normal<br />&gt;&gt; sigma<br />&gt;&gt; &gt;&gt; and epsilon values (comb rule 3) present in [atomtypes] directive, in<br />&gt;&gt; &gt;&gt; accordance with fudge LJ and QQ.<br />&gt;&gt; &gt;&gt;<br />&gt;&gt; &gt;&gt; My point is, then in conclusion, that in this way surely the 1,4<br />&gt;&gt; &gt;&gt; electrostatic interactions are determined by the pair list and in my<br />&gt;&gt; &gt;&gt; case gen_pairs = yes.... no?<br />&gt;&gt; &gt;&gt;<br />&gt;&gt; &gt;<br />&gt;&gt; &gt; Yes.<br />&gt;&gt; &gt;<br />&gt;&gt; &gt; -Justin<br />&gt;&gt; &gt;<br />&gt;&gt; &gt;&gt; Many Thanks<br />&gt;&gt; &gt;&gt;<br />&gt;&gt; &gt;&gt; Gavin<br />&gt;&gt; &gt;&gt;<br />&gt;&gt; &gt;&gt;<br />&gt;&gt; &gt;&gt; Mark Abraham wrote:<br />&gt;&gt; &gt;&gt;&gt; On 02/08/11, *Gavin Melaugh * &lt;gmelaugh01@qub.ac.uk&gt; wrote:<br />&gt;&gt; &gt;&gt;&gt;&gt; Hi Mark<br />&gt;&gt; &gt;&gt;&gt;&gt;<br />&gt;&gt; &gt;&gt;&gt;&gt;<br />&gt;&gt; &gt;&gt;&gt;&gt; Thanks for the reply.<br />&gt;&gt; &gt;&gt;&gt;&gt; I am currently reading that section of the manual and, unless I am<br />&gt;&gt; &gt;&gt;&gt;&gt; completely mistaken, it seems to vindicate what I am saying.<br />&gt;&gt; &gt;&gt;&gt;&gt; &quot;Extra Lennard-Jones and electrostatic interactions between pairs of<br />&gt;&gt; &gt;&gt;&gt;&gt; atoms in a molecule can be added in the [pairs] section of a<br />&gt;&gt; molecule<br />&gt;&gt; &gt;&gt;&gt;&gt; definition&quot;.<br />&gt;&gt; &gt;&gt;&gt;&gt; In my [atom types] directive I have atomtype, charge mass, sigma and<br />&gt;&gt; &gt;&gt;&gt;&gt; epsilon etc. All nonbonding parameters are then calculated<br />&gt;&gt; &gt;&gt;&gt;&gt; according to<br />&gt;&gt; &gt;&gt;&gt;&gt; the combination rule (in my case 3). 1-4 interactions are then<br />&gt;&gt; &gt;&gt;&gt;&gt; calculated based on the information in [pairs] directive (all atoms<br />&gt;&gt; &gt;&gt;&gt;&gt; are<br />&gt;&gt; &gt;&gt;&gt;&gt; three bond away). I just have the atom indices of each pair in this<br />&gt;&gt; &gt;&gt;&gt;&gt; directive therefore with gen_pairs = yes, the interaction parameters<br />&gt;&gt; &gt;&gt;&gt;&gt; between each pair (which are 1-4) are calculated based on Fudge<br />&gt;&gt; LJ and<br />&gt;&gt; &gt;&gt;&gt;&gt; Fudge QQ (which are both 0.5 in my case). All of this in conjunction<br />&gt;&gt; &gt;&gt;&gt;&gt; with nrexcl =3.<br />&gt;&gt; &gt;&gt;&gt; That will generate parameters for the interactions listed in [pairs]<br />&gt;&gt; &gt;&gt;&gt; that do not have corresponding [pairtypes]. FudgeLJ and<br />&gt;&gt; &gt;&gt;&gt; [nonbond_params] are used in such generation, per other parts of 5.7.<br />&gt;&gt; &gt;&gt;&gt;<br />&gt;&gt; &gt;&gt;&gt;&gt;   Or am I completely wrong?<br />&gt;&gt; &gt;&gt;&gt;&gt; In my set up then, are 1-4 Coulombic interactions determined by the<br />&gt;&gt; &gt;&gt;&gt;&gt; pair<br />&gt;&gt; &gt;&gt;&gt;&gt; list and fudge QQ?<br />&gt;&gt; &gt;&gt;&gt; If the contradiction you think exists is this one...<br />&gt;&gt; &gt;&gt;&gt;&gt;&gt; On 02/08/11, *Gavin Melaugh * &lt;gmelaugh01@qub.ac.uk&gt; wrote:<br />&gt;&gt; &gt;&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; Hi Justin<br />&gt;&gt; &gt;&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;<br />&gt;&gt; &gt;&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; Again thanks for the reply. I am not disagreeing with you but If I<br />&gt;&gt; &gt;&gt;&gt;&gt; don't<br />&gt;&gt; &gt;&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; include a [pairs] directive in the topology file (with gen_pairs<br />&gt;&gt; &gt;&gt;&gt;&gt; =yes),<br />&gt;&gt; &gt;&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; then there are no 1-4 LJ nor 1-4 Coulombic energies written in<br />&gt;&gt; &gt;&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; the log<br />&gt;&gt; &gt;&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; file. When I include the [pair s] directive then both types of<br />&gt;&gt; &gt;&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; interaction are written to the log file. Therefore does gen_pairs=<br />&gt;&gt; &gt;&gt;&gt;&gt; yes +<br />&gt;&gt; &gt;&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; [pairs] directive generate 1,4 LJ and 1,4 Coulomb according to<br />&gt;&gt; &gt;&gt;&gt;&gt; fudge LJ<br />&gt;&gt; &gt;&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; and QQ?<br />&gt;&gt; &gt;&gt;&gt; ... then 5.3.4 indicates that the presence of a [pairs] directive<br />&gt;&gt; will<br />&gt;&gt; &gt;&gt;&gt; generate the 1,4 output fields. The parameters for that output are<br />&gt;&gt; &gt;&gt;&gt; taken from [pairtypes]. If gen-pairs=yes then the parameters are<br />&gt;&gt; &gt;&gt;&gt; generated, else some warning/error occurs. The example in 5.7.1 has<br />&gt;&gt; &gt;&gt;&gt; some more explanation about the use of the fudge parameters.<br />&gt;&gt; &gt;&gt;&gt;<br />&gt;&gt; &gt;&gt;&gt; Mark<br />&gt;&gt; &gt;&gt;<br />&gt;&gt; &gt;<br />&gt;&gt;<br />&gt;&gt; -- <br />&gt;&gt; gmx-users mailing list    gmx-users@gromacs.org<br />&gt;&gt; <a href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="l">http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br />&gt;&gt; Please search the archive at<br />&gt;&gt; <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search" target="l">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search</a> before posting!<br />&gt;&gt; Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the<br />&gt;&gt; www interface or send it to gmx-users-request@gromacs.org.<br />&gt;&gt; Can't post? Read <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists" target="l">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists</a><br /><br />-- <br />gmx-users mailing list    gmx-users@gromacs.org<br /><a href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="l">http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br />Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search" target="l">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search</a> before posting!<br />Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the <br />www interface or send it to gmx-users-request@gromacs.org.<br />Can't post? Read <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists" target="l">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists</a><br /></div></blockquote>