<html><head><style type="text/css"><!-- DIV {margin:0px;} --></style></head><body><div style="font-family:'times new roman', 'new york', times, serif;font-size:12pt"><div><br></div><div style="font-family:times new roman, new york, times, serif;font-size:12pt">&nbsp; &nbsp; Finally, I achieved the desired 300K average temperature using sd integrator . I had to reduce the time step from 0.002 ps to 0.001 ps and then running the NVT could produce 300K as average temperature.</div><div style="font-family:times new roman, new york, times, serif;font-size:12pt">Still Not sure why md integrator still could 300K average temperature using 0.002 ps as time-step.</div><div style="font-family:times new roman, new york, times, serif;font-size:12pt"><br><div style="font-family:arial, helvetica, sans-serif;font-size:13px"><font size="2" face="Tahoma"><hr size="1"><b><span style="font-weight: bold;">From:</span></b> Justin A. Lemkul &lt;jalemkul@vt.edu&gt;<br><b><span
 style="font-weight: bold;">To:</span></b> Discussion list for GROMACS users &lt;gmx-users@gromacs.org&gt;<br><b><span style="font-weight: bold;">Sent:</span></b> Tue, August 2, 2011 10:16:17 PM<br><b><span style="font-weight: bold;">Subject:</span></b> Re: [gmx-users] Problem with temperature and stochastic dynamics in FEP<br></font><br>
<br><br>Sanku M wrote:<br>&gt; Hi Justin,<br>&gt;&nbsp; &nbsp; I did calculate the average temperature using last 2 ns of the 8ns data. It is still same 303K. <br>&gt; <br><br>Going back to the original .mdp file, I can see that you're using some incorrect settings.&nbsp; You've set rlist=rvdw even though you're using a shifted potential for van der Waals interactions.&nbsp; Surely grompp should have warned you that this would lead to poor energy conservation.&nbsp; Your solvent is probably heating up as a result and leading to the incorrect temperature.<br><br>-Justin<br><br>&gt; ------------------------------------------------------------------------<br>&gt; *From:* Justin A. Lemkul &lt;<a ymailto="mailto:jalemkul@vt.edu" href="mailto:jalemkul@vt.edu">jalemkul@vt.edu</a>&gt;<br>&gt; *To:* Discussion list for GROMACS users &lt;<a ymailto="mailto:gmx-users@gromacs.org" href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a>&gt;<br>&gt; *Sent:* Tue,
 August 2, 2011 9:55:40 PM<br>&gt; *Subject:* Re: [gmx-users] Problem with temperature and stochastic dynamics in FEP<br>&gt; <br>&gt; <br>&gt; <br>&gt; Sanku M wrote:<br>&gt;&nbsp; &gt; OKK, But, before, I have tried using md as integrator where I start the initial velocity as 280K ( which makes sense as the minimized configuration is essentially at low temperature) and have used Nose-hoover at 300K and I never had problem in getting the desired 300K after running a short NVT simulation as equilabration.<br>&gt;&nbsp; &gt; The problem arises when sd integrator is used.<br>&gt;&nbsp; &gt; In fact, I&nbsp; just tried to generate the initial velocity at 300K along with sd integrator. I got the 303 K as average temperature again. The same simulation using md integrator always gives rise to 300K as average temperature( when used in conjunction with Nose-Hoover ) , even if I generate velocity at 280 K or 300K .<br>&gt;&nbsp; &gt;<br>&gt;&nbsp; &gt; I guess
 that the initial velocity-generation temperature should not be an issue here. The sd integrator in contrast to md integrator may be the problem.<br>&gt;&nbsp; &gt;<br>&gt;&nbsp; &gt;<br>&gt; <br>&gt; I have never had such a problem when using sd.&nbsp; I can always achieve the target temperature within 0.5 K, if not exactly, so I do not believe there is an inherent problem with sd.&nbsp; Your first post indicated that your statistics were collected over the entire timeframe, which will not be correct for reasons I have already described.&nbsp; The initial frames will represent unequilibrated data that may skew the averages.&nbsp; What if you analyze only the last half of the time?&nbsp; The last 1 ns?<br>&gt; <br>&gt; -Justin<br>&gt; <br>&gt; -- ========================================<br>&gt; <br>&gt; Justin A. Lemkul<br>&gt; Ph.D. Candidate<br>&gt; ICTAS Doctoral Scholar<br>&gt; MILES-IGERT Trainee<br>&gt; Department of Biochemistry<br>&gt; Virginia
 Tech<br>&gt; Blacksburg, VA<br>&gt; jalemkul[at]vt.edu | (540) 231-9080<br>&gt; <a href="http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin" target="_blank">http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin</a><br>&gt; <br>&gt; ========================================<br>&gt; -- gmx-users mailing list&nbsp; &nbsp; <a ymailto="mailto:gmx-users@gromacs.org" href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a> &lt;mailto:<a ymailto="mailto:gmx-users@gromacs.org" href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a>&gt;<br>&gt; <a href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>&gt; Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search" target="_blank">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search</a> before posting!<br>&gt; Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the www interface or
 send it to <a ymailto="mailto:gmx-users-request@gromacs.org" href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org">gmx-users-request@gromacs.org</a> &lt;mailto:<a ymailto="mailto:gmx-users-request@gromacs.org" href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org">gmx-users-request@gromacs.org</a>&gt;.<br>&gt; Can't post? Read <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists" target="_blank">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists</a><br><br>-- ========================================<br><br>Justin A. Lemkul<br>Ph.D. Candidate<br>ICTAS Doctoral Scholar<br>MILES-IGERT Trainee<br>Department of Biochemistry<br>Virginia Tech<br>Blacksburg, VA<br>jalemkul[at]vt.edu | (540) 231-9080<br><a href="http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin" target="_blank">http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin</a><br><br>========================================<br>-- gmx-users mailing list&nbsp; &nbsp; <a ymailto="mailto:gmx-users@gromacs.org"
 href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a><br><a href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search" target="_blank">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search</a> before posting!<br>Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the www interface or send it to <a ymailto="mailto:gmx-users-request@gromacs.org" href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br>Can't post? Read <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists" target="_blank">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists</a><br>Blacksburg, VA<br>&gt; jalemkul[at]vt.edu | (540) 231-9080<br><span>&gt; <a target="_blank"
 href="http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin">http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin</a></span><br>&gt; <br>&gt; ========================================<br>&gt; -- gmx-users mailing list&nbsp; &nbsp; <a ymailto="mailto:gmx-users@gromacs.org" href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a> &lt;mailto:<a ymailto="mailto:gmx-users@gromacs.org" href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a>&gt;<br><span>&gt; <a target="_blank" href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users">http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a></span><br><span>&gt; Please search the archive at <a target="_blank" href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search</a> before posting!</span><br>&gt; Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the www interface or send it to <a ymailto="mailto:gmx-users-request@gromacs.org"
 href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org">gmx-users-request@gromacs.org</a> &lt;mailto:<a ymailto="mailto:gmx-users-request@gromacs.org" href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org">gmx-users-request@gromacs.org</a>&gt;.<br><span>&gt; Can't post? Read <a target="_blank" href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists</a></span><br><br>-- ========================================<br><br>Justin A. Lemkul<br>Ph.D. Candidate<br>ICTAS Doctoral Scholar<br>MILES-IGERT Trainee<br>Department of Biochemistry<br>Virginia Tech<br>Blacksburg, VA<br>jalemkul[at]vt.edu | (540) 231-9080<br><a href="http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin" target="_blank">http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin</a><br><br>========================================<br>-- gmx-users mailing list&nbsp; &nbsp; <a ymailto="mailto:gmx-users@gromacs.org"
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