<br /><br /><span>On 02/08/11, <b class="name">Gavin Melaugh </b> &lt;gmelaugh01@qub.ac.uk&gt; wrote:</span><blockquote cite="mid:4E37CBF3.9080703@qub.ac.uk" class="iwcQuote" style="border-left: 1px solid rgb(0, 0, 255); padding-left: 13px; margin-left: 0pt;" type="cite"><div class="mimepart text plain">Hi Justin<br /><br />Again thanks for the reply. I am not disagreeing with you but If I don't<br />include a [pairs] directive in the topology file (with gen_pairs =yes),<br />then there are no 1-4 LJ nor 1-4 Coulombic energies written in the log<br />file. When I include the [pair s] directive then both types of<br />interaction are written to the log file. Therefore does gen_pairs= yes +<br />[pairs] directive generate 1,4 LJ and 1,4 Coulomb according to fudge LJ<br />and QQ?</div></blockquote><br />Does manual section 5.3.4 answer your question?<br /><br />Mark<br /><br /><blockquote cite="mid:4E37CBF3.9080703@qub.ac.uk" class="iwcQuote" style="border-left: 1px solid rgb(0, 0, 255); padding-left: 13px; margin-left: 0pt;" type="cite"><div class="mimepart text plain"><br />Thanks<br /><br />Gavin<br /><br />Justin A. Lemkul wrote:<br />&gt;<br />&gt;<br />&gt; Gavin Melaugh wrote:<br />&gt;&gt; Hi Justin<br />&gt;&gt;<br />&gt;&gt; Sorry to labour on this but:<br />&gt;&gt;<br />&gt;&gt; I don't quite understand what you mean when you say that nonbonded pair<br />&gt;&gt; interactions are not Coulombic. Surely nonbonded charged atoms interact<br />&gt;&gt; with each other, when close enough? (or by Nonbonded pair interactions<br />&gt;&gt; do you explcitly mean 1-4,1-5, etc.)<br />&gt;&gt; What are the 1-4 Coulombic interactions generated by, if not by<br />&gt;&gt; gen_pairs =yes in my case?<br />&gt;&gt; I have read this section of the manual loads and though I had a<br />&gt;&gt; comprehensive understanding of it, but now I am confused again.<br />&gt;&gt;<br />&gt;<br />&gt; Sure, there are nonbonded interactions for 1-4, 1-5, etc.  But the<br />&gt; purpose of [pairtype] generation is for LJ terms only.  They are<br />&gt; special 1-4 interactions between different atomtypes.  Look at any<br />&gt; force field for which [pairtypes] are listed - they have only C6 and<br />&gt; C12 terms.  Charges are not used for these calculations, but they are<br />&gt; applied later during the MD using normal Coulombic equations and FudgeQQ.<br />&gt;<br />&gt; -Justin<br />&gt;<br />&gt;&gt; Thanks<br />&gt;&gt;<br />&gt;&gt; Gavin<br />&gt;&gt; Justin A. Lemkul wrote:<br />&gt;&gt;&gt;<br />&gt;&gt;&gt; Gavin Melaugh wrote:<br />&gt;&gt;&gt;&gt; Hi Justin<br />&gt;&gt;&gt;&gt;<br />&gt;&gt;&gt;&gt; I have checked the tpr file. Now it seems to assign the the two<br />&gt;&gt;&gt;&gt; type of<br />&gt;&gt;&gt;&gt; CHs as the same atom type, but at the same time with the specified<br />&gt;&gt;&gt;&gt; charge from the [atoms] directive, as I expected. Concerning 1-4<br />&gt;&gt;&gt;&gt; interactions and gen_pairs =yes, my concern is this; from the pair<br />&gt;&gt;&gt;&gt; list<br />&gt;&gt;&gt;&gt; and using gen_pairs = yes, does grompp then take the 1-4 coulombic<br />&gt;&gt;&gt;&gt; interaction for CH from the [atomtypes] directive (as the meaning of<br />&gt;&gt;&gt;&gt; gen_pairs =yes)?<br />&gt;&gt;&gt;&gt; Or does it assign the charge based on the atom index in the pair list?<br />&gt;&gt;&gt;&gt;<br />&gt;&gt;&gt; Charges are irrelevant for generation of pair interactions.  Nonbonded<br />&gt;&gt;&gt; pair interactions are LJ, not Coulombic.  You will certainly have 1-4<br />&gt;&gt;&gt; Coulombic interactions, but they are not generated by gen_pairs.  See<br />&gt;&gt;&gt; manual section 5.3.4.<br />&gt;&gt;&gt;<br />&gt;&gt;&gt; -Justin<br />&gt;&gt;&gt;<br />&gt;&gt;&gt;&gt; Many Thanks<br />&gt;&gt;&gt;&gt;<br />&gt;&gt;&gt;&gt; Gavin<br />&gt;&gt;&gt;&gt;<br />&gt;&gt;&gt;&gt; Justin A. Lemkul wrote:<br />&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; Gavin Melaugh wrote:<br />&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; Hi all<br />&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;<br />&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; A very quick question. I have an atom-type labelled CH in the<br />&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; atom-types<br />&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; with a particular charge, and in the atom list I assign some of<br />&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; these<br />&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; specific atoms with zero charge as below. When I generate 1,4<br />&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; interactions using gen_pairs =yes, what charge for the CH type<br />&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; does it<br />&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; use? Does gromacs assign the CH with the different charge as a new<br />&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; atom<br />&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; type.<br />&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;<br />&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; Charges set in [atomtypes] are not used.  The zero charge is<br />&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; assigned.  Verify this by using gmxdump on your .tpr file.<br />&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;<br />&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; -Justin<br />&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;<br />&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; ;Parameter level<br />&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; [defaults]<br />&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; ; nbfunc    comb-rule     gen-pairs        fudgeLJ     fudgeQQ<br />&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;      1         3              yes            0.5         0.5<br />&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;<br />&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; [atomtypes]<br />&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; ;type     mass           charge      ptype     sigma(nm) <br />&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; epsilon(kjmol-1)<br />&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;    CB     12.011000      0.000000       A      0.355000     <br />&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; 0.292880<br />&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;    CA     12.011000     -0.115000       A      0.355000     <br />&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; 0.292880<br />&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;    HC      1.008000      0.115000       A      0.242000     <br />&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; 0.125520<br />&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;    CU     13.019000      0.265000       A      0.350000     <br />&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; 0.334720<br />&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;    NU     14.007000     -0.597000       A      0.325000     <br />&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; 0.711280<br />&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;    CH     13.019000      0.332000       A      0.385000     <br />&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; 0.334720<br />&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;    C3     15.035000      0.000000       A      0.391000     <br />&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; 0.669440<br />&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;    C2     14.027000      0.000000       A      0.390500     <br />&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; 0.493712<br />&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;<br />&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; ;Molecular level<br />&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; [moleculetype]<br />&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; ;       name         nrexcl<br />&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;         isotridecylcage      3<br />&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;<br />&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; [atoms]<br />&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; .................<br />&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;  72      CH       1   CGE        CH      24      0.3320     13.0190<br />&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;    73      C2       1   CGE        C2      25      0.0000    <br />&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; 14.0270<br />&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;    74      C2       1   CGE        C2      25      0.0000    <br />&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; 14.0270<br />&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;    75      C2       1   CGE        C2      25      0.0000    <br />&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; 14.0270<br />&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;    76      C2       1   CGE        C2      26      0.0000    <br />&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; 14.0270<br />&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;    77      C2       1   CGE        C2      26      0.0000    <br />&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; 14.0270<br />&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;    78      C2       1   CGE        C2      26      0.0000    <br />&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; 14.0270<br />&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;    79      C2       1   CGE        C2      27      0.0000    <br />&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; 14.0270<br />&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;    80      C2       1   CGE        C2      27      0.0000    <br />&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; 14.0270<br />&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;    81      C2       1   CGE        C2      27      0.0000    <br />&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; 14.0270<br />&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;    82      C2       1   CGE        C2      28      0.0000    <br />&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; 14.0270<br />&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;    83      CH       1   CGE        CH      28      0.0000    <br />&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; 13.0190<br />&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;    84      C3       1   CGE        C3      29      0.0000    <br />&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; 15.0350<br />&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;<br />&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;<br />&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; Many Thanks<br />&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;<br />&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; Gavin<br />&gt;&gt;<br />&gt;<br /><br />-- <br />gmx-users mailing list    gmx-users@gromacs.org<br /><a href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="l">http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br />Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search" target="l">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search</a> before posting!<br />Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the <br />www interface or send it to gmx-users-request@gromacs.org.<br />Can't post? Read <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists" target="l">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists</a><br /></div></blockquote>