<html><head><style type="text/css"><!-- DIV {margin:0px;} --></style></head><body><div style="font-family:'times new roman', 'new york', times, serif;font-size:12pt"><div style="font-family: 'times new roman', 'new york', times, serif; font-size: 12pt; ">Hi Justin,</div><div style="font-family: 'times new roman', 'new york', times, serif; font-size: 12pt; ">&nbsp; So, do you suggest that after minimization, I should generate the velocity at 300K instead ?</div><div style="font-family: 'times new roman', 'new york', times, serif; font-size: 12pt; ">i.,e for equilibration,should following the set-up?</div><div style="font-family: 'times new roman', 'new york', times, serif; font-size: 12pt; "><br></div><div style="font-family: 'times new roman', 'new york', times, serif; font-size: 12pt; "><span class="Apple-style-span" style="font-family: arial, helvetica, sans-serif; font-size: 13px; ">gen-vel&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;
 = yes<br>&gt;&gt;&nbsp; gen-temp&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; = 300<br></span><span class="Apple-style-span" style="font-family: arial, helvetica, sans-serif; font-size: 13px; ">&gt;&gt;&nbsp; gen-seed&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; = -1</span></div><div><font class="Apple-style-span" face="arial, helvetica, sans-serif" size="2"><br></font><div style="font-family: arial, helvetica, sans-serif; font-size: 13px; "><font size="2" face="Tahoma"><hr size="1"><b><span style="font-weight: bold;">From:</span></b> Justin A. Lemkul &lt;jalemkul@vt.edu&gt;<br><b><span style="font-weight: bold;">To:</span></b> Discussion list for GROMACS users &lt;gmx-users@gromacs.org&gt;<br><b><span style="font-weight: bold;">Sent:</span></b> Tue, August 2, 2011 8:26:16 PM<br><b><span style="font-weight: bold;">Subject:</span></b> Re: [gmx-users] Problem with temperature and stochastic dynamics in FEP<br></font><br>
<br><br>Justin A. Lemkul wrote:<br>&gt; <br>&gt; <br>&gt; Sanku M wrote:<br>&gt;&gt; Hi Justin,<br>&gt;&gt;&nbsp;  I first performed two minimization using steep and l-bfgs as the method on the solvated system for each lambda. Then I ran a 500ps NVT simulation on minimized system ( for each lambda) where essentially same .mdp file was used except the following change:<br>&gt;&gt;&nbsp; &nbsp; gen-vel&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; = yes<br>&gt;&gt;&nbsp; gen-temp&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; = 280<br>&gt;&gt;&nbsp; gen-seed&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; = -1<br>&gt;&gt; <br>&gt;&gt; So, essentially, I heated the minimized system up from 280 K with ref_t 300K using sd integrator. But, here also I found the average temperature goes to 303 K( instead of 300 K) .<br>&gt; <br>&gt; Unless you did simulated annealing in between, you didn't heat the system, you suddenly jolted the
 temperature, which is probably not stable.&nbsp; Maybe the integrator/Langevin thermostat does not react well to these conditions. Equilibrate under the conditions you wish to collect data.&nbsp; Your data collection uses NPT, so running NVT at a different temperature and suddenly changing the temperature and introducing pressure coupling is not an appropriate procedure. If nothing else, your data will be unreliable, even if your temperature was correct.<br>&gt; <br><br>Sorry, misread the previous .mdp settings.&nbsp; You're still using NVT, but the point about the temperature is still valid here.<br><br>-Justin<br><br>-- ========================================<br><br>Justin A. Lemkul<br>Ph.D. Candidate<br>ICTAS Doctoral Scholar<br>MILES-IGERT Trainee<br>Department of Biochemistry<br>Virginia Tech<br>Blacksburg, VA<br>jalemkul[at]vt.edu | (540) 231-9080<br><span><a target="_blank"
 href="http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin">http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin</a></span><br><br>========================================<br>-- gmx-users mailing list&nbsp; &nbsp; <a ymailto="mailto:gmx-users@gromacs.org" href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a><br><span><a target="_blank" href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users">http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a></span><br><span>Please search the archive at <a target="_blank" href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search</a> before posting!</span><br>Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the www interface or send it to <a ymailto="mailto:gmx-users-request@gromacs.org" href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br><span>Can't post? Read <a target="_blank"
 href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists</a></span><br></div></div><div style="font-family: 'times new roman', 'new york', times, serif; font-size: 12pt; position: fixed; "></div>


</div></body></html>