<span>On 02/08/11, <b class="name">Gavin Melaugh </b> &lt;gmelaugh01@qub.ac.uk&gt; wrote:</span><blockquote cite="mid:4E37DA5B.8000701@qub.ac.uk" class="iwcQuote" style="border-left: 1px solid rgb(0, 0, 255); padding-left: 13px; margin-left: 0pt;" type="cite"><div class="mimepart text plain">Hi Mark<br /><br /><br />Thanks for the reply.<br />I am currently reading that section of the manual and, unless I am<br />completely mistaken, it seems to vindicate what I am saying.<br />&quot;Extra Lennard-Jones and electrostatic interactions between pairs of<br />atoms in a molecule can be added in the [pairs] section of a molecule<br />definition&quot;.<br />In my [atom types] directive I have atomtype, charge mass, sigma and<br />epsilon etc. All nonbonding parameters are then calculated according to<br />the combination rule (in my case 3). 1-4 interactions are then<br />calculated based on the information in [pairs] directive (all atoms are<br />three bond away). I just have the atom indices of each pair in this<br />directive therefore with gen_pairs = yes, the interaction parameters<br />between each pair (which are 1-4) are calculated based on Fudge LJ and<br />Fudge QQ (which are both 0.5 in my case). All of this in conjunction<br />with nrexcl =3.</div></blockquote><br />That will generate parameters for the interactions listed in [pairs] that do not have corresponding [pairtypes]. FudgeLJ and [nonbond_params] are used in such generation, per other parts of 5.7.<br /><br /><blockquote cite="mid:4E37DA5B.8000701@qub.ac.uk" class="iwcQuote" style="border-left: 1px solid rgb(0, 0, 255); padding-left: 13px; margin-left: 0pt;" type="cite"><div class="mimepart text plain">  Or am I completely wrong?<br />In my set up then, are 1-4 Coulombic interactions determined by the pair<br />list and fudge QQ?</div></blockquote><br />If the contradiction you think exists is this one...<br /><blockquote cite="mid:4E37DA5B.8000701@qub.ac.uk" class="iwcQuote" style="border-left: 1px solid rgb(0, 0, 255); padding-left: 13px; margin-left: 0pt;" type="cite"><div class="mimepart text plain">&gt; On 02/08/11, *Gavin Melaugh * &lt;gmelaugh01@qub.ac.uk&gt; wrote:<br />&gt;&gt; Hi Justin<br />&gt;&gt;<br />&gt;&gt; Again thanks for the reply. I am not disagreeing with you but If I don't<br />&gt;&gt; include a [pairs] directive in the topology file (with gen_pairs =yes),<br />&gt;&gt; then there are no 1-4 LJ nor 1-4 Coulombic energies written in the log<br />&gt;&gt; file. When I include the [pair s] directive then both types of<br />&gt;&gt; interaction are written to the log file. Therefore does gen_pairs= yes +<br />&gt;&gt; [pairs] directive generate 1,4 LJ and 1,4 Coulomb according to fudge LJ<br />&gt;&gt; and QQ?</div></blockquote><br />... then 5.3.4 indicates that the presence of a [pairs] directive will generate the 1,4 output fields. The parameters for that output are taken from [pairtypes]. If gen-pairs=yes then the parameters are generated, else some warning/error occurs. The example in 5.7.1 has some more explanation about the use of the fudge parameters.<br /><br />Mark