<br /><br /><span>On 02/08/11, <b class="name">Marcelino Arciniega Castro </b> &lt;macastro@mytum.de&gt; wrote:</span><blockquote cite="mid:20110802122717.29408.96822@urania.ze.tum.de" class="iwcQuote" style="border-left: 1px solid rgb(0, 0, 255); padding-left: 13px; margin-left: 0pt;" type="cite"><div class="mimepart text plain">Hi there,<br /><br />Could someone please help to understand the use of function types 3 and 2 in the <br />[pairtypes ] directive in the topology file?<br />I am trying to used it in a free energy calculation but the gromacs manual-4.5.4 in the<br />page 112 is kind of confusing.</div></blockquote><br />That text mentions a bunch of sub-cases. Without knowing what you want to achieve and what you find unclear, it's hard to offer any help.<br /><br />Mark