<html><body><div style="color:#000; background-color:#fff; font-family:times new roman, new york, times, serif;font-size:12pt"><div>Dear GMX users,</div><div><br></div><div>I am trying to center my protein at the center of box using editconf. When I view the same using ngmx, the protein seems to lie outside the box</div><div><br></div><div>neweditconf -f alapdb.pdb -bt cubic&nbsp; -o boxpdb.pdb -c -center -0.156 -0.061 0.084 -d 1.5</div><div><br></div><div>this one works, but the molecule is shifted.<br></div><div>neweditconf -f alapdb.pdb -bt cubic -d 1.5 -o try.pdb</div><div><br></div><div>I want my molecule (geometrical )&nbsp; center to be the center of the box with -d 1.5.</div><div><br></div><div><br></div><div>Best,</div><div>nahren<br></div></div></body></html>