Hi<div><br></div><div>I am using editconf to set my box to the right size using:</div><div><br></div><div>editconf -f in.gro -o out.gro -box 30 30 30</div><div><br></div><div>gromacs v. 4.5.3</div><div><br></div><div>For this example, my system contains a phosphate anion and a water molecule. After editconf runs, it changes the residue name SOL of the water molecule to the residue name PHO for phosphate, because both have the same residue number (1). Is this not a bug, or am I doing something really silly? One can always try to run a simulation of an amino acid in water, and the error below would be replicated? </div>
<div><br></div><div>Interestingly, grompp does not complain that the residue PHO has 8 atoms instead of 5 as in the topology file.</div><div><br></div><div>I do not see this problem if the residue number of the water molecule is 2 instead of 1.</div>
<div><br></div><div>Below are the two .gro files, before and after running the above command.</div><div><br></div><div><br></div><div><div>GROtesk MACabre and Sinister</div><div>8</div><div>    1PHO    O1P    1  13.422   2.753   5.900</div>
<div>    1PHO      P    2  13.250   2.818   5.976</div><div>    1PHO    O2P    3  13.193   2.967   5.853</div><div>    1PHO    O3P    4  13.263   2.864   6.169</div><div>    1PHO    O4P    5  13.118   2.672   5.939</div><div>
    1SOL     OW    1  12.025   1.421  -1.203</div><div>    1SOL    HW1    2  12.125   1.421  -1.203</div><div>    1SOL    HW2    3  11.993   1.516  -1.203</div><div>20 20 20</div><div><br></div><div><br></div><div>GROtesk MACabre and Sinister</div>
<div>    8</div><div>    1PHO    O1P    1  15.623  15.449  17.622</div><div>    1PHO      P    2  15.451  15.514  17.697</div><div>    1PHO    O2P    3  15.394  15.663  17.574</div><div>    1PHO    O3P    4  15.464  15.560  17.890</div>
<div>    1PHO    O4P    5  15.319  15.368  17.660</div><div>    1PHO     OW    6  14.226  14.117  10.518</div><div>    1PHO    HW1    7  14.326  14.117  10.518</div><div>    1PHO    HW2    8  14.194  14.212  10.518</div><div>
  30.00000  30.00000  30.00000</div><div><br></div><div><br></div><div><br></div><div><br></div><br>-- <br>Maria G.<br>Technical University of Denmark<br>Copenhagen<br>
</div>