<html>

  <head>

    <meta content="text/html; charset=ISO-8859-1"

      http-equiv="Content-Type">

  </head>

  <body text="#000000" bgcolor="#FFFFFF">

    On 3/08/2011 8:19 AM, Swarnendu Tripathi wrote:

    <blockquote

cite="mid:CANHm6ir7qnbCzEShGhkc3RVtp2-yYB8D1ha_or=hHKqzKSQDhA@mail.gmail.com"

      type="cite">Hi,<br>

      <br>

      I am not sure if this problem has been solved or discussed before.<br>

      <br>

      I found that when I use the <a moz-do-not-send="true"

        href="http://demux.pl">demux.pl</a> script it does not read the

      actual time from the .log file. This is for gromacs-4.0.7.<br>

    </blockquote>

    <br>

    It reads the values fine, it just writes them in a limited-width

    format. You can find two occurrences of "%-8g" early in the script.

    Replace them with something like "%-20g" and things will work fine.<br>

    <br>

    Thanks for the report.<br>

    <br>

    Mark<br>

    <br>

    <blockquote

cite="mid:CANHm6ir7qnbCzEShGhkc3RVtp2-yYB8D1ha_or=hHKqzKSQDhA@mail.gmail.com"

      type="cite">

      <br>

      These are few lines from one of the .log file for my replica

      exchnage simulation. For example in the second line below the

      actual time is&nbsp; "1199992.0" in ps. However, the <a

        moz-do-not-send="true" href="http://demux.pl">demux.pl</a>

      script reads the time from the "Replica exchange" phrase as "<span

        style="background-color: rgb(255, 255, 255);">1.19999e+06</span>".

      Same thing repeats in the following steps which is not right.<br>

      ==================================================================<br>

      &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; Step&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Time&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Lambda<br>

      &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 299998000&nbsp;&nbsp; <span style="background-color: rgb(255, 255,

        102);">1199992.12500</span>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.00000<br>

      <br>

      &nbsp;&nbsp; Energies (kJ/mol)<br>

      &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; G96Bond&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; G96Angle&nbsp;&nbsp;&nbsp; Proper Dih.&nbsp; Improper

      Dih.&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; LJ-14<br>

      &nbsp;&nbsp;&nbsp; 1.58180e+03&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1.49412e+03&nbsp;&nbsp;&nbsp; 7.67393e+02&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3.69239e+02&nbsp;&nbsp;

      -2.78302e+02<br>

      &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Coulomb-14&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; LJ (SR)&nbsp;&nbsp; Coulomb (SR)&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Potential&nbsp;&nbsp;&nbsp;

      Kinetic En.<br>

      &nbsp;&nbsp; -2.39467e+00&nbsp;&nbsp;&nbsp; 8.01055e+01&nbsp;&nbsp; -1.05400e+01&nbsp;&nbsp;&nbsp; 4.00143e+03&nbsp;&nbsp;&nbsp;

      4.06353e+03<br>

      &nbsp;&nbsp; Total Energy&nbsp;&nbsp;&nbsp; Temperature Pressure (bar)<br>

      &nbsp;&nbsp;&nbsp; 8.06496e+03&nbsp;&nbsp;&nbsp; 4.51898e+02&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.00000e+00<br>

      <br>

      Replica exchange at step 299998000 time <span

        style="background-color: rgb(153, 255, 153);">1.19999e+06</span><br>

      Repl 7 &lt;-&gt; 8&nbsp; dE =&nbsp; 1.607e-01<br>

      Repl ex&nbsp; 0&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1 x&nbsp; 2&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3 x&nbsp; 4&nbsp;&nbsp;&nbsp; 5 x&nbsp; 6&nbsp;&nbsp;&nbsp; 7 x&nbsp; 8&nbsp;&nbsp;&nbsp; 9 x 10&nbsp;&nbsp; 11

      x 12&nbsp;&nbsp; 13 x 14&nbsp;&nbsp; 15 x 16&nbsp;&nbsp; 17 x 18&nbsp;&nbsp; 19 x 20&nbsp;&nbsp; 21 x 22&nbsp;&nbsp; 23<br>

      Repl pr&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; .79&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1.0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1.0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; .85&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1.0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

      .98&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; .98&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; .90&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1.0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1.0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; .90&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; <br>

      <br>

      &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Step&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Time&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Lambda<br>

      &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 299999000&nbsp;&nbsp; 1199996.12500&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.00000<br>

      <br>

      &nbsp;&nbsp; Energies (kJ/mol)<br>

      &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; G96Bond&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; G96Angle&nbsp;&nbsp;&nbsp; Proper Dih.&nbsp; Improper

      Dih.&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; LJ-14<br>

      &nbsp;&nbsp;&nbsp; 1.42588e+03&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1.43257e+03&nbsp;&nbsp;&nbsp; 7.64199e+02&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3.39804e+02&nbsp;&nbsp;

      -7.50646e+02<br>

      &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Coulomb-14&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; LJ (SR)&nbsp;&nbsp; Coulomb (SR)&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Potential&nbsp;&nbsp;&nbsp;

      Kinetic En.<br>

      &nbsp;&nbsp; -2.96172e+00&nbsp;&nbsp;&nbsp; 9.62908e+01&nbsp;&nbsp; -1.95152e+01&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3.28563e+03&nbsp;&nbsp;&nbsp;

      4.16581e+03<br>

      &nbsp;&nbsp; Total Energy&nbsp;&nbsp;&nbsp; Temperature Pressure (bar)<br>

      &nbsp;&nbsp;&nbsp; 7.45144e+03&nbsp;&nbsp;&nbsp; 4.63272e+02&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.00000e+00<br>

      <br>

      Replica exchange at step 299999000 time 1.2e+06<br>

      Repl 8 &lt;-&gt; 9&nbsp; dE =&nbsp; 2.023e-01<br>

      Repl ex&nbsp; 0 x&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2 x&nbsp; 3&nbsp;&nbsp;&nbsp; 4 x&nbsp; 5&nbsp;&nbsp;&nbsp; 6 x&nbsp; 7&nbsp;&nbsp;&nbsp; 8&nbsp;&nbsp;&nbsp; 9&nbsp;&nbsp; 10 x

      11&nbsp;&nbsp; 12 x 13&nbsp;&nbsp; 14 x 15&nbsp;&nbsp; 16 x 17&nbsp;&nbsp; 18 x 19&nbsp;&nbsp; 20 x 21&nbsp;&nbsp; 22 x 23<br>

      Repl pr&nbsp;&nbsp; 1.0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; .98&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; .66&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1.0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; .82&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

      1.0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; .92&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; .93&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; .79&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1.0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; .96&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1.0<br>

      <br>

========================================================================================<br>

      <br>

      As a result my "replica_index.xvg" looks like this which is not

      right.<br>

========================================================================================<br>

      1.19996e+06&nbsp;&nbsp; 11&nbsp;&nbsp;&nbsp; 9&nbsp;&nbsp; 22&nbsp;&nbsp; 12&nbsp;&nbsp; 10&nbsp;&nbsp; 21&nbsp;&nbsp;&nbsp; 5&nbsp;&nbsp; 23&nbsp;&nbsp; 17&nbsp;&nbsp;&nbsp; 7&nbsp;&nbsp;

      19&nbsp;&nbsp;&nbsp; 8&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp; 15&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0&nbsp;&nbsp; 13&nbsp;&nbsp;&nbsp; 6&nbsp;&nbsp; 20&nbsp;&nbsp; 14&nbsp;&nbsp;&nbsp; 4&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2&nbsp;&nbsp; 16&nbsp;&nbsp;

      18<br>

      1.19996e+06&nbsp;&nbsp;&nbsp; 9&nbsp;&nbsp; 11&nbsp;&nbsp; 12&nbsp;&nbsp; 22&nbsp;&nbsp; 21&nbsp;&nbsp; 10&nbsp;&nbsp; 23&nbsp;&nbsp;&nbsp; 5&nbsp;&nbsp;&nbsp; 7&nbsp;&nbsp; 17&nbsp;&nbsp;&nbsp;

      8&nbsp;&nbsp; 19&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0&nbsp;&nbsp; 15&nbsp;&nbsp;&nbsp; 6&nbsp;&nbsp; 13&nbsp;&nbsp; 14&nbsp;&nbsp; 20&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2&nbsp;&nbsp;&nbsp; 4&nbsp;&nbsp; 18&nbsp;&nbsp; 16<br>

      1.19997e+06&nbsp;&nbsp;&nbsp; 9&nbsp;&nbsp; 12&nbsp;&nbsp; 11&nbsp;&nbsp; 21&nbsp;&nbsp; 22&nbsp;&nbsp; 23&nbsp;&nbsp; 10&nbsp;&nbsp;&nbsp; 7&nbsp;&nbsp;&nbsp; 5&nbsp;&nbsp;&nbsp; 8&nbsp;&nbsp;

      17&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp; 19&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3&nbsp;&nbsp;&nbsp; 6&nbsp;&nbsp; 15&nbsp;&nbsp; 14&nbsp;&nbsp; 13&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2&nbsp;&nbsp; 20&nbsp;&nbsp; 18&nbsp;&nbsp;&nbsp; 4&nbsp;&nbsp;

      16<br>

      1.19997e+06&nbsp;&nbsp; 12&nbsp;&nbsp;&nbsp; 9&nbsp;&nbsp; 21&nbsp;&nbsp; 11&nbsp;&nbsp; 23&nbsp;&nbsp; 22&nbsp;&nbsp;&nbsp; 7&nbsp;&nbsp; 10&nbsp;&nbsp;&nbsp; 8&nbsp;&nbsp;&nbsp; 5&nbsp;&nbsp;&nbsp;

      1&nbsp;&nbsp; 17&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0&nbsp;&nbsp; 19&nbsp;&nbsp;&nbsp; 6&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3&nbsp;&nbsp; 14&nbsp;&nbsp; 15&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2&nbsp;&nbsp; 13&nbsp;&nbsp; 20&nbsp;&nbsp; 18&nbsp;&nbsp; 16&nbsp;&nbsp;&nbsp; 4<br>

      1.19998e+06&nbsp;&nbsp; 12&nbsp;&nbsp; 21&nbsp;&nbsp;&nbsp; 9&nbsp;&nbsp; 23&nbsp;&nbsp; 11&nbsp;&nbsp; 22&nbsp;&nbsp;&nbsp; 7&nbsp;&nbsp;&nbsp; 8&nbsp;&nbsp; 10&nbsp;&nbsp;&nbsp; 5&nbsp;&nbsp;&nbsp;

      1&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0&nbsp;&nbsp; 17&nbsp;&nbsp;&nbsp; 6&nbsp;&nbsp; 19&nbsp;&nbsp; 14&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2&nbsp;&nbsp; 15&nbsp;&nbsp; 13&nbsp;&nbsp; 20&nbsp;&nbsp; 16&nbsp;&nbsp; 18&nbsp;&nbsp;&nbsp; 4<br>

      1.19998e+06&nbsp;&nbsp; 21&nbsp;&nbsp; 12&nbsp;&nbsp; 23&nbsp;&nbsp;&nbsp; 9&nbsp;&nbsp; 22&nbsp;&nbsp; 11&nbsp;&nbsp;&nbsp; 8&nbsp;&nbsp;&nbsp; 7&nbsp;&nbsp; 10&nbsp;&nbsp;&nbsp; 5&nbsp;&nbsp;&nbsp;

      0&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp; 6&nbsp;&nbsp; 17&nbsp;&nbsp; 19&nbsp;&nbsp; 14&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3&nbsp;&nbsp; 13&nbsp;&nbsp; 15&nbsp;&nbsp; 16&nbsp;&nbsp; 20&nbsp;&nbsp;&nbsp; 4&nbsp;&nbsp; 18<br>

      1.19998e+06&nbsp;&nbsp; 21&nbsp;&nbsp; 23&nbsp;&nbsp; 12&nbsp;&nbsp; 22&nbsp;&nbsp;&nbsp; 9&nbsp;&nbsp;&nbsp; 8&nbsp;&nbsp; 11&nbsp;&nbsp; 10&nbsp;&nbsp;&nbsp; 7&nbsp;&nbsp;&nbsp; 5&nbsp;&nbsp;&nbsp;

      0&nbsp;&nbsp;&nbsp; 6&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp; 19&nbsp;&nbsp; 17&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2&nbsp;&nbsp; 14&nbsp;&nbsp; 13&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3&nbsp;&nbsp; 16&nbsp;&nbsp; 15&nbsp;&nbsp;&nbsp; 4&nbsp;&nbsp; 20&nbsp;&nbsp; 18<br>

      1.19999e+06&nbsp;&nbsp; 23&nbsp;&nbsp; 21&nbsp;&nbsp; 22&nbsp;&nbsp; 12&nbsp;&nbsp;&nbsp; 9&nbsp;&nbsp;&nbsp; 8&nbsp;&nbsp; 10&nbsp;&nbsp; 11&nbsp;&nbsp;&nbsp; 5&nbsp;&nbsp;&nbsp; 7&nbsp;&nbsp;&nbsp;

      6&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0&nbsp;&nbsp; 19&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2&nbsp;&nbsp; 17&nbsp;&nbsp; 13&nbsp;&nbsp; 14&nbsp;&nbsp; 16&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3&nbsp;&nbsp;&nbsp; 4&nbsp;&nbsp; 15&nbsp;&nbsp; 18&nbsp;&nbsp; 20<br>

      1.19999e+06&nbsp;&nbsp; 23&nbsp;&nbsp; 22&nbsp;&nbsp; 21&nbsp;&nbsp;&nbsp; 9&nbsp;&nbsp; 12&nbsp;&nbsp; 10&nbsp;&nbsp;&nbsp; 8&nbsp;&nbsp;&nbsp; 5&nbsp;&nbsp; 11&nbsp;&nbsp;&nbsp; 6&nbsp;&nbsp;&nbsp;

      7&nbsp;&nbsp; 19&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp; 13&nbsp;&nbsp; 17&nbsp;&nbsp; 16&nbsp;&nbsp; 14&nbsp;&nbsp;&nbsp; 4&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3&nbsp;&nbsp; 18&nbsp;&nbsp; 15&nbsp;&nbsp; 20<br>

      1.2e+06&nbsp;&nbsp;&nbsp; 22&nbsp;&nbsp; 23&nbsp;&nbsp;&nbsp; 9&nbsp;&nbsp; 21&nbsp;&nbsp; 10&nbsp;&nbsp; 12&nbsp;&nbsp;&nbsp; 5&nbsp;&nbsp;&nbsp; 8&nbsp;&nbsp; 11&nbsp;&nbsp;&nbsp; 6&nbsp;&nbsp; 19&nbsp;&nbsp;&nbsp;

      7&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0&nbsp;&nbsp; 13&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp; 16&nbsp;&nbsp; 17&nbsp;&nbsp;&nbsp; 4&nbsp;&nbsp; 14&nbsp;&nbsp; 18&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3&nbsp;&nbsp; 20&nbsp;&nbsp; 15<br>

=========================================================================================<br>

      <br>

      Due to the problem in precision, time step repeats. The <a

        moz-do-not-send="true" href="http://demux.pl">demux.pl</a>

      script should read the actual time from the previous step in the

      .log file.<br>

      <br>

      -Swarnendu<br>

      <br>

      <fieldset class="mimeAttachmentHeader"></fieldset>

      <br>

    </blockquote>

    <br>

  </body>

</html>