<DIV>Dear gmxers,</DIV>
<DIV>I try to perform NPT MD to obtain the density of system. But the value of density does not stablize even after over&nbsp;40 ns. The content of mdp file can be seen below. How to deal with it? Please give me some hints. Thanks a lot for any replies.</DIV>
<DIV>&nbsp;</DIV>
<DIV>.mdp file: </DIV>
<DIV>title&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = </DIV>
<DIV>cpp&nbsp;&nbsp;&nbsp; = /lib/cpp<BR>include &nbsp;&nbsp; = -I../top<BR>define&nbsp;&nbsp;&nbsp; = &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;;{-DFLEXIBLE,-DPOSRES} <BR>integrator&nbsp;&nbsp; = md<BR>dt&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 0.001<BR>comm_mode&nbsp;&nbsp; = Linear&nbsp;&nbsp;&nbsp;;{Linear,Angular,No}<BR>nstcomm&nbsp;&nbsp; = 10<BR>nstcalcenergy&nbsp;&nbsp; = 1<BR>nsttcouple&nbsp;&nbsp; = 1<BR>nstpcouple&nbsp;&nbsp; = 1<BR>comm_grps&nbsp;&nbsp; = <BR>nsteps&nbsp; &nbsp;&nbsp; = 25000000<BR>nstxout &nbsp;&nbsp; = 1000<BR>nstvout &nbsp;&nbsp; = 1000<BR>nstlog&nbsp; &nbsp;&nbsp; = 1000<BR>nstenergy&nbsp;&nbsp; = 1000<BR>nstxtcout&nbsp;&nbsp; = 1000<BR>nstlist &nbsp;&nbsp; = 10<BR>ns_type &nbsp;&nbsp; = grid&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;;{simple,grid}<BR>rlist&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 1.0<BR>coulombtype&nbsp;&nbsp; = pme<BR>fourierspacing&nbsp; = 0.12&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;; [0.12 nm]<BR>optimize_fft&nbsp;&nbsp; = yes&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;;{no,yes}<BR>rcoulomb&nbsp;&nbsp; = 1.0<BR>rvdw&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 1.0<BR>DispCorr&nbsp;&nbsp; = EnerPres&nbsp;&nbsp;&nbsp;;{no,EnerPres,Ener}<BR>pbc&nbsp;&nbsp;&nbsp; = xyz&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;; Periodic Boundary Conditions {xyz,no,xy}<BR>tcoupl&nbsp; &nbsp;&nbsp; = berendsen&nbsp;&nbsp;;no,berendsen,nose-hoover,v-rescale<BR>tc-grps &nbsp;&nbsp; = Other <BR>tau_t&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 0.1&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;<BR>ref_t&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 600&nbsp; <BR>Pcoupl&nbsp; &nbsp;&nbsp; = berendsen&nbsp;&nbsp;;{no,berendsen,Parrinello-Rahman}<BR>Pcoupltype&nbsp;&nbsp;= isotropic&nbsp;&nbsp;&nbsp;;{isotropic,semiisotropic;anisotropic;surface-tension}<BR>tau_p&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 0.1<BR>compressibility &nbsp; = 4.5e-5<BR>ref_p&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 1.0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;;the unit is bar(1 bar =10^5 Pa)<BR>gen_vel &nbsp;&nbsp; = no <BR>gen_temp&nbsp;&nbsp; = 600<BR>gen_seed&nbsp;&nbsp; = 173529<BR>constraints&nbsp;&nbsp; = none&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;;{none,hbonds,all-bonds,h-angles,all-angles}<BR>constraint_algorithm&nbsp; = LINCS&nbsp;&nbsp;&nbsp;;{LINCS,SHAKE}<BR>periodic_molecules&nbsp; = no&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;;{no,yes}</DIV>
<DIV>annealing&nbsp;&nbsp; = no &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;;{no,single,periodic}<BR>annealing_npoints&nbsp; = 11<BR>annealing_time&nbsp; = 0&nbsp; 100&nbsp; 200&nbsp; 300&nbsp; 400&nbsp; 500&nbsp; 600&nbsp; 700&nbsp; 800&nbsp; 900&nbsp; 1000<BR>annealing_temp&nbsp; = 600&nbsp; 580&nbsp; 560&nbsp; 540&nbsp; 520&nbsp; 500&nbsp; 520&nbsp; 540&nbsp; 560&nbsp; 580&nbsp; 600<BR></DIV>
<DIV>Best regards,</DIV>
<DIV>Dr. Chaofu Wu</DIV>
<DIV><sign signid="0">
<DIV style="FONT-FAMILY: Arial Narrow; COLOR: #909090; FONT-SIZE: 12px">------------------</DIV>
<DIV style="FONT-FAMILY: Verdana; COLOR: #000; FONT-SIZE: 14px">
<DIV><A name=OLE_LINK1><I style="mso-bidi-font-style: normal"><SPAN style="LINE-HEIGHT: 200%; FONT-FAMILY: 'Times New Roman'; FONT-SIZE: 12pt; mso-fareast-font-family: 宋体; mso-ansi-language: EN-US; mso-fareast-language: EN-US; mso-bidi-language: AR-SA" lang=EN-US>Department of Chemistry and </SPAN><SPAN style="LINE-HEIGHT: 200%; FONT-FAMILY: 'Times New Roman'; FONT-SIZE: 12pt; mso-fareast-font-family: 宋体; mso-ansi-language: EN-US; mso-fareast-language: ZH-CN; mso-bidi-language: AR-SA" lang=EN-US>Materials Science</SPAN></I></A><I style="mso-bidi-font-style: normal"><SPAN style="LINE-HEIGHT: 200%; FONT-FAMILY: 'Times New Roman'; FONT-SIZE: 12pt; mso-fareast-font-family: 宋体; mso-ansi-language: EN-US; mso-fareast-language: ZH-CN; mso-bidi-language: AR-SA" lang=EN-US></SPAN></I></DIV>
<DIV><I style="mso-bidi-font-style: normal"><SPAN style="LINE-HEIGHT: 200%; FONT-FAMILY: 'Times New Roman'; FONT-SIZE: 12pt; mso-fareast-font-family: 宋体; mso-ansi-language: EN-US; mso-fareast-language: ZH-CN; mso-bidi-language: AR-SA" lang=EN-US>Hunan </SPAN><SPAN style="LINE-HEIGHT: 200%; FONT-FAMILY: 'Times New Roman'; FONT-SIZE: 12pt; mso-fareast-font-family: 宋体; mso-ansi-language: EN-US; mso-fareast-language: EN-US; mso-bidi-language: AR-SA" lang=EN-US>University of </SPAN><SPAN style="LINE-HEIGHT: 200%; FONT-FAMILY: 'Times New Roman'; FONT-SIZE: 12pt; mso-fareast-font-family: 宋体; mso-ansi-language: EN-US; mso-fareast-language: ZH-CN; mso-bidi-language: AR-SA" lang=EN-US>Humanities, Science and Technology</SPAN><SPAN style="LINE-HEIGHT: 200%; FONT-FAMILY: 'Times New Roman'; FONT-SIZE: 12pt; mso-fareast-font-family: 宋体; mso-ansi-language: EN-US; mso-fareast-language: EN-US; mso-bidi-language: AR-SA" lang=EN-US>, </SPAN></I></DIV>
<DIV><I style="mso-bidi-font-style: normal"><SPAN style="LINE-HEIGHT: 200%; FONT-FAMILY: 'Times New Roman'; FONT-SIZE: 12pt; mso-fareast-font-family: 宋体; mso-ansi-language: EN-US; mso-fareast-language: EN-US; mso-bidi-language: AR-SA" lang=EN-US></SPAN><SPAN style="LINE-HEIGHT: 200%; FONT-FAMILY: 'Times New Roman'; FONT-SIZE: 12pt; mso-fareast-font-family: 宋体; mso-ansi-language: EN-US; mso-fareast-language: ZH-CN; mso-bidi-language: AR-SA" lang=EN-US>Loudi 417000</SPAN><SPAN style="LINE-HEIGHT: 200%; FONT-FAMILY: 'Times New Roman'; FONT-SIZE: 12pt; mso-fareast-font-family: 宋体; mso-ansi-language: EN-US; mso-fareast-language: EN-US; mso-bidi-language: AR-SA" lang=EN-US>, </SPAN><SPAN style="LINE-HEIGHT: 200%; FONT-FAMILY: 'Times New Roman'; FONT-SIZE: 12pt; mso-fareast-font-family: 宋体; mso-ansi-language: EN-US; mso-fareast-language: ZH-CN; mso-bidi-language: AR-SA" lang=EN-US>the </SPAN><SPAN style="LINE-HEIGHT: 200%; FONT-FAMILY: 'Times New Roman'; FONT-SIZE: 12pt; mso-fareast-font-family: 宋体; mso-ansi-language: EN-US; mso-fareast-language: EN-US; mso-bidi-language: AR-SA" lang=EN-US>People's Republic of China</SPAN><SPAN style="LINE-HEIGHT: 200%; FONT-FAMILY: 'Times New Roman'; FONT-SIZE: 12pt; mso-fareast-font-family: 宋体; mso-ansi-language: EN-US; mso-fareast-language: ZH-CN; mso-bidi-language: AR-SA" lang=EN-US> (P.R. China)</SPAN></I></DIV></DIV></sign></DIV>
<DIV>&nbsp;</DIV>