Hi<div><br></div><div>I am trying to use g_membed to insert a protein into a bilayer. I made some changes to the sample.mdp file downloaded from the authors&#39; homepage. The changes were:</div><div><br></div><div>- reduced time step to 0.001 ps (instead of 0.002) </div>
<div>- changed constraints to hbonds instead of all-bonds.</div><div><br></div><div>g_membed runs fine, but stops only after one iteration after which the protein is of course shrunk. The command used is:</div><div><br></div>
<div>echo 20 16 | g_membed -f membed.tpr  -n membed.ndx -xyinit 0.1 -xyend 1.0 -nxy 1000 -maxwarn 10</div><div><br></div><div>I am wondering what is going on ? <br><div><br></div><div>Also, is there a way to parallelize g_membed? </div>
<div><br></div><div> </div><div><br>-- <br>Maria G.<br>Technical University of Denmark<br>Copenhagen<br>
</div></div>