Hi all,<br><br>I am doing MD simulation of some carbohydrate-protein complex with this 53a6 force-field.<br><br>I noted that in any oligosaccharide, the charge assigned for anomeric carbon is 0.232 while C5 (i.e. in a non-terminal mannopyranose) is 0.376. This is kind of counter-intuitive for me since the anomeric carbon C1 is linked to two oxygen atoms O5 and &quot;O1&quot; while C5 is linked to only one oxygen atom O5, and both C1 and C5 are CH type atom.<span style="font-family: arial,helvetica,sans-serif;"> And in other force filed like GLYCAM06, C1 always has a larger positive partial charge than C5. <br>

<br>I understand that GROMOS force fields are derived in quite different ways, but I still wonder if it makes sense to switch the charges on C1 and C5?</span><br><br>It seems these carbohydrate parameters did not change in the new 54a7 ff, which was tested against nOe and J-coupling data rather than free enthalpy of hydration and solvation, which really puzzles me.<br>

<br>Thank you for any explanation and suggestion.<br><br>Yun Shi<br>