I encountered the exact same error with Gromacs-4.5  as posted by Sunita Patel back in October 2010 and could not find any solution in the gmx_thread. The error was:<div><span class="Apple-style-span" style="font-family: monospace; font-size: medium; white-space: pre; "><br>

</span></div>Failed to execute command: /home/path-to-dssp -na dd3sOJn3 ddZl9dcf &gt; /dev/null 2&gt; /dev/null<div><br>I found that the do_dssp fails to fork dssp as the latter does not recognize the flag &quot;-na&quot; defined in do_dssp. The dssp code that I downloaded recently, recognizes the only flags &quot;-i&quot;, &quot;-o&quot;, &quot;-v&quot;, &quot;-d&quot; and &quot;-h&quot;.<br>

<br></div><div>So, I just tweaked the &quot;-na&quot; flag in the do_dssp source code as follows and the do_dssp and dssp combination worked fine for me.</div><div><br></div><div>original:</div><div><div>sprintf(dssp,&quot;%s %s %s %s &gt; /dev/null %s&quot;,</div>

<div><span class="Apple-tab-span" style="white-space:pre">        </span>  dptr,bDoAccSurf?&quot;&quot;:&quot;-na&quot;,pdbfile,tmpfile,bVerbose?&quot;&quot;:&quot;2&gt; /dev/null&quot;);</div><div><br></div><div>replaced by:</div>

<div><div>sprintf(dssp,&quot;%s %s %s %s &gt; /dev/null %s&quot;,</div><div><span class="Apple-tab-span" style="white-space: pre; ">        </span>  dptr,bDoAccSurf?&quot;&quot;:&quot;-i&quot;,pdbfile,&quot;-o&quot;,tmpfile,bVerbose?&quot;&quot;:&quot;2&gt; /dev/null&quot;);</div>

</div><div><br></div><div>-pb<br><br><br>
</div></div>