Hi,<br><br>genbox can now modify the topology file by using genbox ... -p topol.top. <br><br>Best,<br><br>Matthias Schmidt<br><br>On Friday, August 5, 2011, lina &lt;<a href="mailto:lina.lastname@gmail.com">lina.lastname@gmail.com</a>&gt; wrote:<br>
&gt; On Fri, Aug 5, 2011 at 7:23 PM, Ravi Kumar Venkatraman<br>&gt; &lt;<a href="mailto:ravikumarvenkatraman@gmail.com">ravikumarvenkatraman@gmail.com</a>&gt; wrote:<br>&gt;&gt; Dear all,<br>&gt;&gt;              I have generated .gro and .top file for Chloranil from prodrg<br>
&gt;&gt; and tried solvate it using p<br>re-equilibrated cyclohexane. When i tried to<br>&gt;&gt; generate the box containing solute it is not modifying the .top file and it<br>&gt;&gt; shows zero solvent.<br>&gt;&gt; Please help me how to solvate organic molecules that are obtainde from<br>
&gt;&gt; prodrg.<br>&gt;&gt;<br>&gt;&gt; Thank you.<br>&gt;<br>&gt;<br>&gt; Try:<br>&gt;<br>&gt; genbox -cp chloranil.gro -cs cyclohexane.gro -o system.gro<br>&gt;<br>&gt;<br>&gt; and manually modify the topol.top later.<br>
&gt;<br>&gt; you may use the solvated pre-equilibrated cyclohexane as<br>&gt; cyclohexane.gro, so no need add water later.<br>&gt;<br>&gt; It should be no problem.<br>&gt;&gt;<br>&gt;&gt; --<br>&gt;&gt; gmx-users mailing list    <a href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a><br>
&gt;&gt; <a href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users">http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>&gt;&gt; Please search the archive at<br>&gt;&gt; <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search</a> before posting!<br>
&gt;&gt; Please don&#39;t post (un)subscribe requests to the list. Use the<br>&gt;&gt; www interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br>&gt;&gt; Can&#39;t post? Read <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists</a><br>
&gt;&gt;<br>&gt;<br>&gt;<br>&gt;<br>&gt; --<br>&gt; Best Regards,<br>&gt;<br>&gt; lina<br>&gt; --<br>&gt; gmx-users mailing list    <a href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a><br>&gt; <a href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users">http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>
&gt; Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search</a> before posting!<br>&gt; Please don&#39;t post (un)subscribe requests to the list. Use the<br>
&gt; www interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br>&gt; Can&#39;t post? Read <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists</a><br>
&gt;<br><br>-- <br>Best,<br><br>Matthias<br>-- <br>Structural Bioinformatics and Computational Biochemistry Unit<br>Dept. of Biochemistry<br>University of Oxford<br> <br><a href="http://sbcb.bioch.ox.ac.uk/schmidt.php" target="_blank">http://sbcb.bioch.ox.ac.uk/schmidt.php</a><br>
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