<table cellspacing="0" cellpadding="0" border="0" ><tr><td valign="top" style="font: inherit;"><DIV>Dear GMX users:</DIV>
<DIV>I want to simulate water with <EM>polarizable water molecule models? I am not clear about how to construct the itp files for them. I have seen swm-dp.itp on <A href="http://lists.gromacs.org/pipermail/gmx-users/2006-August/023476.html">http://lists.gromacs.org/pipermail/gmx-users/2006-August/023476.html</A></EM></DIV>
<DIV>; <BR>; Topology file for SSWM4-DP<BR>;<BR>; G. Lamoureux, A. D. MacKerell, Jr., B. Roux<BR>; A simple polarizable model of water based on classical Drude oscillators<BR>; J. Chem. Phys.,&nbsp; 119 (5185-5197), 2003<BR>;<BR>; Possible defines that you can put in your topol.top:<BR>; -DRIGID&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Rigid model (flexible is default)<BR>; -DPOSRES&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Position restrain oxygen atoms<BR>;<BR><BR>[ defaults ]<BR>LJ        Geometric<BR><BR>[ atomtypes ]<BR>;name&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; mass&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; charge&nbsp;&nbsp; ptype&nbsp;&nbsp; c6        c12<BR>&nbsp;&nbsp; WO&nbsp;&nbsp;&nbsp; 15.99940&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; A&nbsp;&nbsp;         0.0        0.0<BR>&nbsp;&nbsp; WH&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1.00800&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; A        0.0        0.0<BR>&nbsp;&nbsp; WS&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
 0.0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; S&nbsp;&nbsp;         0.0        0.0<BR>&nbsp;&nbsp; WD        &nbsp; 0.0                0.0        D&nbsp;&nbsp;         0.0        0.0<BR><BR>[ nonbond_params ]<BR>WO&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; WO&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3.561658e-03        3.685198e-06<BR><BR>;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;<BR>;; This is a the 'classical YAW' model, in which we do have the dummy.<BR>;; The shell is attached to the dummy, in this case the gas-phase<BR>;; quadrupole is correct. Water_pol routine can be used for this<BR>;; model. This has four interaction sites.<BR>;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;<BR>[ moleculetype ]<BR>; molname        nrexcl<BR>SW                2<BR><BR>[ atoms ]<BR>; id        at type        res nr         residu name        at name                cg nr        charge<BR>1        WO        1        SM2                OW1                1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -1.77185<BR>2        WH        1        SM2                HW2                1
        0.55370<BR>3        WH        1        SM2                HW3                1        0.55370<BR>4        WD        1        SM2                DW                1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -1.10740<BR>5        WS        1        SM2                SW                1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1.77185<BR><BR>[ polarization ]<BR>; See notes above.        alpha (nm^3)<BR>1        5        1         0.00104252<BR><BR>;[ settles ]<BR>; i        funct        dOH        dHH<BR>;1        1        0.1        0.16333<BR><BR>[ constraints ]<BR>; i&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; funct&nbsp;&nbsp; doh&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; dhh<BR>1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.09572<BR>1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.09572<BR>3&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.15139<BR><BR>[ dummies3 ]<BR>; The position of the dummies is computed as follows:<BR>;<BR>;                O<BR>;&nbsp;         &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; <BR>;        &nbsp;&nbsp;&nbsp;         D<BR>;        &nbsp; <BR>;        H        
        H<BR>;<BR>; 2 * b = distance (OD) / [ cos (angle(DOH))         * distance (OH) ]<BR>;        &nbsp; 0.0137408 nm        / [ cos (104.52 / 2 deg) * 0.09572 nm        ]<BR>;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.01557 nm <BR>; Dummy pos x4 = x1 + a*(x2-x1) + b*(x3-X1)<BR>;<BR>; Dummy from                        funct        a                b<BR>4        1        2        3        1        0.2031807494        0.2031807494<BR><BR>[ exclusions ]<BR>; iatom excluded from interaction with i<BR>1        2        3        4        5<BR>2        1        3        4        5<BR>3        1        2        4        5<BR>4        1        2        3        5<BR>5        1        2        3        4<BR><BR>#ifdef POSRES<BR>; Restrain the oxygen...<BR>[ position_restraints ]<BR>; iatom type        fx        fy        fz<BR>1        1        100        100        100<BR>#endif<BR><BR>But I think:</DIV>
<DIV>[ constraints ]<BR>; i&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; funct&nbsp;&nbsp; doh&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; dhh<BR>1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.09572<BR>1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.09572<BR>3&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.15139<BR></DIV>
<DIV>conflict with</DIV>
<DIV><BR>;[ settles ]<BR>; i funct dOH dHH<BR>;1 1 0.1 0.16333<BR></DIV>
<DIV>I think it should use </DIV>
<DIV>;[ settles ]<BR>; i funct dOH dHH<BR>;1 1 0.09572&nbsp;&nbsp;0.15139<BR></DIV>
<DIV>&nbsp;</DIV>
<DIV>Anybody could give some helps?</DIV>
<DIV>&nbsp;</DIV>
<DIV>Thanks a lot!!!</DIV>
<DIV>&nbsp;</DIV>
<DIV>Zhongjin He<BR></DIV></td></tr></table>