Hi,<div><br></div><div>please try &quot;git pull&quot; (for <a href="http://repo.or.cz">repo.or.cz</a>) and than redo the checkout. I accidentally deleted the release-4-5-patches branch. But it is back and it should work. If it does not work please run &quot;git branch -r&quot; and post the result.</div>

<div><br></div><div>BTW: The error message you get for <a href="http://git.gromacs.org">git.gromacs.org</a> suggests that you are behind a firewall which doesn&#39;t permit this outgoing connection. Thus in case you want to use the main git server directly you need to use a proxy server. </div>

<div><br></div><div>Roland</div><div><br><div class="gmail_quote">On Tue, Aug 9, 2011 at 10:03 AM, César Ávila <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:clavila@gmail.com">clavila@gmail.com</a>&gt;</span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex;">





<div>
I want to calculate secondary structure propensities of residues.<br>
<br>
Following Mark&#39;s message on thread <span><span><img height="16px" width="16px"><br>
</span>Re: [gmx-users] secondary structure propensities of residues<br>
<br>
</span><br>
I would like to get the release-4.5-patches from git (in order to get do_dssp.c). Nevertheless I found problems while trying to fetch it from git repository due to the proxy. (I followed the advices on
<a href="http://www.gromacs.org/Developer_Zone/Git/Git_Tutorial#Git_behind_a_proxy" target="_blank">
http://www.gromacs.org/Developer_Zone/Git/Git_Tutorial#Git_behind_a_proxy</a><br>
<br>
$ git clone git://<a href="http://git.gromacs.org/gromacs.git" target="_blank">git.gromacs.org/gromacs.git</a><br>
Initialized empty Git repository in ~/gromacs/.git/<br>
2011/08/09 10:37:46 socat[17264] E CONNECT <a href="http://git.gromacs.org:9418" target="_blank">
git.gromacs.org:9418</a>: Forbidden<br>
fatal: The remote end hung up unexpectedly<br>
<br>
I tried the alternative suggested by Roland<br>
<br>
git clone  <a href="http://repo.or.cz/r/gromacs.git" target="_blank">http://repo.or.cz/r/gromacs.git</a><br>
Initialized empty Git repository in ~/gromacs/.git/<br>
<br>
The gromacs directory is created and populated. After this I ran <br>
<br>
$git branch<br>
* master<br>
<br>
$git checkout --track -b release-4-5-patches origin/release-4-5-patches<br>
fatal: git checkout: updating paths is incompatible with switching branches.<br>
Did you intend to checkout &#39;origin/release-4-5-patches&#39; which can not be resolved as commit?<br>
<br>
Is this a problem of the server I am using or is it just a misuse of git? <br>
<br>
Thanks<br>
<br>
<br>
<br>
<br>
<br>
<br>
<br>
<br>
<div class="gmail_quote">2011/3/22 Roland Schulz <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:roland@utk.edu" target="_blank">roland@utk.edu</a>&gt;</span><br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">
you can clone from <span style="font-family:sans-serif;font-size:13px"><a href="http://repo.or.cz/r/gromacs.git" target="_blank">http://repo.or.cz/r/gromacs.git</a> if you have problems with a proxy.</span><br>
<br>
<div class="gmail_quote">
<div>
<div></div>
<div>On Mon, Mar 21, 2011 at 10:54 PM, Alif M Latif <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:prism_dead@yahoo.com" target="_blank">prism_dead@yahoo.com</a>&gt;</span> wrote:<br>
</div>
</div>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">
<div>
<div></div>
<div>
<div>
<div style="font-family:times new roman,new york,times,serif;font-size:12pt;color:#333333">
<table align="center" cellpadding="0" cellspacing="0" width="100%">
<tbody>
<tr>
<td height="100%" bgcolor="#ffffff" valign="top" width="100%">
<table style="table-layout:fixed" height="100%" align="center" cellpadding="0" cellspacing="0" width="100%">
<tbody>
<tr>
<td align="left" valign="bottom" width="140"><img alt="" height="94" border="0" width="120"></td>
<td style="overflow:hidden;text-overflow:ellipsis;white-space:nowrap" valign="top">
<table style="white-space:normal" cellpadding="0" cellspacing="0" width="100%">
<tbody>
<tr>
<td height="30"></td>
</tr>
<tr>
<td><font style="font-family:times new roman, new york, times, serif;font-size:12;color:#333333" face="times new roman, new york, times, serif" color="#333333" size="2">
<div style="text-align:undefined">Dear Gromacs Developers,<br>
<br>
Just dropping by to say THANK YOU for v4.5.4, surely is updated version of 4.5.3 with all the bugfixes yes?. I&#39;m having problem getting past my university&#39;s proxy server to use git. Now hopefully I can continue my research and solve git problems later..Your
 hard work is greatly appreciated!<br>
<div> </div>
MUHAMMAD ALIF MOHAMMAD LATIF<br>
Laboratory of Theoretical and Computational Chemistry<br>
Department of Chemistry<br>
Faculty of Science<br>
Universiti Putra Malaysia<br>
43400 UPM Serdang, Selangor<br>
MALAYSIA
<div><br>
</div>
</div>
</font></td>
</tr>
<tr>
<td height="10"></td>
</tr>
</tbody>
</table>
</td>
<td width="30"></td>
</tr>
</tbody>
</table>
</td>
</tr>
<tr>
<td height="120" bgcolor="#ffffff">
<table align="left" cellpadding="0" cellspacing="0">
<tbody>
<tr>
<td height="120" width="310"><img width="310"></td>
<td align="right" width="*"></td>
</tr>
</tbody>
</table>
</td>
</tr>
</tbody>
</table>
</div>
<br>
</div>
<br>
</div>
</div>
--<br>
gmx-users mailing list    <a href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank">gmx-users@gromacs.org</a><br>
<a href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>
Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search" target="_blank">
http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search</a> before posting!<br>
Please don&#39;t post (un)subscribe requests to the list. Use the<br>
www interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org" target="_blank">
gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br>
Can&#39;t post? Read <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists" target="_blank">
http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists</a><br>
</blockquote>
</div>
<font color="#888888"><br>
<br clear="all">
<br>
-- <br>
ORNL/UT Center for Molecular Biophysics <a href="http://cmb.ornl.gov" target="_blank">
cmb.ornl.gov</a><br>
<a href="tel:865-241-1537" value="+18652411537" target="_blank">865-241-1537</a>, ORNL PO BOX 2008 MS6309<br>
</font><br>
--<br>
gmx-users mailing list    <a href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank">gmx-users@gromacs.org</a><br>
<a href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>
Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search" target="_blank">
http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search</a> before posting!<br>
Please don&#39;t post (un)subscribe requests to the list. Use the<br>
www interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org" target="_blank">
gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br>
Can&#39;t post? Read <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists" target="_blank">
http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists</a><br>
</blockquote>
</div>
<br>
</div>

</blockquote></div><br><br clear="all"><br>-- <br>ORNL/UT Center for Molecular Biophysics <a href="http://cmb.ornl.gov">cmb.ornl.gov</a><br>865-241-1537, ORNL PO BOX 2008 MS6309<br>
</div>