Dear Gromacs users:<br><br>I recently tried some MM/PBSA stuff using the rerun function of mdrun and GBSA model. All water molecules are stripped off the trajectory file. <br><br>However, when I examine the different energy term, it is disturbing that short range vdw energy of some snapshot are very high (&gt; 1000 kj/mol) while others snapshots typically have a value around -2000 kj/mol.  <br>

<br>It is more disturbing that if I do a fitting or pbc nojump on the trajectory first, I will get very different  short range vdw for some of the snapshots. All other energy terms are un-affected. <br><br>I believe fitting or no-jump processing shall not change the energy at all.<br>

<br>Any one has idea about this?<br>